رضا فرجی دانا در حالی چنین گفت که در سال ۸۹ مجوزی برای یک دانشگاه غیردولتی با تعدادی اعضای هیأت مؤسس در وزارت علوم صادر شده است که مجوز موافقت اصولی بوده، اما تعدادی از اعضای هیأت مؤسس که برخی از وزرای وقت نیز در آن بوده‌اند، انصراف داده‌اند که به همین دلیل خودبه‌خود این مجوز مسیر حرکتش به سمت مجوز قطعی متوقف شد.
پیش از این و در آبان 92مدیرکل دفتر گسترش وزارت علوم درباره آخرین وضعیت دانشگاه محمود احمدی‌نژاد گفت که در این زمینه بحث 2 دانشگاه متفاوت مطرح است. ابوالفضل‌حسنی یادآوری کرد: در سال 89مجوز دانشگاهی به‌عنوان دانشگاه ایرانیان در خارج از شهر تهران به‌صورت اصولی از سوی وزارت علوم داده شده بود، اما با توجه به اینکه پیگیری در این زمینه انجام نشد، مجوز اصولی این دانشگاه نیز لغو شد.
همچنین وزیر علوم درباره مباحث مطرح شده در شورای‌عالی انقلاب فرهنگی درباره این دانشگاه، گفت: آنچه در صحن شورا رخ داده و دریافت مجوز به‌عنوان دانشگاه ایرانیان با مسئولیت دکتر احمدی‌نژاد به چند دلیل نمی‌تواند به مجوز قطعی مربوط باشد. فرجی‌دانا خاطرنشان کرد: نام رئیس دولت قبلی و اکثر کسانی که در حال حاضر به‌عنوان عضو هیأت مؤسس از آنها نام برده می‌شود، در مجوز قبلی وجود ندارد، به همین دلیل نیز این ارتباط نقض می‌شود.
