تاکید امام خمینی بر نقش فقهای شورای نگهبان در ضمن پیامی که برای آغاز به کار اولین دوره مجلس شورای اسلامی دادند نشان از اهمیت این نهاد دارد.
امام خمینی در بند آخر این پیامشان فرمودند: «از حضرات فقهای شورای نگهبان تقاضا می‌شود که در ماموریت مهم خود به هیچ وجه ملاحظه اشخاص یا گروه‌های انحرافی را ننموده و به وظیفه بسیار خطیر خود قیام و اقدام نموده و نگهبانی از اسلام و احکام مترقی آن نمایند و خدمت خود را با قدرت تمام در پیشگاه خداوند متعال و ولی مطلق او حضرت ولی‌الله اعظم امام عصر عرضه دارند.»
در واقع در فرآیند استقرار نهادهای قانونی نظام، امام‌خمینی اولین حکمی را که بعد از تصویب قانون اساسی صادر کرد، برای تعیین 6 فقیه عضو شورای نگهبان بود.
براساس اصل 93 قانون اساسی، مجلس بدون وجود شورا اعتبار قانونی ندارد، اعتبار مجلس تنها در بحث اعتبارنامه نمایندگان و رأی دادن به 6 عضو حقوقدان شورای نگهبان است. در واقع طبق اصل 94 قانون اساسی کلیه مصوبات مجلس شورای اسلامی باید به شورای نگهبان فرستاده شود و شورای نگهبان موظف است آن را حداکثر ظرف ده روز از تاریخ وصول از نظر انطباق بر موازین اسلام و قانون اساسی مورد بررسی قرار دهد و اگر آن را مغایر ببیند برای تجدید نظر به مجلس بازگرداند. در غیراین صورت مصوبه قابل اجرا است.
شورای نگهبان قانون اساسی به استناد اصول 91 تا 99 قانون اساسی تشکیل شد. این شورا از اختیارات و صلاحیت‌های مختلفی برخوردار است که پاسداری از احکام اسلام و قانون اساسی از نظر عدم‌مغایرت مصوبات مجلس با آنها از اهم این اختیارات به شمار می‌آید. اما علاوه بر اعتباربخشی به مصوبات مجلس و پاسداری از احکام اسلام و قانون اساسی، شورای نگهبان در بعد اجرا نیز 2 وظیفه خطیر بر عهده دارد که یکی نظارت بر حسن اجرای انتخابات مهم مثل خبرگان رهبری، ریاست‌جمهوری، مجلس شورای اسلامی و مراجعه به همه‌پرسی است و دیگری تایید صلاحیت نامزدهای این انتخابات و همچنین تفسیر قانون اساسی است، درصورتی که به آن نیاز باشد.
اعضای شورای نگهبان برای مدت شش سال انتخاب می‌شوند ولی در نخستین دوره پس از گذشتن سه سال، نیمی از اعضای هر گروه به قید قرعه تغییر می‌یابند و اعضای تازهای به جای آنها انتخاب می‌شوند. اعضای این شورا از ۶ نفر از فقهای عادل و آگاه به مقتضیات زمان و مسائل روز و ۶ نفر از حقوقدانان در رشته‌های مختلف حقوقی تشکیل می‌شود.
انتخاب فقهای این شورا با مقام رهبری است و انتخاب ۶ نفر حقوقدان از میان حقوقدانان مسلمان به وسیله رئیس قوه قضائیه به مجلس شورای اسلامی معرفی می‌شوند و با رأی مجلس انتخاب می‌شوند. اعضای حقوقدان شورای نگهبان تنها در تطبیق قوانین با قانون اساسی، تغییر قانون اساسی و نظارت بر انتخابات و همه‌پرسی شرکت دارند اما ۶ نفر فقیه این شورا به علاوه اختیارات مذکور، وظیفه تطبیق مصوبات مجلس را با احکام شرعی برعهده دارند.
به استناد سخنان عباس کعبی عضو حقوقدان شورای نگهبان، این شورا در 28 سال گذشته تائید 3هزار قانون، نظارت بر 21 انتخابات که شامل 8 دوره انتخابات مجلس، 4 دوره انتخابات خبرگان، 9 دوره انتخابات ریاست‌جمهوری می‌شود را انجام داده‌است.
