آن زمان که خشکسالی مکه بود، جعفر به دلیل معیشت سخت و تنگ پدرش، در خانه عمویش عباس بزرگ شد و همچنان نزد او ماند تا در سال اول بعثت پیغمبر اسلام، اندکی بعد از برادرش علی علیه السلام مسلمان شد و اسلام آورد.
سال 5 هجرت، بر اثر فشار زیاد و شکنجه کفار قریش و بنا بر توصیه پیغمبر به مسلمانان برای مهاجرت از مکه به حبشه،جعفر با همسرش اسماء بنت عمیس، به حبشه رفت. پیغمبر نامه‌ای برای نجاشی پادشاه حبشه به دست جعفر داد و او را دعوت به اسلام کرد و از نجاشی خواست تا به اوضاع جعفر (امیر و سرپرست تمام مسلمانان مهاجر) و همراهانش رسیدگی کند. از آنطرف کفار قریش هم، چند نفر را با هدایایی نزد نجاشی فرستادند تا مسلمانان مهاجر را به مکه برگرداند ولی سخنان جعفربن ابیطالب در دل نجاشی اثر کرد.
او در جلسات مناظره ای که با کفار قریش داشت، به خوبی مواضع و دیدگاه اسلام را بیان کرد تا جایی که نجاشی و اسقف هایش را متقاعد کرد و کفار قریش، ناامید به مکه برگشتند. نقل است که نجاشی بعد از سخنان جعفر، مسلمان شد. جعفر در حبشه صاحب چند فرزند شد که از آن جمله عبدالله، محمد، عون بودند و اولین مولود مسلمان در حبشه عبدالله بود که بعدها، داماد امیرالمؤمنین علی علیه السلام و شوهر حضرت زینب سلام الله علیها شد.
سال ششم هجرت، جعفر به دستور پیامبر مسلمانان را به مدینه برگرداند که در سال هفتم بعد از جنگ خیبر به مدینه رسیدند. وقتی پیغمبر جعفربن ابیطالب را دید، او را در برگرفت و میان دو چشمش را بوسید و با خوشحالی گفت: به خدا قسم نمی دانم از آمدن جعفر خوشحال شوم یا از فتح خیبر! آنگاه پیغمبر، خانه ای در کنار مسجد به او اختصاص داد و از غنائم غزوه خیبر به او و مهاجران همراهش سهمی دادند.
در سال هشتم هجرت، زمانی که فرستاده پیغمبر در مقابل پادشاه بصری در روستای «موته» کشته شد، پیغمبر بسیار ناراحت شد، سپاه سه هزار نفری بنام سپاه «امرا» تشکیل داد و فرماندهی آن را به 3 نفر از صحابه داد که اولین فرمانده آن، جعفر بود. این سپاه در مقابل سپاه دویست هزار نفری رومیان جنگید، جعفر در این نبرد، هر دو دستش قطع شد ولی نگذاشت که پرچم روی زمین بیفتد و خودش در همین جنگ «موته» شهید شد.
از این رو پیغمبر فرمود: خداوند به جعفر دو بال داده و او با فرشتگان در بهشت به هر جا که می خواهد پرواز می کند. به همین سبب او را «جعفر طیار» و «ذوالجناحین» می گویند. در همان روز شهادت جعفر، پیغمبر از طریق وحی آگاه و بسیار غمگین شدند، آنگاه مردم مدینه را جمع کرده و واقعه موته و چگونگی شهادت سه سردار سپاه را برای آنها گفتند، سپس برای آنها آمرزش خواست و آنان را "شهید" خواند.
عبدالله فرزند جعفر می گوید: من به یاد دارم که وقتی خبر شهادت پدرم جعفر به مدینه رسید پیامبر اکرم به خانه ما آمدند و تسلیت گفتند و دست مبارک بر سر من و برادرم کشیدند و بر روی ما بوسه زدند در حالی که اشک ایشان روان بود و فرمودند: که جعفر به بهترین ثواب رسید و تا سه روز هر روز به خانه ما می آمدند و ما را تسلی می دادند و به مادرم اسماء بنت عمیس فرمودند: غم مخور که من ولی شمایم در دنیا و آخرت.
فضائل و مناقب جعفربن ابیطالب:
او در عصر جاهلیت به داشتن چهار خصلت، متمایز بود. پرهیز از شرابخواری، دروغ، فحشاء، و بت پرستی. جعفر خطیبی توانا و مردی شجاع، سخاوتمند، بردبار و متواضع و شخصیتی نافع داشت و دارای عقل و درایت و هوش زیاد و اراده قوی بود. این سردار برجسته، آگاه به مسائل دینی و آشنا به فنون و اصول جنگ بود و از سابقین در اسلام بود.
درباره فضایل او روایاتی از پیامبر نقل شده که جعفر در ردیف بهترین مردم و با پیامبر از یک طینت و سرشت و از نظر خلق و خوی شبیه ترین افراد به پیغمبر بوده است. هم چنین پیغمبر، او را از "ابوالمساکین" یعنی پدر بینوایان دادند، زیرا او بسیار به فقرا و مستمندان رسیدگی میکرد و اموالش را میان آنها تقسیم نمود. ارادت و علاقه اش به برادر خود، علی بن ابیطالب هم بسیار زیاد بود. او از پیامبر روایت نقل کرده و پسرش عبدالله، ابوموسی اشعری، عبدالله بن مسعود، عایشه، ام سلمه و دیگران هم از او نقل حدیث کرده اند.
وفات:
بنا بر قول مشهور، او در هنگام شهادت 41 سال داشت و در همان منطقه (موته) شهید شد و مزار او و سایر شهدای موته، در منطقه ای معروف به شهر مزار در اطراف موته (شهری در استان کرک اردن) قرار دارد. ظاهرا قبر آنها قبلا مخفی بود ولی امروزه شناخته شده و امروز زیارتگاه است. گفته می شود که "ظاهر بیترس اول" چهارمین سلطان مصر، مزار جعفر را تجدید بنا کرد و اوقاف بسیاری به آن اختصاص داد.
بنا بر قول مشهور، او در هنگام شهادت 41 سال داشت و در همان منطقه (موته) شهید شد و مزار او و سایر شهدای موته، در منطقه ای معروف به شهر مزار در اطراف موته (شهری در استان کرک اردن) قرار دارد. ظاهرا قبر آنها قبلا مخفی بود ولی امروزه شناخته شده و امروز زیارتگاه است. گفته می شود که "ظاهر بیترس اول" چهارمین سلطان مصر، مزار جعفر را تجدید بنا کرد و اوقاف بسیاری به آن اختصاص داد.
