در دهه 1990 گروهک منافقین در واشنگتن و دیگر شهرها فعالیت مىکرد که برجستهترین آنها شوراى ملى مقاومت ایران در پاریس بود. وزارت خارجه آمریکا در سال 1999 میلادى، فعالیت شوراى ملى مقاومت ایران را بر این اساس که شاخه‌اى از سازمان مجاهدین است، ممنوع اعلام کرد.
این شورا خود را پارلمان تبعیدى ایرانیان توصیف مىکند که شامل 530 عضو است که تنها شامل نمایندگان مجاهدین خلق نیست. علیرضا جعفرزاده سخنگوى سابق این شورا در آمریکا است که همچنان به عنوان یکى از رایزنان این گروه در واشنگتن باقى مانده و طى سالهاى اخیر نیز مکررا به عنوان تحلیلگر امور خارجى در شبکه فاکس نیوز حاضر شده است.
او در سال 2002 نیز با برگزارى یک کنفرانس خبرى، اطلاعاتى را در مورد تاسیسات غنىسازى اورانیوم ایران در شهر نطنز آشکار ساخت. جورج بوش و دیگر مقامات ارشد آمریکا نیز به صورت علنى این گروه مخالف ایران را بخاطر افشاى این اطلاعات مورد تحسین قرار دادند. برخى مقامات آمریکایى مىگویند اعتقاد دارند اطلاعات نطنز توسط اسرائیل که مىخواست آن را اعلام کند در اختیار این سازمان قرار داده شده ولى سازمان این ادعاها را رد کرده است.
در سال 2002 نیز 150 تن از اعضاى مجلس نمایندگان آمریکا با امضاى دادخواستى خواستار حذف مجاهدین خلق از فهرست سازمانهاى تروریستى آمریکا شدند. کسانى که در کمپ اشرف بودهاند گفتهاند در سال 2003 که دولت آمریکا خود را براى جنگ با عراق آماده مىکرد سازمان مجاهدین خلق چاپلوسىهاى خود را از صدام قطع و رهبران ارشد این گروه از جمله رجوى از کمپ اشرف فرار کردند.
بهزاد علیشاهى که بیش از15 سال را در کمپ اشرف به عنوان مجرى تلویزیون منافقین طى کرد، اظهار داشت ناگهان متوجه شدیم تعداد زیادى از مقامات ارشد حضور ندارند. به گفته وى ، پیش از حمله آمریکا به عراق نیز صدها تن از مبارزان این گروه به سمت مرزهاى ایران و عراق هجوم بردند تا به ایران حمله کنند، ولى پس از آنکه هواپیماهاى آمریکایى کاروان آنها و کمپ اشرف را بمباران کردند مجبور به عقب‌نشینى شدند.
مریم رجوى نیز بار دیگر به فرانسه فرار کرد ولى همسر او به همراه آرایشگر و محافظانش ناپدید شدند و این مساله باعث پراکنده شدن این شایعات شد که مسعود رجوى توسط نیروهاى آمریکایى ربوده شده تا در مورد صدام و ایران اطلاعاتى را در اختیار آنها قرار دهد. به گفته مقامات وزارت امور خارجهآمریکا، مسعود رجوى آخرین بار در مارس 2003 در بغداد مشاهده شده و هماکنون یا مرده است و یا مخفى شده است.
همزمان سازمان اطلاعات مرکزى آمریکا «سیا» نیز به مقامات فرانسه نسبت به این گروه هشدار دادند. پلیس فرانسه نیز با حمله به مقر این سازمان مریم رجوى را به همراه9 میلیون دلار پول نقد و اسنادى مربوط به حسابهاى بانکى در فرانسه، آمریکا و دیگر کشورها که در آن دهها میلیون دلار نگهدارى مىشد دستگیر کرد.
به گفته یکى از مقامات ارشد امنیتى فرانسه، علاوه بر آن، تصاویر ویدئویى از دیدار مسعود رجوى با صدام و 99 دستگاه موقعیت‌یاب ماهوارهاى براى ایران نیز کشف شد. مقامات فرانسوى همچنین مدارکى را به دست آوردند که نشاندهنده این بود که دیکتاتور عراق از این سازمان حمایت مالى مىکرده ولى مجاهدین خلق همواره این اتهام را رد کرده است.
این مدارک شامل دستههایى از دلارهاى آمریکایى بوده که در روزنامههاى عراقى پیچیده شده بود و اسنادى که مربوط به هدایاى نفتى عراق بوده است. این حمله توسط نمایندگان پارلمان فرانسه مورد انتقاد قرارگرفت و حدود 10 تن از اعضاى منافقین در اروپا و کانادا در اعتراض به این امر خود را به آتش کشیدند که دو تن از آنان جان خود را از دست دادند.
پلیس فرانسه رجوى را آزاد کرد ولى تحقیقات رسمى را در مورد تروریسم و توطئه، علیه وى و 16تن دیگر آغاز کرد.
