در واقع با تلاش‌های این دو امام همام بود که این مسیر پی‌ریزی شد و به‌ویژه در دوران امام صادق(ع) این مهم شکل بارزی به‌خود گرفت. تلاش امام در تدوین فقه و دیگر معارف شیعی تا به آنجا تداوم داشت که شیعه دوازده امامی را شیعه جعفری نیز می‌خوانند. مطلب حاضر اختصاص به این موضوع دارد.
سرچشمه‌های جوشان حکمت و علم الهی که از سینه پاک و مطهر رسول‌اکرم(ص) جوشیدن گرفت و عالمی را مجذوب و شیدای خویش کرد لاجرم باید بعد از حضرت در جریان و سیران باشد و طالبان علم و حکمت را از زلال معرفت خویش سیراب کند، پس بعد از ختمی‌مآب(ص)، علی مرتضی باب مدینه علم رسول و حامل معارف نبوی شد که این جریان باطنی و روحانی در دامان ولایت ائمه ادامه یافت و پس از سرحلقه فتیان عالم در سلاله پاک حضرت، یکی پس از دیگری متجلی شد تا نوبت به ولایت صادق آل محمد(ع) رسید و وجود نازنین جعفربن‌محمد(ص) حامل و وارث علوم نبوی و معارف حقه الهی شد.
در زمان امام محمدباقر(ع) که دولت اموی رو به ضعف نهاده بود و نفس‌های آخر را در سینه داشت فرصت برای نشر معارف حقه اسلام فراهم شد و حضرت باقرالعلوم(ع) همت خویش را مصروف تعلیم و تربیت عالمان و دانشمندان عصر کرد؛ این امر و فرصت در دوران حضرت صادق(ع) گسترده‌تر شد و حضرت توانستند تجلی تامه علم لدنی و معارف نبوی را به جهانیان عرضه دارند و جان عالمیان را از نفحه الهی معطر کنند. تعلیم و تربیت شاگردان متعدد و برجسته در حوزه‌های علمی گوناگون که از برکت وجود ذی‌جود صادق آل‌محمد(ص) نشأت می‌گرفت موجبات استحکام علمی و ژرفای فهم از اسلام را فراهم کرده و پایگاه فقه جعفری برقرار شد، چه، شاگردانی که امام پرورش می‌دادند آنچنان در علوم تخصصی خویش عمیق و ژرف بودند که آثار و اثرات ایشان و حتی تالیفات آنان تا قرون بعدی، اساس تعالیم فقهی و علمی را به‌خود اختصاص می‌دادند، چنان‌که 400کتاب در فقه تدوین شد و اساس کار تفقه در دین قرار گرفت یا در شیمی کتب جابر در قرون وسطی به زبان‌های اروپایی ترجمه و مورد توجه اروپاییان قرار گرفت و نیز در حکمت و فلسفه موضوعات بدیعی مطرح و حل و فصل شد. در این‌باره مؤلف کتاب زندگی و تمدن در قرون وسطی می‌نویسد:
27جلد کتب جابربن‌حیان از شاگردان حضرت جعفرصادق(ع) که در علم کیمیا [شیمی] بود ابتدا به زبان آلمانی و سپس فرانسه ترجمه شد و مبنای علم شیمی اروپاییان شد. در دوران حضرت صادق(ع) به‌علت پیدایش فرق و مذاهب گوناگون در عالم اسلام و نیز آشنایی مسلمین با آرای دیگر ادیان، پرسش‌ها و مسائل جدیدی در عالم اسلام مطرح می‌شد که پاسخ به آنها و رفع شبهات جدید امری خطیر و حائز اهمیت بود. در مقدمه‌ای که دکتر کاظم مدیر شانه‌چی بر فرهنگ فرق اسلامی نوشته‌اند آمده است:
در عصر امام صادق(ع)که بازار مناظرات مذهبی از رونق شایان توجهی برخوردار بود، مباحثات و مناظراتی از آن حضرت و شاگردانش با زنادقه و ملاحده و نیز با فرق اسلامی به ما رسیده است که از آن‌جمله مناظره امام(ع) با ابن ابی العوجاء و احتجاج آن حضرت با زنادقه و احتجاج با معتزله و احتجاج با عمروبن عبید است.
در این زمان افرادی مانند ابن‌ابی‌العوجاء با جعل احادیث، قصد رخنه در دیانت مقدس اسلام را داشتند و این امر، کار حضرت صادق را در اشاعه فرهنگ اصیل و اسلام ناب بیشتر و بهتر نمایان می‌کند. اما از تعالیم عالیه حضرت صادق به شاگردان که نشان از احاطه عمیق و گسترده در علم و ژرفای معرفت ایشان دارد می‌توان به حدیث عنوان بصری اشاره کرد. حضرت در این گفتار گرانقدر موضوعاتی را تبیین می‌کنند که برای رهرو راه حقیقت بسیار عالی و شگرف است چنان‌که عارف عامل سیدعلی آقا قاضی نیز بر التزام به آن تاکید می‌کرده‌اند. امام در این بیانات پرگهر اصل و منشأ علم حقیقی را چه زیبا و شگرف بیان و تبیین علم الهی نموده‌اند، آنجا که می‌فرمایند: ای ابا عبدالله علم به یادگیری نیست. همانا علم نوری است که در دل هر آنکس که خداوند تبارک و تعالی بخواهد او را هدایت کند، واقع شود، پس اگر علم می‌خواهی اول در نفس و جان خود حقیقت عبودیت را بطلب و علم را با عمل‌کردن به آن طالب شو و از خدا طلب فهم کن تا تو را بفهماند.
حدیث دیگری که از ایشان منقول است، «توحید مفضل» نام دارد که به شاگرد خویش مفصل تعلیم فرموده‌اند و در این حدیث طولانی به بررسی طبیعیات و ارتباط آن با خالق یکتا و... پرداخته و رفع شبهات و اشکالات کرده‌اند. اما حدیث دیگری که از لسان مبارک امام(ع) صادر شده و خاتمه‌دهنده جدل‌ها و مباحثات بسیاری بوده است حدیث معروف «لاجبر و لا تفویض بل امر بین الامرین» است که در کتاب «گلبانگ مغز» می‌خوانیم: در این اختلافات دامنه‌دار که موجب تشتت فکری ابنای زمان بود [منظور اختلاف بین جبریون و اختیاریون است]، انگشت گره‌گشای صادق آل محمد(ص) جمله گهرباری تقریر فرمودند که جای ابهام باقی نگذاشت و این معضل لاینحل را با یک عبارت به روشنی آفتاب آشکار ساختند؛ نه باری تعالی بشر را بالکل رها ساخته و نه اراده را از وی گرفته که مسلوب‌الاراده شود زیرا اگر چنین می‌شد دیگر کتب آسمانی، مفاهیم عالیه خود را از دست می‌دادند.
در کل حضرت صادق(ع) که با توجه به اوضاع مساعد زمان به ترویج علوم و معارف حقه پرداخته بودند سعی می‌فرمودند تا به فراخور استعداد و توانایی افراد به تعلیم و تربیت بپردازند و اسلام راستین را به دور از هرگونه جعل و تحریف بنمایانند و این شد که بعد از قرون متمادی افرادی چون ابن‌سینا، میرداماد، میرفندرسکی، ملاصدرا، سیدحیدر عاملی، سیدعلی آقاقاضی و علامه طباطبایی ظهور کردند و به ستاره‌ای درخشان در عالم علم و عمل مبدل شدند.
