یکی از ارکان محوری اندیشه و خط‌مشی عملی امام‌خمینی(ره)، تأکید بر «وحدت» و تداوم آن بود. در مکتب نظری و عملی امام(ره) وحدت یک تاکتیک یا ابزار مصلحتی و مقطعی برای پیشبرد اهداف و مقاصد سیاسی انقلاب اسلامی نبود بلکه جوهره عزت و اقتدار مسلمین و ماهیت اجتماعی و سیاسی‌بودن مکتب اسلام شمرده می‌شد.
تعبدمعرفت‌شناسانه امام به اصول و کلمات متعالی قرآنی و دینی، به مسئله وحدت آنچنان جایگاهی بخشیده بود که پایه‌های نهضت مبارزاتی خود را براساس آن بنا کردند، به همین دلیل وقتی پس از انقلاب اسلامی، موج وزن‌کشی نقش گروه‌های سیاسی و مذهبی در پیروزی انقلاب اسلامی به راه افتاد، امام(ره) خواستار حذف این وزن‌کشی‌ها و توجه به زمینه‌های وحدتبخش شد زیرا انقلاب اسلامی نوپای ایران نیازمند این نوع وزن‌کشی‌ها نبود چون هم روشنفکران و دانشگاهیان نقش غیرقابل انکاری در پیروزی انقلاب داشتند و هم روحانیون که در مبارزات علیه رژیم شاه شرکت داشتند به‌شدت مورد اعتماد مردم بوده و نقش رهبری مردم در پیروزی انقلاب را به‌عهده گرفته بودند. این دو به همراه مردم، از نظر امام‌خمینی(ره) پایه‌های اصلی پیروزی انقلاب را تشکیل می‌دادند.
از آنجا که امام خمینی(ره) راه انقلاب اسلامی را پر فراز و نشیب می‌دانستند یکی از تلاش‌های خود را بر وحدت این پایه‌ها و نمود بارز آنها یعنی حوزه و دانشگاه متمرکز کردند تا زمینه‌های تقویت انقلاب اسلامی هرچه بیشتر فراهم شود. شهادت شهید‌مفتح که درس خوانده حوزه و دانشگاه بود فرصتی پدید آورد که بهانه‌ای برای اعلام ضرورت وحدت حوزه و دانشگاه با نامگذاری‌شدن روزی با همین عنوان فراهم آید و از این دو پایگاه انقلاب بخواهند تا با نزدیک کردن زمینه‌های وحدتبخش فکری، سیاسی و ساختاری خود به این مهم بپردازند.
استقلال حوزه ودانشگاه
وحدت حوزه و دانشگاه هیچ‌گاه به مفهوم سلب استقلال فکری یا نفی هویت مستقل یکی از این دو نهاد یا سلطه یکی بر دیگری نبوده و نیست بلکه مفهوم اصلی این وحدت در جامعیت دین اسلام است که در تأمین نیازهای بشری بر هر دو بعد مادی و معنوی تأکید داشته و دارد.
پیش از آنکه امام(ره) در اوایل انقلاب مسئله وحدت حوزه و دانشگاه را مطرح کنند در سال1346 شمسی اختلاف حوزه و دانشگاه را به غفلت و خواب گرانی تشبیه کردند که بر اثر نغمه‌های خواب‌آور عمال استعمار بر ملت‌های مسلمان تحمیل شده است و در مقابل، پیوستگی این دو قشر را نخستین گام در راه آزادی ملت‌های مظلوم و زیردست و زیربنای رهایی از دست چپاولگران و عمال آنها می‌دانستند. ایشان ضمن آنکه روحانی و دانشگاهی را مکمل یکدیگر توصیف می‌کردند، بر هویت مستقل هر یک تأکید داشته و آن را زیربنای استقلال جامعه می‌دانستند؛ « استقلال کشور ما منوط به استقلال دانشگاه‌ها و فیضیه‌هاست».
اهتمام امام(ره) به موضوع وحدت حوزه و دانشگاه عمدتا معطوف به پیوند سیاسی و عاطفی بین این دو قشر و ارتباط، همبستگی و همجهتی این دو در جهت ایرانی آزاد و مستقل و از بینرفتن جو بدبینی بهوجود آمده توسط رژیم پهلوی بود.
به این ترتیب هدف‌های متفاوت این دو نهاد علمی، عامل اصلی عدم‌وحدت آنها تلقی می‌شد. به عبارت دیگر از نظر مخالفان وحدت حوزه و دانشگاه علمی که تسلط بر جهان و ازدیاد قدرت مادی را هدف نهایی خود میداند و علمی که هدفش دستیابی به حقیقت هستی است و در سیر اعتلاجویی، کمالجویی و ارتقا به قرب الهی به کمک انسان میآید، هیچ قرابت و نسبتی با یکدیگر نداشتند.
این درحالی است که 2 نهاد حوزه و دانشگاه همانند همه نهادهای اجتماعی دیگر دارای اهداف، ساختار، کارکرد و برنامه‌های مخصوص به‌خود هستند.
کارکرد 2 نهاد
کارشناسان فرهنگی و علوم انسانی دیدگاه‌های متفاوتی درخصوص کارکرد هریک از این دو نهاد دارند:
1- عده‌ای براین اعتقادند که حوزه‌ها و روحانیون باید نقش ارزشگذاری و جهتدهی را دارا‌باشند و دانشگاه‌ها در ذیل این ارزش‌های غایی و جهتگیریهای کلی به فعالیت‌های شناختی و علمی بپردازند.
2- بعضی‌ها در تقسیم کار میان حوزه و دانشگاه معتقدند: علوم مختلف، اعم از طبیعی و انسانی، بر یک سری مفروضات ارزشی، ایدئولوژیک و هنجارهای انسانشناختی استوار هستند و حوزه میتواند علاوه بر فضاسازیهای روانی و تأثیر غیرمستقیم ارزشی و ایدئولوژیک بر عالمان علوم طبیعی، در شفافکردن برخی از مبانی غیرتجربی علوم مختلف نیز نقش داشته باشد.
3- برخی تقسیم کار این دو نهاد را اینگونه میبینند که فرهنگ را باید از حوزه گرفت و فکر را از دانشگاه. ارتباط این دو نهایتا درصورت الگوهای اجرایی و مدیریت نظام یعنی ساختار دولت ظاهر می‌شود؛ بنابراین جهتگیری حرکت با حوزه‌ها و انطباق آن با مقتضیات زمانی با دانشگاه و ابزار حرکت با دولت است.
4- به اعتقاد برخی دیگر از کارشناسان، رسالتحوزه در کنار اخلاق و اعتقادات، تربیت فقیهان جامعالشرایط است و چون شأن فقها این نیست که موضوعشناسی کنند، لذا دانشگاه باید موضوعشناس تربیت کند و حوزه عهدهدار استنباط احکام این موضوعها باشد. البته موضوعات تخصصی و نه موضوعات عرفی یا استنباطی.
به عبارت دیگر با فرض یکی نبودن مبانی معرفتی علوم حوزوی و دانشگاهی، حوزه‌ها متولی اصلی علوم انسانی باشند و دانشگاه‌ها به علوم طبیعی بپردازند.
5- برخی نیز معتقدند که حوزه‌ها عهدهدار وظایف فردی و اخلاقی هستند و مسائل مربوط به برنامهریزیهای اقتصادی، سیاسی و اجتماعی در انحصار دانشگاه‌ها و مباحث کارشناسی آنهاست.
از نظر کارشناسان علوم فرهنگی و انسانی با توجه به این دیدگاه‌ها در خصوص تقسیم کار بین حوزه و دانشگاه، به‌نظر می‌رسد از بین تقسیمهای وحدت مبتنی بر تقسیم کار، روایت اول معقولتر، مطلوبتر و متناسب با تجربه بشری و تحولات معرفتشناسی است. فرض دوم، علاوه بر اینکه درکی مبهم از فرهنگ ارائه می‌کند، عنصر تفکر را نیز از حوزه سلب می‌کند؛ هرچند ویژگی مثبت آن، اعطای نقش الگوسازی و نظامسازی به دانشگاه است که در خور تأمل است.
فرض سوم، یعنی موضوعشناسی، علاوه بر اینکه موضوعشناسی را از حوزه‌ها میگیرد، حوزه را محدود به فقه و حکمشناسی می‌کند که این، هم جفایی در حق حوزه است و هم جفا در نقشی که حوزه میتواند در جهتدهی به علوم دانشگاهی داشته باشد. فرض چهارم درست نقطه مقابل وحدت معرفتی است که به نوبه‌خود میتواند تعارضهای اجتماعی موجود را دامن بزند و سرانجام فرض پنجم، منجر به مسیحی‌کردن اسلام به‌عنوان دینی تمام‌عیار خواهد بود که نه با واقعیت تاریخی اسلام سازگاز است و نه با برداشتهای صحیح و اصولی از متون دینی.
در مجموع، به‌نظر برخی کارشناسان فرهنگی، علاوه بر دیدگاه حضرت امام(ره) که بر محور وحدت اخلاقی - عاطفی - سیاسی - اجتماعی تأکید داشتند، تقسیم کار اصولی بین حوزه و دانشگاه میتواند تقویتکننده و تداومبخش رابطه این دو نهاد باشد.
