با این حال انتقاداتی از سوی منتقدان و حقوقدانان به این منشور حقوق‌شهروندی وارد شده است. نماینده زرتشتیان در مجلس می گوید جای اقلیت های دینی در منشور حقوق شهروندی خالی است و غلامحسین محسنی‌اژه‌ای دادستان کشور ابراز امیدواری می‌کند این منشور یک ژست سیاسی نباشد.
حسن روحانی که اتفاقا خودش هم «حقوقدان» است و در تبلیغات انتخاباتی‌اش هم تأکید ویژه‌ای بر اهتمام دولتش بر اجرای حقوق شهروندی داشت، بلافاصله پس از تشکیل کابینه و درست در روزهایی که خودش را برای سفر به نیویورک و تلاش برای باز کردن قفل هسته‌ای آماده می‌کرد، به معاون حقوقی‌اش که تا قبل از انتخاب به این سمت در دانشگاه تهران درس حقوق اقلیت ها تدریس می کرد، ماموریت داد تا کار تدوین حقوق شهروندی را در دستور کار قرار دهد. الهام امین‌زاده قبلا درباره جدیت دولت در موضوع حقوق شهروندی گفته بود که «رئیس‌جمهور برای انتخاب بنده به‌عنوان معاون حقوقی برنامه‌ای برای حقوق شهروندی درخواست کرده بود».
حالا اما پیش نویس این سند روی خروجی سایت ریاست‌جمهوری قرارگرفته تا در منظر نقد افکار عمومی و نخبگان باشد و پس از تکمیل و اصلاح به سندی جامع برای تحقق حقوق شهروندی تبدیل شود. آنطور که معاون حقوقی رئیس‌جمهور می‌گوید، تاکنون 600 مورد نقد از سوی مردم وحقوقدانان، به دولت رسیده است و قرار است این پیش‌نویس غیررسمی به زیرمجموعه قوه‌مجریه بخشنامه شود تا نخستین گام برای به اجرا گذاشته شدن اصول کلی منشور حقوق شهروندی برداشته شود. با این همه به‌نظر می‌رسد دولت در تدوین این سند تلاش کرده تا از تجربه دولت‌های پیشین در تشکیل هیأت نظارت بر اجرای قانون اساسی و حواشی و چالش‌هایی که برای دولت به‌دنبال داشته درس بگیرد و بی‌جهت خودش را با سایر قوا و نهادها درگیر نکند.
شاید به‌خاطر همین باشد که بند 6ماده یک پیش‌نویس منشور حقوق شهروندی مقرر داشته است که «این منشور «برنامه و خط‌مشی» دولت است و در مقام ایجاد حقوق و تکالیف جدید یا توسعه و تضییق آنها نیست». درواقع نگارندگان منشور حقوق شهروندی در همان ابتدا درصدد پاسخ به انتقادات احتمالی برآمده، از خود درخصوص فقدان نوآوری و جسارت‌های مورد انتظار سلب مسئولیت کرده و آن را تنها «خط‌مشی» دولت در برخورد با حقوق شهروندی معرفی می‌کنند و در حد یک بخشنامه دولتی تقلیل می‌دهند. معنای این عبارت آن است که دولت قرار نیست به نقض احتمالی حقوق شهروندان از سوی سایر قوا و نهادها ورودی داشته باشد. این البته مهم‌ترین انتقاد حقوقدانان به منشوری که دولت تهیه کرده هم هست.
عماد افروغ از منظر یک جامعه‌شناس منشور حقوق شهروندی را اینگونه به نقد می‌کشد: «همانطور که نگارندگان تصریح کرده‌اند، اولا این سند در چارچوب قانون‌های موجود تأیید شده که اگر قوانین موجود بلااشکال هستند چه نیازی به سند جدید بود و ثانیا در بسیاری از اسناد مصوب نظام جمهوری اسلامی به تعدادی از بندها با تفصیل بیشتر اشاره شده است.» او در پاسخ به حامیان دولت که سند فوق را تلاشی در جهت آگاهی بخشی به مردم درباره حقوق شهروندی‌شان می‌دانند، می‌گوید: «اگر قرار است توسعه شهروندی مطلوبی داشته‌باشیم حق شهروندی باید در همه لایه‌ها و طبقات اجتماعی کشور به‌اجرا گذاشته شود نه اینکه مثلا دولت بیاید و بگوید من در زیرمجموعه خودم آن را اجرا می‌کنم.» او می‌گوید منشوری که دولت تهیه کرده فاقد جسارت است اما در کل آن را یک گام رو به جلو می‌داند.
بهمن کشاورز هم با تأکید بر اینکه در موضوع حقوق شهروندی با خلأ قانونی مواجه نیستیم، می‌گوید: مشکل اصلی ما این است که مواردی از اینگونه چندان جدی گرفته نمی‌شود. با این همه، هر میزان که این اقدام دولت، از سوی حقوقدانان، روزنامه‌نگاران و استادان دانشگاه ناکافی و ناقص ارزیابی می‌شود و به‌نظر می‌رسد که تا اینجا نتوانسته انتظارات آنان را برآورده کند، به همان میزان از سوی سایر قوا و نهادهای رسمی یا با استقبال محافظه کارانه‌ای مواجه شده یا ترجیح داده‌اند فعلا درباره آن سکوت کنند.
محسنی اژه‌ای، سخنگوی قوه‌قضاییه گفته است: «در قانون اساسی به موارد و مصادیق بسیاری از حقوق شهروندی و حق الناس اشاره شده است و این بی‌انصافی است که بخواهیم با حقوق شهروندی سیاسی برخورد کنیم یا اینکه به بهانه دفاع از حقوق شهروندی بازی سیاسی کنیم.» هرچند نمی‌توان به صراحت گفت که این اظهارات استقبال یا انتقاد قوه قضاییه از تدوین این منشور است اما حداقلش این است که تا اینجا قوه‌قضاییه انتقاد صریحی هم به تهیه این سند نداشته. معاون اول قوه‌قضاییه اما در مقام مطالبه گری از دولت برآمده و می‌گوید: نباید بحث حقوق شهروندی صرفا حرکت سیاسی باشد یا در حد حرف باقی‌بماند.
محمدعلی اسفنانی سخنگوی کمیسیون حقوقی و قضایی مجلس هم با بیان اینکه نگرشی مثبت به فعالیت‌های درحال وقوع در دولت یازدهم و منشور حقوق شهروندی داریم، محتوا و متن منشور حقوق شهروندی را خوب ارزیابی می‌کند. او البته با گفتن اینکه «حقوق شهروندی لفظ خیلی خوبی است و کسی با این واژه مخالفتی ندارد، اما اینکه در چه سبکی مطرح شود و هدف از عنوانش در زمان و مکان مطروحه چیست، مقداری جای بحث و حرف و حدیث دارد» جا برای انتقاد‌های احتمالی بعدی را هم باز می‌گذارد. اما منشور حقوق شهروندی که دولت روحانی تهیه کرده تا چه میزان قابلیت اجرایی دارد و اساسا چه تأثیری بر شناسایی و تثبیت حقوق شهروندان خواهد داشت؟
آیا منشور دولت نوشته حقوق شهروندی در ایران می‌تواند تأثیرگذاری‌ای هم وزن منشور حقوق شهروندی‌ای که قرن‌ها پیش در بریتانیا و ایالات متحده منتشر شده داشته باشد یا تنها اقدامی ازسر رفع تکلیف بوده؟ معاون حقوقی رئیس‌جمهور این موضوع را ردمی‌کند که منشور حقوق شهروندی «پُز سیاسی» باشد و بر جدیت دولت بر اجرای آن تأکید می‌کند. شاید هم دولت آگاهانه نخواسته در اجرای وعده‌هایش درباره حقوق شهروندی «سنگ بزرگ» بردارد. به هرحال باید منتظر ماند و دید درنهایت عایدی مردم از منشور حقوق شهروندی در دولت یازدهم چه خواهد بود.
