2 روز پس از این انتصاب، مقام معظم رهبری نامه‌ای خطاب به احمدی‌نژاد نوشتند و لازم دانستند که این انتصاب لغو شود؛ هرچند نحوه برخورد رئیس‌جمهوری پس از دریافت این نامه و حتی سخنان برخی نزدیکان وی مانند مشاور مطبوعاتی‌اش زمانی که تصریح کرد اعلام نظری از جانب رهبری صورت نگرفته است، در نهایت به علنی شدن نامه مقام معظم رهبری انجامید و آنگاه بود که احمدی‌نژاد دیگر چاره‌ای جز کنار گذاشتن رحیم‌مشایی از پست معاونت اولی خود نداشت.
نامه مقام معظم رهبری که در آن تصریح شده بود «لازم است انتصاب مزبور، ملغی و کأن لم یکن اعلام گردد»، موجب شد تا مشایی نامه استعفای خود را خطاب به احمدی‌نژاد بنویسد؛ مشایی هفته گذشته در پایگاه اینترنتی‌اش، مخالفت‌ها با انتصابش را ناشی از سهم‌خواهی، حسادت یا نادانی منتقدان دانسته بود.
نامه استعفا
پس از رسانه‌ای شدن نامه مقام معظم رهبری، رئیس سابق سازمان میراث فرهنگی در نامه استعفای خود به تاریخ 2/5/88 خطاب به احمدی‌نژاد نوشت: «در پی صدور نامه مقام عظمای ولایت که امشب از صدا و سیمای جمهوری اسلامی پخش شد، کناره‌گیری خود را از مسئولیت معاون اولی رئیس‌جمهوری به استحضار می‌رساند.» نامه مقام معظم رهبری خطاب به رئیس‌جمهوری مبنی بر الغای انتصاب مشایی، 27 تیرماه نوشته شده و مشایی دوم مردادماه یعنی 6 روز بعد به گونه‌ای سخن می‌گوید که گویا به تازگی از این دستور آگاهی یافته است.
امیدوار بودم
محمود احمدی‌نژاد هم در پاسخ به نامه مشایی، به تاریخ 3/5/88 ضمن پذیرش استعفای وی نوشت: با تقدیر فراوان از بزرگواری و پذیرش مسئولیت معاونت اولی که علی‌رغم میل شخصی جنابعالی و با اصرار اینجانب انجام شد، مجددا تأکید می‌نمایم که شما را انسانی خود ساخته، مؤمن و دلباخته حضرت ولی عصر(عج) و با تعهدی عمیق و آگاهانه به خط نورانی ولایت و مبانی جدی اسلامی و خدمتگزاری توانمند و صدیق به ملت الهی و عزیز ایران می‌شناسم.
رئیس‌جمهوری افزود: طی یک هفته اخیر نیز امیدوار بودم که با رفع برخی تبلیغات منفی، فشارها و جوسازی‌های بعضی رسانه‌ها و جریان‌های سیاسی، دولت بتواند از خدمات شما در جایگاه معاون اولی برخوردار بماند.
نامه بدون تاریخ
و بالاخره اینکه، رئیس‌جمهوری در نامه‌ای خطاب به مقام معظم رهبری که البته در نسخه منتشرشده از آن روی پایگاه اطلاع‌رسانی ریاست‌جمهوری، تاریخی دیده نمی‌شود، نوشت: ضمن ارسال رونوشت نامه کناره‌گیری مورخه 2/5/88 جناب آقای مهندس اسفندیار رحیم مشایی از معاونت اولی، به استحضار می‌رساند که مرقومه مورخه 27/4/88 حضرتعالی به استناد اصل 57 قانون اساسی اجرا شد. ایام عزت مستدام.
محمود احمدی‌نژاد
