این کلیسا در زمان شاه عباس دوم ساخته شده‌است. وانک در زبان ارمنی به معنی جامع است.
کلیسا وانک به نام‌های سن سور و آمنا پرکیچ نیز نامیده می‌شود و در سال 1605 میلادی در اراضی باغ زرشک احداث شد و پس از 50 سال توسعه یافت و به صورت امروز درآمد.
این کلیسا دارای گنبدی عظیم و دیوارهای رفیع و طاق‌های بلند و زیباست.
نمازخانه اصلی کلیسا که به شکل متوازی‌الاضلاع است شامل دو قسمت چهارگوش است که قسمت اول شبستان بنا و قسمت دوم که زیر گنبد خانه است، محل اجرای مراسم و سرودهای مذهبی است.
ازاره‌های دیوارهای نمازخانه را کاشی‌های خشتی چند رنگ فرا گرفته است. در قسمت‌های بالای ازاره تصاویر بسیار زیبائی نقاشی شده‌اند که از کتب مقدس الهام گرفته شده و تمامی سطح فضای گنبد را تزئین کرده است.
دور تا دور گنبد داستان خلقت آدم و حوا است که بوسیله نقاشان ارمنی ترسیم شده‌اند. بر محراب بسیار زیبای کلیسا نیز تصاویری از جمله تصویر حضرت مسیح (ع) نقاشی شده است. نمای خارجی گنبد کلیسا بدون تزئینات کاشیکاری است و با آجر ساده پوشانده شده است.
در گوشه حیات کلیسا برج ناقوس زیبا و بزرگی ساخته شده که بر 4 ستون سنگی استوار است.
در صحن حیاط کلیسا چند نفر از ارامنه مشهور از جمله چند اسقف اعظم و نمایندگان سیاسی کشورهای اروپایی که در اصفهان درگذشته‌اند به خاک سپرده شده‌اند.
در محوطه کلیسا علاوه بر معبد و محراب، موسسات و ساختمان‌های دیگری نیز وجود دارد از جمله: موزه، چاپخانه، کتابخانه بزرگ و ساختمان خلیفه گری.
