امام این مدت را در 5 نقطه گذراندند که عبارتند از: زندان باشگاه افسران، زندان قصر، زندان عشرتآباد، منزلی متعلق به ساواک در داوودیه تهران و منزل دیگری در قیطریه.
باشگاه افسران
امام خمینی در زندان باشگاه افسران تنها چند ساعت ماندند. سپس به پادگان قصر (بی‌سیم) انتقال یافتند. ایشان در این مکان، به مدت 19 روز در بازداشت بودند. طی این مدت حکومت شاه با دردسرهای فراوانی مواجه بود.
این دردسرها اشکال گوناگونی داشت. در این مدت واکنش‌های گسترده‌ای از سوی شخصیت‌ها و مجامع روحانی نسبت به بازداشت امام و سایر زندانیان سیاسی 15 خرداد ظاهر شد.
عموم علما و روحانیون شیعة ایران و عراق با صدور اعلامیه‌ها و تلگرام‌هایی، دستگیری امام و دیگر علما و روحانیون و نیز کشتار مردم عزادار دوازدهم محرم (15 خرداد) را محکوم کردند و کمتر از یک هفته پس از آن واقعه، دهها نفر از برجسته‌ترین مراجع و علمای سراسر کشور به عنوان اعتراض به دستگیری امام به تهران مهاجرت کرده و به بحث و تبادل نظر پرداختند.
مهاجرت دسته‌جمعی علما از یک سو اسطوره وحشت و اختناق را در کشور شکست و از سوی دیگر حمایت قاطع آنان از امام، وی را در موقعیتی قرار داد که تجاوز به حریم ایشان ممکن نشد.
در طول مدت بازداشت امام خمینی، رژیم شاه نتوانست کمترین توفیقی در بازجوئی از امام بدست آورد. زیرا ایشان به هیچ یک از سؤالات بازجویان خود پاسخ نمی‌دادند.از طرفی نگاه داشتن امام در بازداشتگاه با توجه به نزدیک شدن تدریجی چهلمین روز شهادت قربانیان حادثه 15 خرداد و مراسمی که قرار بود در سراسر کشور برگزار شود، شدیداً رژیم را نگران کرده بود. آزاد کردن امام نیز معنایی جز عقب‌نشینی و اعتراف به شکست رژیم در رویارویی با ایشان نداشت.
پادگان عشرت آباد
در چنین شرایطی امام خمینی روز چهارم تیر به پادگان عشرتآباد منتقل شدند و در این مکان به مدت 40 روز ماندند. امام در این مدت علاوه بر عبادات روزانه و قرائت قرآن و دعا به مطالعه کتابهایی پیرامون انقلاب مشروطیت، استقلال هند، استقلال اندونزی ... نیز پرداختند. در همین مدت تنی چند از علما و روحانیون، از جمله برادر بزرگ امام توانستند که با ایشان ملاقات نمایند.
در این دیدار بود که امام غیر مستقیم در جریان مهاجرت علمای شهرستانها به تهران قرار گرفتند و پس از اطلاع از تعطیلی بازار و دروس حوزه، دستور بازگشایی بازار و شروع دروس را دادند.امام خمینی روز 11 مرداد به منزلی در منطقه داوودیه تهران که تحت نظر ساواک و مأموران شهربانی بود، منتقل شدند.
در نخستین ساعات ورود امام به داوودیه چند نفر از برجسته‌ترین علمای مهاجر و نیز علمای تهران به دیدار ایشان شتافتند. مردم به محض اطلاع برای دیدار امام روانة محل اقامت ایشان شدند، به طوری که خیابان‌ها و کوچه‌های اطراف، مملو از جمعیت مشتاق گردید و عبور و مرور خودروها به سختی صورت می‌گرفت.
از نخستین ساعات صبح روز شنبه 12 مرداد، مغازه‌داران تهران و شهرستانها به مناسبت آزادی نسبی امام، بر سر در مغازه‌های خود پرچم نصب کرده و چراغانی نمودند و میان مردم شیرینی و شکلات توزیع کردند.
هجوم سیل آسای مردم به سوی اقامتگاه امام موجب شد، ملاقات با ایشان در پایان روز دوم اقامت از سوی مأموران ساواک و شهربانی ممنوع شود. امام خمینی سه روز پس از اقامت در داوودیه به منزل دیگری در قیطریه منتقل شدند. در این منزل نیز ایشان 8 ماه اقامت داشتند.
رژیم شاه سرانجام امام را پس از سالگرد واقعه فیضیه و پیش از فرا رسیدن ماه محرم آزاد کرد. مأموران امنیتی ساواک به سرپرستی سرهنگ مولوی، رئیس ساواک تهران، شبانه امام را از قیطریه خارج کرده و به قم آوردند مأموران امام را در ساعت 22 روز 15 فروردین ماه 1343 در میدان نکویی قم، که بیش از صد متر با منزلشان فاصله نداشت، پیاده کرده و به سرعت دور شدند. برخی که امام را شناختند به سوی ایشان شتافتند و با فرستادن صلوات و شعار برای امام ایشان را به منزل رساندند.
انبوه جمعیت در مدت کوتاهی روانة منزل امام شد و برخی از علما و روحانیون طراز اول همان شب به دیدار امام آمدند. دیدارها تا ساعت 12 شب ادامه داشت و در روزها و شب‌های بعد سیل مشتاقان امام به دیدار مشارالیه رفتند.
