محمد مرسی که از روز ۳ جولای و برکناری‌اش از سوی نظامیان در انظار عمومی ظاهر نشده بود پس از بیشتر از ۱۲۰ روز به سر بردن در بازداشت برای نخستین بار در آکادمی پلیس در شرق قاهره دیده شد. فریادها و شعارهای مقامهای اخوان‌المسلمین در دادگاه و خودداری مرسی از پوشیدن لباس متهمان و پافشاری او بر اینکه هنوز رئیسجمهور مصر است، باعث شد تا قاضی دادگاه محاکمه را به ۸ ژانویه(۱۸ دی) موکول کند. مرسی به همراه ۱۴ نفر از مقامهای اخوان‌المسلمین به تحریک برای خشونت و دست داشتن در کشتار متهم شده است؛ اتهامی که می‌تواند مجازات مرگ را به همراه داشته باشد؛
هر چند به‌خاطر ممنوعیت همراه داشتن هر نوع دوربین و تجهیزات فیلمبرداری خبرنگاران با وجود حضور در دادگاه موفق به ثبت هیچ تصویری از مردی که بیشتر از یک سال ریاست‌جمهوری مصر را بر عهده داشت نشدند ، خبرها از داخل دادگاه نشان می‌دهد که مرسی همچنان خود را فرد منتخب مردم و رئیسجمهور قانونی مصر می‌داند و با محکوم کردن کودتا از پوشیدن لباس زندان هم خودداری کرده‌است. مرسی به وسیله بالگرد از محل سری بازداشت خود به دادگاه آورده شد و ۱۴ نفر دیگر از مقامهای اخوان المسلمین ازجمله عصام العریان، محمد البلتاجی و بدر عبدالعطی به وسیله خودروهای زرهی به محل دادگاه برده شدند. قرار بود مقامهای ارشد اخوان‌المسلمین به همراه مرسی در زندان طره محاکمه شوند اما به‌صورت ناگهانی محل دادگاه تغییر کرد تا از تجمع گسترده حامیان اخوان جلوگیری شود.
گزارش خبرنگاران از داخل دادگاه نشان می‌دهد که مقامهای اخوان‌المسلمین که در دادگاه مانند حسنی مبارک در قفس نگهداری می‌شدند با فریاد «غیرقانونی، غیرقانونی» اعتراض خود را به دادگاه و روند آن اعلام کردند و همچنین حاکمان کنونی مصر را به کودتا متهم کردند. همچنین زمانی که قاضی دادگاه از محمد مرسی خواست که خودش را به‌عنوان «متهم» معرفی کند او گفت: من دکتر محمد مرسی، رئیسجمهور هستم. من رئیسجمهور قانونی مصر هستم و این دادگاه را به رسمیت نمی‌شناسم. وی همچنین اعلام کرد: من هرگز به مشارکت قضات در این کودتا راضی نمی‌شوم و تنها دلیل حضورم در دادگاه اجبار و زور بوده است.
خبرگزاری رویترز گزارش داده که مرسی از داخل قفس فریاد «حکومت نظامی باید نابود شود» را سر داده است. روند دادگاه به‌خاطر امتناع مرسی از پوشیدن لباس سفید معمول متهمان با ۲ ساعت تأخیر شروع شد و خیلی سریع هم به‌خاطر اعتراض‌های مقامهای اخوان‌المسلمین و شعارهای آنها به نقطه پایان خود رسید. برخی منابع گزارش داده‌اند که مرسی بعد از اعلام تعویق دادگاه به زندان اسکندریه منتقل شده است.
همزمان با برگزاری این دادگاه تظاهرات طرفداران اخوان‌المسلمین در شهرهای مختلف ادامه داشت و گزارش‌ها نشان می‌دهد که حتی با وجود تغییر ناگهانی محل محاکمه گروهی از معترضان خود را به مقابل آکادمی پلیس رساندند و توانستند مرسی را در زمان ورود به ساختمان از فاصله دور ببینند. تعداد معترضان در این منطقه که از مرکز قاهره حدود یک ساعت فاصله دارد به‌تدریج بیشتر شد و تلویزیون دولتی مصر قسمتی از اعتراض‌ها را پخش کرد. شعارهای طرفداران اخوان علیه عبدالفتاح السیسی، فرمانده ارتش مصر و خائن خواندن او باعث شد تا صدای تصاویر پخش‌شده خیلی سریع قطع شود و گزارش‌هایی هم از پرتاب سنگ به سوی عوامل تلویزیون دولتی مصر منتشر شده است.
گروهی دیگر از معترضان هم در مقابل دادگاه‌عالی مصر و دادگاه قانون اساسی در مرکز قاهره تجمع کرده بودند و نیروهای امنیتی مجبور به تخلیه این ساختمان‌ها شدند. در اسکندریه هم تظاهرات مردم باعث دخالت نیروهای امنیتی شده و بازداشت چندین نفر را به‌دنبال داشت. خبرنگاران اوضاع این شهر را که از مناطق مهم تحت نفوذ اخوان به‌حساب می‌آید ناآرام توصیف کرده‌اند. مقامهای اخوان خواستار تظاهرات گسترده طرفداران خود شده‌اند. روز یکشنبه 2مأمور پلیس در شهر اسماعیلیه کشته شدند و با وجود حضور ۲۰هزار نیروی نظامی برای برقراری امنیت بسیاری نگران درگیری‌ها و ناآرامی‌های بیشتر در مصر هستند.
