علاقه او به ادبیات عرب و نیز ادبیات کهن فارسی سبب شد تا عمده مطالعات و تحقیقاتش را در این حوزه و موضوع متمرکز کند،اگر چه دغدغههای فکری او در زمینه تاریخ فلسفه و کلام اسلامی و غربی او را به سمت مطالعه در این حوزه هم کشاند که محصولش «واژهنامه فلسفی» باهمکاری صادق سجادی بود.
برگنیسی در ترجمه هم دستی چیره داشت، به خصوص متون ادبی و شعری عرب،که او از جمله متخصصان شاخص این حوزه به شمار میرفت.به گفته موسی بیدج،محقق و مترجم شناخته شده ادبیات عرب،برگنیسی نه تنها مترجم اشعار که شارح شاخص اشعار شاعران عرب بود و مقدمه او بر کتاب اشعار مهیار دمشقی(انتشارات کارنامه) نمونهای از درک و دریافت عمیق برگنیسی از شعر عرب است.
پیشدرآمدی بر شعر معاصر عربی و البته نگارش دهها مقاله برای دائرهالمعارف بزرگ اسلامی از جمله خدمات فرهنگی دیگر کاظم برگنیسی بود.
برگنیسی در فهم متون عربی کهن هم دستی چیره داشت و متنهای پیچیده و فلسفی برخی از بزرگان چون ابن سینا و فارابی را به خوبی درک و دریافت میکرد و شرح میداد.
از سالهای پایانی دهه هفتاد ، او به شکل تمام وقت درگیر مجموعهکتابخانه ادبیات فارسی، شد. محمدعلی مقدمفر،همکار برگنیسی و ناشر این آثار(انتشارات فکر روز) خاطرات فراوانی از نگاه عمیق و جامع برگنیسی به متون کهن ادبی دارد. حاصل این سالها همکاری کتابهای حافظ،سعدی،خیام،مثنوی مولوی و دیوان کبیرشمس ، جلد نخست شاهنامه، لیلی و مجنون و تذکرهالاولیاء عطار بود که دو کتاب آخری را مقدم فر خود شرح داد و از شش کتاب نخست،کتابهای حافظ،سعدی،خیام و جلد اول شاهنامه به صورت شرح عمده ابیات و دشواریهای لغات و عبارات بود و در دیوان شمس و مثنوی تنها برخی عبارات مغلق و آیات و روایات عربی برگردان فارسی شد.
این مجموعه با اقبال مناسبی در میان علاقهمندان به کتاب روبرو شد.
کاظم برگنیسی شامگاه روز شنبه26 تیر، در اثر سقوط از طبقه ششم آسانسوری که با بیمبالاتی شرکت تعمیر کننده، قفل نشده بود، مجروح و به کما رفت و در بیمارستان امام بستری شد تا اینکه صبح روز چهارشنبه،30 تیر دار فانی را وداع گفت.[کاظم برگنیسی درگذشت]
به گفته محمد زهرایی ،مدیر انتشارات کارنامه، برگنیسی در حال ترجمه قرآن و آثار متنبی و چند کتاب دیگر برایآن انتشاراتی بودو همزمان به شرح جلدهای بعدی شاهنامه برای انتشارات فکر روز سرگرم بود.
برگنیسی قرار بود فرهنگی عربی فارسی هم برای انتشارات فرهنگ معاصر تدوین کند که به رغم چند سال کار و برداشتن فیشهای فراوانی در این زمینه ، آن کار را نیمهکاره گذاشت.