اما بسیاری در شیلی با گذشت بیش از 3دهه از این ماجرا، هنوز این روایت را باور ندارند و خواستار روشن شدن موضوع هستند، به همین دلیل و بنا به دستور قاضی یک دادگاه در شیلی بقایای جسد سالوادور آلنده، رئیس‌جمهوری سابق شیلی برای تحقیق درباره چگونگی مرگ او از قبر خارج شده است. این تحقیقات برای پاسخ به این سؤال انجام می‌شود که آیا آلنده خودکشی کرده یا توسط نظامیان به قتل رسیده است.
براساس روایت رسمی از مرگ سالوادور آلنده، او در روز ۱۱سپتامبر سال۱۹۷۳ و زمانی که نیروهای ژنرال آگوستو پینوشه در جریان یک کودتای نظامی کاخ ریاست‌جمهوری را محاصره کردند، با شلیک گلوله به زندگی خود پایان داد. اما از آنجا که هیچ‌گاه تحقیقات رسمی درباره مرگ او انجام نشده، برخی معتقدند که نیروهای نظامی او را کشته و بر این موضوع سرپوش گذاشته‌اند.
به گزارش شبکه خبری بی‌بی‌سی، بعد از کودتای سال۱۹۷۳، نظامیان شیلی به رهبری ژنرال پینوشه به‌مدت ۱۷سال بر این کشور حکمرانی کردند. در این دوره بیش از ۳هزار مخالف سیاسی توسط نظامیان کشته یا ناپدید شدند. پرونده سالوادور آلنده یکی از ۷۲۶پرونده نقض حقوق بشری است که همچنان در حال بررسی است.
با موافقت خانواده آلنده، قاضی یک دادگاه در شیلی گروهی از متخصصان جرم‌شناسی شیلیایی و خارجی را مامور تحقیق درباره چگونگی کشته شدن سالوادور آلنده و شفاف‌سازی در این باره کرده‌است. نبش قبر آلنده که در زمان مرگ ۶۵سال داشت، روز دوشنبه انجام شد و تحقیقات آغاز شده‌است. جسد آلنده بعد از حمله زمینی و هوایی نظامیان به کاخ ریاست‌جمهوری شیلی پیدا شد. بنا بر گزارش رسمی کالبدشکافی جسد آلنده، او به وسیله اسلحه‌ای که دوستش، فیدل کاسترو، رهبر وقت کوبا به او هدیه داده بود، خودکشی کرده است. در آن زمان پزشک آلنده نتیجه کالبدشکافی را تأیید کرد و خانواده او نیز آن را پذیرفتند.اما شماری از هواداران او همچنان بر عقیده خود مبنی بر کشته شدن آلنده توسط سربازان پینوشه پافشاری می‌کنند.
نبش قبر سالوادور آلنده باعث زنده شدن خاطرات تلخ دوران کودتا و حکمرانی نظامیان بر این کشور شده است. از نگاه برخی از مردم شیلی، سالوادور آلنده یک مارکسیست بی‌پروا بود که قصد داشت شیلی را به کوبایی دیگر تبدیل کند، در حالی که دیگران او را یک سوسیالیست دمکرات می‌دانند که در اوج محبوبیت توسط ژنرال پینوشه از قدرت خلع شد. سباستین پینیرا، رئیس‌جمهور شیلی می‌گوید که به‌طور رسمی از دولت آمریکا خواهد خواست تا اسناد و مدارک طبقه‌بندی‌شده در باره نقض حقوق بشر در دوران حکومت ژنرال آگوستو پینوشه را به این کشور تحویل دهد. پینیرا این اظهارات را چند ماه پیش و یک روز پس از آن بیان کرد که باراک اوباما در دیدارش از شیلی گفت که درخواست‌های دولت شیلی در این مورد را مدنظر قرار خواهد داد. اوباما در این دیدار، از عذرخواهی برای حمایت کشورش از ژنرال پینوشه شانه خالی کرد.
بیش از 3هزار نفر در دوران حکومت نظامیان در شیلی طی سال‌های۱۹۷۳ تا ۱۹۹۰ کشته شدند. هنوز بیش از هزار پرونده مربوط به این دوران به سرانجام نرسیده و صدها پرونده دیگر توسط قضات مستقل تحت بررسی است. پینیرا گفته‌است که دولت او متعهد به یافتن تمامی حقایق است تا عدالت جاری شود.
ائتلافی از احزاب چپگرای شیلی از رئیس‌جمهور آمریکا خواسته‌اند تا به خاطر نقش آمریکا در کودتایی که منجر به قدرت رسیدن ژنرال پینوشه شد، عذرخواهی کند.
