برخی فازها در این شهرها از امکانات زیربنایی نظیر آب، برق و گاز بی‌بهره‌اند. در شرایطی که کار ساخت واحدها در برخی فازها به اتمام رسیده اما تحویل آنها به متقاضیان به‌دلیل نبود امکانات اولیه زندگی به تعویق افتاده است. در این میان برخی فازها مشکلات پیچیده‌تری دارند. با برخی متقاضیان فاز 8شهرجدید پردیس تماس گرفته شده و مقدمات بازگرداندن پول به آنها برای لغو قرارداد فراهم آمده است.
به‌نظر می‌رسد در مالکیت برخی زمین‌های این فاز مشکلاتی به‌وجود آمده و ساخت مسکن مهر در آن با چالش مواجه شده است به همین دلیل تعدادی از متقاضیان این فاز در بلاتکلیفی به‌سرمی‌برند. از سوی دیگر اخبار نگران‌کننده دیگری از غیراستاندارد بودن برخی تاسیسات مسکن مهر منتشر شده است. استاندار تهران با بیان اینکه ۷۹ درصد از آسانسورهای نصب شده در مسکن‌های مهر غیراستاندارد هستند، گفت:
باید در این خصوص تصمیم ویژه‌ای اتخاذ شود. این موضوع در کنار مشکلات بی‌شماری که هر بار از یک مجموعه مسکن مهر منتقل می‌شود، نگرانی ساکنان و متقاضیان مسکن مهر را افزایش داده است. برخی شایعات حتی از موانع ساخت برخی واحدهای نیمه‌کاره حکایت دارد. با وجود این، مسئولان وزارت راه و شهرسازی اعلام می‌کنند دولت جدید پاسخگوی تعهدات دولت قبلی درباره مسکن مهر است.
