دولت ایران تا سال‌ها بعد از عقد قرارداد پاریس، از پذیرش دولتی تحت عنوان افغانستان در مرزهای شرقی خود ابا می‌کرد ولی بعد از گذشت چند دهه امیدهای الحاق مجدد هرات و دیگر نواحی از دست‌رفته به یأس مبدل شد و ایران استقلال افغانستان را پذیرفت.
افغانستان در 28 مرداد ماه 1298 بعد از چند جنگ خونین با بریتانیایی‌ها بالاخره استقلال خود را به‌طور کامل کسب کرد و ایران جزو نخستین کشورهایی بود که این استقلال را به رسمیت شناخت. از آن زمان تا‌کنون جز در 3 مقطع استثنایی روابط 2 کشور عادی بوده است. مقطع اول به سال1341 باز می‌گردد که تنش‌هایی پیرامون مسئله رودخانه هیرمند میان 2 دولت به‌وجود آمد و چند سال ادامه پیدا کرد. مقطع دوم به سال1357 و قدرت‌گیری جریان‌های کمونیست در افغانستان و متعاقبا پیروزی انقلاب اسلامی در ایران باز‌می‌گردد که نوعی تعارض جدی ایدئولوژیک در نگاه 2 کشور به یکدیگر پدید آورد و عملا روابط سیاسی، اقتصادی و... 2 کشور به صفر رسید. مقطع سوم نیز به سال‌های استقرار حکومت طالبان در افغانستان و قتل دیپلمات‌های ایرانی در مزارشریف باز می‌گردد، که به بحرانی بی‌سابقه میان 2 کشور منجر شد. جدای از برهه‌های سه‌گانه فوق در سایر ادوار روابط 2 کشور همواره عادی بوده است.
گفته شد که ایران از نخستین دولت‌هایی بود که استرداد استقلال افغانستان را در سال1298 به رسمیت شناخت و بعد از این تاریخ بود که روابط 2کشور به نحو چشمگیری گسترش یافت. در این میان اول تیر ماه 1300 در تقویم تاریخ روابط سیاسی ایران و افغانستان یکی از روزهای به‌یاد‌ماندنی به‌شمار می‌آید. 89سال پیش در روز یاد شده نخستین معاهده دوستی ایران و افغانستان به امضای دو دولت رسید که سردار عبدالعزیز خان به نمایندگی از دولت افغانستان و میرزا حسن خان محتشم‌السلطنه به نمایندگی از دولت ایران با امضای این معاهده 12فصلی متعهد شدند که هیات‌های سیاسی خود را در کشورهای یکدیگر ارسال داشته و سفارتخانه‌های خود را فعال کنند و از سوی دیگر مقرر شد که 2 کشور مشکلات اتباع خود را حل و فصل کرده و مقدمات همکاری‌های بعدی را که منجربه گسترش مناسبات فیمابین شود را فراهم کنند. پس از رسمیت یافتن این قرارداد، سفارتخانه ایران رسما در کابل تأسیس و مجدالملک به‌عنوان سفیر ایران در افغانستان برگزیده شد و پس از چندی رسما کار خود را آغاز کرد. روند گسترش روابط به‌حدی سریع بود که در ظرف چند سال 2 کشور سفارتخانه‌های خود را در سال1308به سفارت کبری ارتقا دادند و کنسولگری‌های 2کشور نیز در هرات و مشهد افتتاح شد.
به‌نظر می‌رسد که امضای این معاهده دوستی آغاز به رسمیت‌شناختن افغانستان به‌عنوان یک کشور مستقل است چرا که در دوران قاجار همواره نسبت به استقلال افغانستان از سوی دربار ایران اظهارنظرهای متفاوت و متضادی صورت می‌گرفت و با امضای این معاهده ایران از تمامی ادعاهای خود در قبال افغانستان دست شست.
سقوط سلسله قاجار و روی کار آمدن پهلوی در ایران، نیز در این میان تأثیر منفی بر روابط 2کشور نگذاشت و درست 3سال بعد از استقرار پهلوی در ایران، یعنی در سال1307، امان‌الله خان طی یک دوره از سفرهای رسمی به ایران آمد که حاکی از اوج‌گیری روابط بین 2کشور بود. حکومت امان‌الله خان مدتی پس از مسافرت به ایران در 24دی توسط حبیب‌الله سقا‌زاده سرنگون شد اما معاهده دوستی 1300مقدمه‌ای برای گسترش مناسبات و انعقاد‌های قراردادهای بعدی میان 2کشور شد و درست چند ماه بعد از انعقاد معاهده دوستی میان 2 کشور قرارداد تقسیم آب هیرمند نیز در ششم بهمن همان سال میان 2 کشور منعقد شد و در ششم آبان سال1306 نیز قرارداد عدم‌تعرض جدیدی میان 2کشور به امضا رسید و چند سال بعد در سال1316 پیمان سعد آباد میان 4 کشور ایران، افغانستان، عراق و ترکیه در کاخ سعد‌آباد تهران منعقد شد که به موجب آن دولت‌های فوق متعهد شدند که به مرزهای یکدیگر احترام گذاشته و از مداخله در امور یکدیگر پرهیز کنند و از تشکیلات مخالف حکومت‌های خود به هیچ وجه ممکن حمایت به عمل نیاورند. پیمان سعد‌آباد در سال 1322 به پایان رسید و سپس به‌مدت 5سال دیگر نیز تمدید شد.
هر چند معاهده دوستی ایران و افغانستان با سقوط امان‌الله‌خان تا حد زیادی کارایی خود را از دست داد و افغانستان وارد یک دوران متفاوت شد اما با تمام این، از آن می‌توان به‌عنوان یک گام بلند در گسترش مناسبات ایران با افغانستان یاد کرد. به‌عبارتی دیگر به اعتقاد برخی از صاحب‌نظران، نطفه روابط جدید ایران و افغانستان در دوران معاصر با این معاهده دوستی و آغاز حکومت امان‌الله‌خان در کابل بسته می‌شود. از زمان سقوط امان‌الله‌خان به این سو مخصوصا در دوران سلطنت محمد ظاهرشاه تحول باید و شایدی در روابط 2 کشور صورت نگرفت. به استثنای مسائل هیرمند که هر‌از‌گاهی در روابط 2 کشور مشکل آفرین می‌شد تقریبا عامل تنش‌زای دیگری در روابط 2 کشور وجود نداشت؛ مسئله‌ای که در سال1351 با اراده 2 دولت حل و فصل و مقرر شد که سهم ایران از آب هیرمند 26متر مکعب در ثانیه باشد. در کل دوران محمد ظاهرشاه را می‌توان یکی از آرام‌ترین برهه‌های روابط 2کشور عنوان کرد ولی اوج تغییر و تحول در روابط تهران و کابل را می‌توان در سه دهه اخیر نظاره کرد.
در اوایل دهه1350 تحول مهمی در افغانستان صورت گرفت که تأثیر بسزایی در روابط ایران و افغانستان از خود بر جای گذاشت. 26تیر ماه1352 سردار داوودخان با کودتا علیه محمد ظاهرشاه نظام سلطنتی را ملغی و آغاز نظام جمهوری را در افغانستان اعلام کرد. قرار گرفتن داوودخان در رأس حکومت جمهوری به شکل موقت دغدغه‌هایی را برای دولت ایران به همراه داشت چرا که سردار با حمایت کرملین و نظامیان کمونیست در کابل به قدرت رسیده بود و این دغدغه را به‌وجود آورده بود که مبادا افغانستان به پایگاه جدیدی برای روس‌ها در منطقه تبدیل شود.
ایران در راستای سیاست آمریکا روابط خود را با کابل حفظ کرد و کمک‌های بلاعوض فراوانی را در اختیار سردار داوود قرار داد که تأثیر بسزایی در گسترش روابط سردار با بلوک غرب، داشت. نزدیکی بیش از حد سردار به غرب عاقبت به واکنش شدید روس‌ها منجر شد و کودتای هفتم اردیبهشت1357 را رقم زد. برخلاف آنچه ابتدا تصور می‌شد روابط ایران و افغانستان در دوران سردار داوود نه تنها افول نکرد بلکه توسعه نیز پیدا کرد. میزان مبادلات تجاری 2 طرف از 100هزار دلار در 1350 در سال1355 به 6میلیون دلار رسید. در سال1353 نخستین کمیسیون اقتصادی ایران و افغانستان در کابل تشکیل شد و پروتکل‌هایی پیرامون مسائل راه‌آهن، دامداری، کشاورزی و... به امضاء 2 دولت رسید و اینگونه نشست‌ها تا سال57 میان تهران و کابل ادامه یافت و در مجموع میزان کمک‌های ایران به افغانستان از 85میلیارد دلار فراتر می‌رفت.
سقوط سردار داوودخان و قرارگرفتن کشور در کنترل نیروهای چپ گرا در هفتم اردیبهشت57 و پیروزی انقلاب اسلامی ایران بسیاری از معادلات منطقه‌ای و جهانی را تحت‌الشعاع خود قرار داد و روابط تهران- کابل را نیز با دگرگونی‌های اساسی مواجه ساخت. انقلاب اسلامی ایران به محض پیروزی علیه دولت کمونیستی کابل موضع گرفت که این موضع‌گیری با ورود نیروهای ارتش سرخ به افغانستان در 4 و 5 دی ماه1358 بیش از پیش شدت یافت و ایران نخستین کشوری بود که حضور نظامی شوروی را در افغانستان محکوم کرد. دولت کمونیستی کابل هم که ظهور انقلاب اسلامی را در همجواری خود یک خطر جدی تلقی کرد یک موضع منفی در برابر جمهوری اسلامی گرفت. در ظرف مدت زمان اندکی 2کشور دیپلمات‌های کشور مقابل را از سفارتخانه‌ها و کنسولگری‌های کشور خود اخراج کردند و بسیاری از قراردادهای فیمابین کان‌لم‌یکن اعلام شد.
استقرار نظام جمهوری اسلامی در ایران این کشور را به پایگاهی برای نیروهای جهادی افغانستان تبدیل کرد. بسیاری از احزاب و جریان‌های جهادی افغانستان با الهام از آموزه‌های انقلاب اسلامی شکل گرفتند و از حمایت بالای جمهوری اسلامی برخوردار شدند. در مهرماه 1360 وزیر خارجه وقت جمهوری اسلامی ایران سیاست و مواضع کلی جمهوری اسلامی ایران را پیرامون بحران افغانستان در جریان سی‌وششمین نشست مجمع عمومی سازمان ملل اعلام داشت و یک ماه بعد نیز طرح صلحی را برای حل بحران افغانستان ارائه کرد؛ طرحی که در آن بر خروج بی‌قید و شرط نیروهای ارتش سرخ از افغانستان و حق تعیین سرنوشت برای ملت افغانستان تأکید شده بود. این طرح همچنین مسئله افغانستان را یک مسئله داخلی دنیای اسلام عنوان می‌داشت و با بین‌المللی کردن آن مخالف بود. به شکل کلی، روابط ایران و افغانستان تا سقوط دکتر نجیب‌الله در سال1371 هیچ تغییری را شاهد نبود و سراسر تعارض بود.
بعد از پیروزی مجاهدین و خروج نیروهای ارتش سرخ از افغانستان، جمهوری اسلامی ایران بلافاصله از دولت مجاهدین حمایت و آن را به رسمیت شناخت. این اعلام حمایت در سال‌های جنگ داخلی با حمایت از دولت برهان‌الدین ربانی به‌عنوان دولت قانونی افغانستان ادامه یافت و در سال‌های سیطره طالبان بر افغانستان نیز با حمایت از نیروهای جبهه ضد‌طالبان ادامه پیدا کرد. قتل دیپلمات‌های ایرانی در ماجرای تصرف مزار شریف، مهم‌ترین رویداد تنش برانگیز میان جمهوری اسلامی ایران و طالبان محسوب می‌شود که 2 طرف را تا مرز درگیری‌های نظامی نیز پیش برد. طولانی شدن بحران در افغانستان نزدیک به سه‌دهه 2کشور را از داشتن روابط حسنه و حسن‌همجواری محروم کرد اما با تمام اینها آنچه یکباره همه چیز را دگرگون کرد وقوع حوادث یازدهم سپتامبر در سال2001 و آغاز عملیات نظامی آمریکا در افغانستان بود که به فروپاشی طالبان و شکل‌گیری دولت جدید در این کشور منجر شد. 9سال اخیر را می‌توان طلایی‌ترین برهه در تاریخ روابط دوجانبه ایران و افغانستان تحلیل و ارزیابی کرد.
به جرأت می‌توان ادعا کرد که روابط 2 کشور هیچ‌یک از برهه‌های تاریخی به این اندازه حسنه و رو به گسترش نبوده است. نقش غیرقابل انکار ایران در کنفرانس‌های متعدد بین‌المللی بازسازی و امنیت افغانستان و اختصاص بیش از 600میلیون دلار کمک به بازسازی این کشور فقط بخشی از تلاش‌های جمهوری اسلامی ایران برای تقویت روابط با نظام سیاسی جدید افغانستان است. در سال2006 میلادی 4درصد از کل حجم صادرات ایران به افغانستان صورت گرفت و این میزان صادرات در سال2009 میلادی به مرز یک میلیارد دلار رسید.
در طول 8سال اخیر سفرهای دیپلماتیک خوبی از سوی سران و مقامات 2 کشور صورت گرفته است و دولت افغانستان تا سر حد امکان سعی داشته است مناسبات خود را با ایران تحت‌الشعاع تنش‌های موجود میان تهران و واشنگتن قرار ندهد. شرایط به‌گونه‌ای است که هم‌اکنون هیچ‌گونه مانع جدی در روابط 2 طرف مشاهده نمی‌شود. به جز برخی موارد مانند احیای مجدد نیروهای طالبان، افزایش بی‌رویه مواد‌مخدر و... که نیازمند یک همکاری منطقه‌ای است، گمان نمی‌رود معضل دیگری که خلل در روابط عالی و حسنه کنونی ایجاد کند، وجود داشته باشد.
