او با استقلال اهواز موفق نبود و راهی سپاهان شد. بوناچیچ در 2 فصل متوالی 85-84 و 86-85 توانست سپاهان را قهرمان جام حذفی کند. با سپاهان البته در فصل 87-86 نایب قهرمان لیگ‌برتر هم شد و بدین‌ترتیب با این تیم مجوز حضور در لیگ قهرمانان آسیا را به‌دست آورد. در این رقابت‌ها بوناچیچ دست به کار بزرگی زد و برای نخستین بار سپاهان را به فینال لیگ قهرمانان رساند.
گرچه این تیم نتوانست قهرمان شود، نایب‌قهرمانی در این مسابقات هم افتخار بزرگی برای این مربی بود. بوناچیچ پس از آن دوباره به فولاد خوزستان بازگشت و لیگ نهم برای دومین بار روی نیمکت این تیم نشست. با این حال، بوناچیچ نتوانست موفقیت نخست خود را در فولاد تکرار کند و به‌دلیل نتایج ضعیف خیلی زود برکنار شد. بوناچیچ در این دوران دیگر توانایی مربیگری خود را ثابت کرد و اغلب با پیشنهاد تیم‌های دیگر مواجه می‌شد. بدین ترتیب سرمربی مس کرمان شد و توانست با این تیم به مرحله دوم لیگ قهرمانان آسیا برسد. برای تیم معمولی مس کرمان این اتفاق موفقیت چشمگیری به حساب می‌آمد. او البته در کرمان هم نماند و سال89 سرمربی تیم دسته اولی گسترش فولاد شد ولی موفقیتی با این تیم کسب نکرد تا ابتدای این فصل برای دومین بار پیشنهاد سرمربیگری سپاهان را بپذیرد.
مسئولان این باشگاه بعد از جدایی امیر قلعه‌نویی تصمیم گرفتند این مربی کروات را به خدمت بگیرند که علاوه بر لیگ برتر، در لیگ قهرمانان آسیا هم دارای تجربه لازم است. باشگاه سپاهان به درخشش با این مربی امیدوار بود ولی این تیم در لیگ قهرمانان به‌دلیل استفاده از رحمان احمدی 2 اخطاره مقابل السد قطر به مشکل برخورد و حذف شد. این اتفاق البته به نحوه مربیگری بوناچیچ ارتباطی نداشت، اما اختلاف او با برخی بازیکنان سپاهان سبب شد که مسئولان باشگاه او را برکنار کنند. جالب اینکه با رفتن حمید استیلی، مرد کروات یکی از گزینه‌های مربیگری پرسپولیس شد، ولی دنیزلی سرمربی این تیم شد تا بوناچیچ فعلا در فوتبال ایران پستی نداشته باشد.
