ساختمان این موزه بعد از انقلاب شکوهمند اسلامی طی سال‌های 62-1360 در ضلع جنوب شرقی حرم مطهر احداث شده است. این موزه دو طبقه و هر طبقه 400 متر مربع فضای نمایشی دارد.گنجینه قرآن در طبقه دوم این ساختمان واقع شده است و در آن، نزدیک به 80 جلد قرآن خطی نفیس، 14 جلد مرقع و 10 جلد لاکی روغنی نگهداری می‌شود و البته این آثار نفیس در معرض دید علاقه مندان قرار دارد.
پنج قرآن منسوب به دست خط ائمه طاهرین(ع)، از جمله دست خط مبارک امام علی(ع)، امام حسن(ع)، امام حسین(ع)، امام سجاد(ع) و امام رضا(ع) که به خط کوفی روی پوست نوشته شده اند، از مفاخر این گنجینه عظیم است.
در این میان دو مصحف شریف به خط عثمان بن حسین وراق که در موزه قرآن و نفایس آستان قدس رضوی نگهداری می‌شود نیز در معرض دید بازدیدکنندگان در ادامه از نظر گذرانده شده است: این دو مصحف در موزه به شماره‌های 70 و 71 به ثبت رسیده و به سال 466 هجری قمری به دست عثمان بن حسین وراق کتابت شده است.
قرآن شماره 70، مشمول جزء بیست و دوم از آیه بیست و یکم سوره احزاب تا آخر آیه بیست و هفتم از سوره یس است. این قرآن شریف به خط کوفی مشکول نوشته شده و کاتب و مذهب آن عثمان بن حسین وراق بوده است.
سید محمد بهروز، رئیس مجموعه موزه‌های آستان قدس رضوی در مورد خصوصیات قرآن 70 می‌گوید: صفحه نخست این قرآن تماما تذهیب و آراسته به زر و لاجورد و سفیداب و سیاهی است. هر صفحه یک ترنج درهامش دارد و همچنین در پیشانی و ذیل آیتی از قرآن به چشم می‌خورد. دو صفحه دوم با دو سرلوح و چهار ترنج، نشان ها با ترنج، فواصل آیات با دوایر زرین تزیین شده و سر سوره‌ها مذهب کاری شده‌اند.صفحه آخر پنج سطر رقم کاتب با تزئینات حاشیه و ترنج، کاغذ حنایی، دارد.
هر صفحه از این مصحف پنج سطر به اندازه مسطر 5/15 در 5/10 سانتی‌متر دارد. همچنین دارای 77 ورق، به قطع 26 در 5/20 سانتی‌متر، جلد چرمی ضربی با حاشیه وترنج است. ورق پشت جلد 9 سطر وقفنامه از واقف علی بن ابی الفضل دارد که به تاریخ وقف ربیه الاخر سنهَ 614 هجری قمری نوشته شده است.
قرآن شماره 71، مصحف شریفی است که مشمول جزء اول قرآن است. از آغاز
فاتحه الکتاب تا پایان آیه 141 سوره بقره به خط کوفی مشکول نوشته شده و کاتب و مذهب آن نیز عثمان بن حسین وراق و تاریخ تحریر و تذهیب آن سال 466 هجری قمری است.از خصوصیات این قرآن می‌توان به صفحه اول تمام تذهیب و ترنج دار و در پیشانی و ذیل آیتی از قرآن به قلم زر تحریر دار، صفحه پنجم (آغاز سوره بقره) با سرلوح و ترنج زرین، فواصل آیات دوایر زرین، نشان‌های ترنجی وکاغذ حنایی آن اشاره کرد.
هر صفحه قرآن شماره 71، پنج سطر به اندازه مسطر 5/15 در 5/10 سانتی‌متر دارد، از 74 ورق به قطع 26 در 5/20 سانتی‌متر و جلد چرمی ضربی با حاشیه و ترنج تشکیل شده است.سید محمد بهروز در مورد این قرآن نیز می‌گوید: قرآن شماره 71 در تاریخ ربیع الاخر سنهَ 614 هجری قمری توسط واقف علی بن ابی الفضل وقف شده است.وی در وصف آن ادامه می‌دهد: هر سی جزء را علی بن ابوالفضل یکجا وقف امام هشتم(ع) کرده است. همچنین تاریخ وقف مجدد به تاریخ شهر محرم الحرام سنهَ سبع و ثلثین بعدالالف وقف کرد.
تاریخ تحریر بقیه جزوات از 462 یعنی اواخر عهد آلب ارسلان (455-465 هجری قمری) تا 466 هجری که اوایل سلطنت ملکشاه سلجوقی است.
بهروز در جواب سؤالی که چرا این قرآن به‌عنوان یک اثر میراث منقول برای ثبت در فهرست آثار ملی انتخاب شده، بیان می‌کند: چون مجموعه قرآن‌های بسیار نفیس عثمان بن حسین وراق یکی از شاهکارهای هنر اسلامی در قرن پنجم هجری و دارای ویژگی‌های فنی و منحصر به فردی است. همچنین یکی از شیعیان با اخلاص و مومن علی بن ابوالفضل آن را در تاریخ 614 هجری قمری وقف امام هشتم(ع) کرده است.
از بارزترین خصوصیات این مجموعه قرآن عظیم دو هزار و 131 ورق آن است که در مجموع تعداد صفحات آن به چهار هزار و 262 می‌رسد، اگر چه جزوات آن از حیث خط و جلد و کاغذ یکسان است ولی تذهیب آنها یکسان نیست؛ چه عثمان وراق غزنوی در هر جزء آن به یک نحو تفنن هنری کرده، به گونه‌ای که با داشتن دو سر لوح، 36 سر سوره، 40 ترنج و دو صفحه تمام تذهیب، یک طرح تکراری ندارد.
