پدر وی، ابوتراب مدتها نایب الحکومه شهر قاین بود. افراد خانواده وی در خدمت امرای قاینات (بیرجند) یعنی خاندان علم بودند.
پدرش به کشاورزی و دامپروری اشتغال داشت. وی سه برادر و دو خواهر داشت که چهار نفر آنها در مدارس محلی بیرجند به تدریس اشتغال داشتند.
وی تحصیلات ابتدایی و متوسطه را در زادگاه خود گذراند و پس از آن برای ادامه تحصیل به تهران مهاجرت کرد. در تهران به دارالمعلمین عالی رفت و در رشته تاریخ و جغرافیا تحصیل کرد و به درجه کارشناسی نائل آمد.
سپس در حدود سال 1312 به عنوان دانشجوی برگزیده به اروپا اعزام شد و در دانشگاه ویکتوریا منچستر انگلستان به تحصیل ادامه داد و در سال ۱۳۱۷، لیسانس تخصصی خود را در جغرافیا اخذ کرد.
در سال دوم ماندن درانگلستان بود که پس از یک سال مطالعه و بررسی رشته‌های گوناگون، تصمیم خود را گرفت که در زمینه جغرافیا کار کند و از آن زمان تاریخ برای او در درجهٔ دوم اهمیت قرارگرفت.
گنجی در آن سال در گروه تخصصی جغرافیا در دانشگاه منچستر نام‌نویسی کرد و پس از چهارسال توانست لیسانس تخصصی و ممتاز در جغرافیا را به دست آورد که برابر کارشناسی‌ارشد به شمار می‌آید.
وی دلیل گرایش خود را به جغرافیا و به ویژه هواشناسی، دو رویداد خشکسالی و سیلی می‌داند که در روزگار کودکی و نوجوانی در زادگاهش رخ داد و باعث آسیب زیادی به روستاییان شده بود.
وی در سال 1331 مجددا با استفاده از بورس تحصیلی عازم آمریکا شد و مدرک دکتری خود را در رشته جغرافیا، از دانشگاه کلارک دریافت کرد. پایان نامه دکتر گنجی درباره آب و هوای ایران به زبان انگلیسی به چاپ رسیده‌است.
دکتر گنجی از سال ۱۳۱۷ تا ۱۳۵۴ در دانشگاه تهران به تدریس اشتغال داشت و به اولین شخصی که جغرافیای نوین را وارد برنامه‌های دانشگاهی کرده‌است، شناخته می‌شود. وی با درجه استادی در سال ۱۳۵۸ بازنشسته شد.
وی مراحل دانشگاهی را از دبیری تا معاونت دانشگاه طی کرده و در سال ۱۳۵۴ با اخذ درجه استادی ممتاز بازنشسته شده‌است.
وی از سال ۱۳۳۵ تا ۱۳۴۷ مدیریت اداره کل هواشناسی را عهده‌دار بود و به عنوان بینانگذار سازمان هواشناسی ایران نیز شناخته می‌شود.
دکتر گنجی همچنین از اردیبهشت سال ۱۳۴۲ تا مهرماه ۱۳۴۷ معاونت پارلمانی وزارت راه و در زمان ریاست پروفسور رضا از سال ۱۳۴۷ به مدت یک سال پست معاونت اداری و مالی دانشگاه تهران را عهده‌دار بود.
پس از چندی مشاور دانشگاه و از خردادماه ۱۳۵۳ عهده‌دار ریاست دانشکده ادبیات و علوم انسانی شد و تا پایان خدمت ۳۷ ساله دانشگاهی خود در این سمت باقی ماند.
وی در دهه 40 شمسی ریاست منطقه آسیا را در سازمان هواشناسی عهده‌دار بود و از همان سال رابطه خود را با همان سازمان حفظ کرد. از دکتر گنجی چندین کتاب از جمله اطلس اقلیمی ایران و بیشتر از 100 مقاله به زبان‌های فارسی و انگلیسی منتشر شده است.
وی علاوه بر مدیریت گروه جغرافیا، ریاست دانشکده ادبیات و علوم انسانی و معاونت دانشگاه تهران، پیش از انقلاب اسلامی، ریاست اداره کل هواشناسی ایران و ریاست هواشناسی منطقه آسیا را نیز بر عهده داشته است.
دکتر گنجی از سال ۱۳۶۴ با مرکز دایره المعارف بزرگ اسلامی، همکاری کرد و از سال ۱۳۷۰ به عنوان مشاور رئیس دانشکده علوم زمین با دانشگاه شهید بهشتی همکاری داشته است.
استاد گنجی در زمان جنگ در ستاد بسیج مسئولیت بررسی و ارزیابی نقشه جبهه‌های جنگ را بر عهده داشت. علاوه بر این از سال ۱۳۶۸ تا ۱۳۷۲ مشاور رئیس سازمان جغرافیایی نیروهای مسلح بود و از سال ۱۳۷۳ نیز با سمت مشاور دانشکده علوم زمین دانشگاه شهید بهشتی در طراحی و اجرای برنامه‌ها مشارکت داشته‌است.
همچنین از سال ۱۳۶۵ عضویت بخش جغرافیایی سازمان مطالعه و تدوین کتب دانشگاهی (سمت) را دارا بوده و با بیشتر دانشگاه‌های تهران بویژه دانشگاه تربیت مدرس در دوره‌های دکتری جغرافیا تدریس همکاری داشته‌است. وی همچنین عضویت کمیته رهبری اطلس اقلیمی ایران را در سازمان هواشناسی برعهده داشت.
وی همچنین عضو دائم‌العمری انجمن جغرافیایی انگلستان و اولین رئیس انجمن جغرافیدانان آسیا و یکی از 15 جغرافیدانان برتر جهان بوده است.
دکتر گنجنی که به پدر علم جغرافیای ایران شهرت دارد، در سال 2001 از سوی سازمان جهانی هواشناسی به عنوان دانشمند برتر جهان و دانشمند سال هواشناسی معرفی شده است.
وی در بیست و نهمین کنگره اتحادیه بین‌المللی جغرافیایی در کره جنوبی در سال ۲۰۰۰ میلادی به عنوان یکی از ۱۵ جغرافیدان برجسته جهان شناخته شد و سازمان هواشناسی جهانی، جایزه علمی سال ۲۰۰۱ خود را به وی اعطا کرد.
پدر علم جغرافیای ایران دارای 130 اثر برجسته علمی و تخصصی به زبان‌های فارسی و انگلیسی و تربیت کننده 11 نسل استاد عالی در حوزه جغرافیا است.
در مراسم نکوداشت دکتر محمد حسن گنجی علاوه بر اعطای لوح یادبود کیکی به پاس بزرگداشت زحمات این استاد فزرانه بریده شد.
مراسم نکوداشت یکصدمین سالروز تولد دکتر محمد حسن گنجی پدر علم جغرافیای ایران و موسسه اداره هواشناسی و تربیت کننده 11 نسل استاد جغرافیا در مجموعه تاریخی سعدآباد برگزار شد.
ایشان همچنین دارای نشان درجه سه در خدمات دولتی را دریافت کرده‌است. دکتر گنجی از اوایل انقلاب تا قبل از مرگ بیش از ۶۳ لوح تقدیر از مراکز آثار و مفاخر علمی، چهره‌های ماندگار، انجمن‌های علمی جغرافیایی و دانشگاه‌ها دریافت کرده‌است.
برخی از مربیان و استادان دکتر گنجی عبارتند از: میرزا احمد نراقی، شیخ احمد سلیمانی نراقی، کلنل علینقی وزیری، مفیدالملک، سیدرضی حسین (ناظم هندی)، عباس اقبال آشتیانی، ماژور مسعودخان کیهان، بدیع‌الزمان فروزانفر، سیدمحمدکاظم عصار، دکتر صادق رضازاده شفق، عبدالحسین شیبانی وحیدالملک، دکتر عیسا صدیق، دکتر اسدالله بیژن و...
- عضو مادام العمر انجمن جغرافیائی انگلستان
- عضو سابق انجمن سلطنتی مردم شناسی انگلستان و ایرلند
- عضو شورای عالی آمار
- عضو هیأت تحریریه دائره المعارف بریتانیا
- عضو افتخاری انجمن آمریکایی پیشرفت علوم
- عضو شورای عالی مردم شناسی
- عضو انجمن جغرافیائی کشورهای آسیا و آفریقا
- عضو کمیته ملی آبشناسی (یونسکو)
- عضو هیأت ممیزه دانشگاه تهران
- عضو کمیسیون بورسهای دانشگاهی
- عضو کمیسیون همکاری فرهنگی ایران و فرانسه (دانشگاهی)
- عضو کمیته جغرافیائی فرهنگستان ایران
- عضو شورای عالی جغرافیائی وابسته به سازمان جغرافیائی کشور
- عضو کمیته برنامه ریزی وزارت آموزش و پرورش
- عضو هیأت امنای مدرسه عالی بازرگانی رشت
- عضو هیأت امنای مدرسه عالی فنی تهران
- عضو اتحادیه انحمن‌های علمی
- رئیس اولین کنگره جغرافیدانان ایران ۱۳۵۲
- عضو شورای دانشگاه تهران
- اولین رئیس انجمن جغرافیدانان ایران ۱۳۵۳ تا ۱۳۵۷
برخی از آثار دکتر محمد حسن گنجی:فهرست آثار گنجی:
- جنگ و جغرافیا یا روابط دول بزرگ در اقیانوسیه. تهران، بنگاه پروین،1321
- بشر چیست. ترجمه از آثار مارک توابن. تهران چاپ سوم، بنگاه افشاری،1351
- جغرافیا سال پنجم ابتدایی(با همکاری جسین خلیلی‌فر). تهران، بنیاد فرانکلین،1337
- جغرافیا ششم ابتدایی با همکاری حسین خلیلی‌فر. تهران، بنیاد فرانکلین،1337
- آمار بارندگی ایران. تهران، مرکز تحقیقات علمی مناطق خشک دانشگاه تهران، 1338
- کتاب‌های جغرافیای دبیرستان از سال اول تا سال ششم(با همکاری گروه مؤلفان). دهه‌ی 1340
- فهرست مقاله‌های جغرافیایی(با همکاری جواد صفی‌نژاد). تهران، دانشکده‌ی ادبیات دانشگاه تهران،1341
- جغرافیای ایران(چهار فصل در جلد اول ایرانشهر). تهران، نشریه شماره‌ی 22 کمیسیون ملی یونسکو،1342
- اطلس اقلیمی ایران. تهران، مؤسسه جغرافیای دانشگاه تهران، 1346
- مجموعه‌ی 33 مقاله‌ی جغرافیایی. تهران،بنیاد جغرافیایی و کارتوگرافی سحاب،1353
- جغرافیا در ایران از دارالفنون تا انقلاب اسلامی. مشهد، آستان قدس رضوی، 1367
- تاریخچه‌ی جغرافیا در تمدن اسلامی. تهران، بنیاد دائره المعارف اسلامی، 1368
- نامه‌هایی از قهستان(ترجمه و تعلیق). مشهد، مرکز خراسان‌شناسی، 1379