دادگاه انقلاب تهران با اعلام محاربه و افساد فی‌الارض ریگی، به اتهام 79 مورد اقدامات جنایتکارانه، به استناد مواد 190، 191، 186، 185 و 183 قانون مجازات اسلامی، حکم اعدام را برای او صادر کرد.
154شهید، 320 مجروح و معلول
گروهک تروریستی موسوم به جندالله که عبدالمالک‌ریگی سرکرده آن بود، از سال 82 تا زمان دستگیری در زمستان 88، 35 مورد گروگانگیری از اتباع داخلی و خارجی، 25 مورد اخاذی و بیش از 40 فقره عملیات راه‌بندی مسلحانه توأم با انفجار در خاک ایران انجام داد که در این مجموعه عملیات تروریستی، 154 نفر از نیروهای انتظامی و مردم بی‌گناه شهید و 320 نفر نیز مجروح شدند.
تقاضای عفو
ریگی در جریان دفاع از خود در دادگاه، با قبول اتهام‌ها و جنایت‌هایش، این اقدامات خود را اشتباه خواند و تاکید کرد جنایاتش با موازین اسلامی و انسانی در تضاد بوده است و در ادامه از عوامل گروهک خود نیز خواست که اشتباهات او را تکرار نکنند. او همچنین خواستار بخشش از سوی شاکیان پرونده شد.
عبدالمالک‌ریگی همچنین یک روز پیش از اعدام، با خانواده‌های قربانیان حملات و عملیات تروریستی گروهک تحت فرمان خود رودررو شد. به گزارش پرس‌تی‌وی، او در این دیدار ضمن اظهار پشیمانی از اقدامات خود از خانواده‌های قربانیان خواست او را مورد عفو و بخشش قرار دهند. عبدالمالک‌ریگی، اسفند 1388 هنگامی که از دوبی عازم قرقیزستان بود توسط نیروهای امنیتی ایران دستگیر و به کشور منتقل شد.
نخستین گروگانگیری
براساس گزارش ایسنا، گروهک تروریستی تحت امر عبدالمالک‌ریگی در نخستین گروگانگیری، 9مرزبان ایرانی را در تاریخ 7دی‌ماه سال84 گروگان گرفتند. چند روز بعد گروگانگیران یکی از آنها را آزاد کردند. 28روز بعد یعنی در 10بهمن84 علی جنتی، معاون سیاسی وقت وزارت کشور از تحویل 7مرزبان گروگان گرفته‌شده توسط اشرار در منطقه سیستان در شهرستان سرباز به مقامات ایرانی خبر داد.
ماجرای تاسوکی
در 25 اسفند 84، ماجرای معروف به تاسوکی رخ داد. حسینعلی شهریاری نماینده مردم زاهدان در مجلس، فردای آن روز، کشته شدن 21 نفر از مردم زاهدان و زخمی شدن 5 نفر دیگر در محور زابل - زاهدان را تایید کرد.
جنایت در دوراهی دارزین
واقعه دارزین در تاریخ 23 اردیبهشت‌ماه 85 ساعت 21:15 در کیلومتر 35 محور «بم ـ کرمان» در دو راهی «دارزین» اتفاق افتاد. اشرار مسلح 12 تن از هموطنان‌مان را در این عملیات به شهادت رساندند.
بنا بر گزارش‌های دریافتی از صحنه وقوع جنایت، اشرار مسلح پس از به شهادت رساندن سرنشینان خودروها، با مسدود کردن مسیر، اقدام به آتش زدن خودروی قربانیان کرده بودند و در تمامی این مدت، عاملان جنایت، پسر‌بچه 12 ساله‌ای که تنها شاهد قتل‌عام بود را به تیر چراغ برق بسته بودند.
انتقال در نیمه‌شب سراوان
در نیمه شب 24 خرداد 87، گروهی از اشرار و عوامل گروهک تروریستی جندالله در یک عملیات غافلگیرانه، 16نفر از کارکنان ناجا را در اطراف سراوان، به گروگان گرفته و آنان را به کشور پاکستان انتقال دادند. احمدرضا رادان، جانشین فرمانده نیروی انتظامی در تاریخ 15 آذر 87 گفت: متأسفانه تمامی گروگان‌های حادثه سراوان به دست گروهک تروریستی عبدالمالک ریگی به شهادت رسیده‌اند. گفتنی‌است، تنها یکی از گروگان‌ها با پرداخت پول از طرف خانواده وی آزاد شد.
پرونده سنگین
بمب‌گذاری در مسجد علی ابن ابی‌طالب(ع) در خرداد 88 با 21 شهید و 182 مجروح، به شهادت رساندن جمعی از مردم و سران طوایف و فرماندهان سپاه در تاریخ 26 مهر 88، با شهادت 41 نفر از جمله سردار شوشتری جانشین فرمانده نیروی زمینی سپاه و سردار محمدزاده فرمانده سپاه پاسداران سیستان و بلوچستان، سران قبایل و طوایف و 21 نفر از مردم بی‌گناه نیز از جمله جنایات خونبار عبدالمالک‌ریگی و تنها بخشی از فعالیت‌های تروریستی او و گروهک تحت امر اوست.
