متن پیام به این شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم
درگذشت عالم خدمتگزار و قرآن پژوه آیت الله آقای حاج شیخ محمدهادی معرفت رحمه الله علیه را به حوزه ی علمیه و علما و فضلای قرآنی و مردم وفادار قم و به خانواده و فرزندان محترم ایشان تسلیت می گویم.
این روحانی عالی مقام خدمات ارزشمندی در زمینه تحقیقات و تألیفات دینی به ویژه در تفسیر و علوم قرآنی به جامعه علمی کشور عرضه داشته اند و تألیفات ایشان یادگارهایی ماندنی به شمار می آید.
ایشان همچنین در عرصه های مجاهدات ملت ایران در دوره های گوناگون حضور داشته اند و فرزندشان در دفاع مقدس به فیض شهادت رسیده است. از خداوند متعال علو درجات این فقید سعید را مسألت می کنم.
سیدعلی خامنه ای