هرچند این تشکیلات را با نام عام و فراگیر القاعده می‌شناسیم، اما در سال‌های اخیر زیرشاخه‌ها و مجموعه‌های وابسته فراوانی پیدا کرده که در ده‌ها کشور فعالیت و نقش دارد. هر کدام از این زیرشاخه‌ها با اعلام وفاداری به ایمن الظواهری سرکرده القاعده، زیر چتر القاعده قرار می‌گیرند. اما همه این گروه‌ها با استقبال الظواهری مواجه نمی‌شوند. بارزترین آنها، دولت اسلامی عراق و شام معروف به داعش است که هرچند کوشید تا زیر چتر القاعده قرار گیرد اما الظواهری عضویت آن را رد کرد. با وجود این، داعش همان تفکر و نگرش القاعده را در تعامل با تحولات و رویدادها و پدیده‌ها دارد و از منظر اندیشگی می‌توان آن را در رده گروه‌های وابسته به القاعده صورت‌بندی کرد.
از منظر جغرافیایی، در نگاهی به نقشه خاورمیانه و جهان عرب می‌توان رد پای القاعده را در اغلب کشورهای عربی و با نام‌های متفاوت مشاهده کرد. سرشناس‌ترین و عینی‌ترین آنها، همان تشکیلات داعش است. داعش نخستین بار در میانه شدت گرفتن بحران سوریه و عزیمت گروه‌های موسوم به جهادی و رادیکال اسلامی برای مبارزه با کسانی که آنها را کافر می‌دانند یعنی نظام سوریه، اعلام موجودیت کرد. داعش هدف خود را تشکیل امارت‌های اسلامی در 2کشور عراق و سوریه می‌داند و از آنجا که خود را پایبند به سنت می‌داند و با هرگونه نوگرایی مخالف است به جای استفاده از نام سوریه، از نام دیرین و تاریخی سوریه یعنی شام استفاده می‌کند.
داعش اکنون و در پی تحمل شکست‌های متوالی از ارتش سوریه به عراق نقل مکان کرده و می‌کوشد در استان غربی عراق یعنی الانبار نیرو و توان خود را به‌کار گیرد. علاوه بر داعش، گروه دیگری هم در سوریه می‌جنگد که رسما به القاعده وابسته است یعنی جبهه النصره. اغلب حملات تروریستی قوی و انفجارهای مهیب در سوریه به‌دست اعضای این گروه صورت می‌گرفت. اعضای این گروه اغلب تکفیری‌هایی هستند که از کشورهای عرب و غیرعرب طبق آنچه خود می‌گویند برای نصرت و یاری مردم سوریه آمده‌اند.
درگیری‌های داعش و جبهه النصره باعث شد تا بسیاری از اعضایشان از آنها انشقاق یافته و تشکیلات جدیدی را شکل دهند. در لبنان نیز گروه موسوم به عبدالله عزام به سرکردگی ماجد الماجد فعالیت می کند که بسیاری از انفجارهای اخیر در لبنان را بر عهده گرفت. ماجد الماجد در روزهای گذشته جان داد. گروه‌های شبه‌نظامی که در صحرای سینای مصر فعال هستند نیز از دیگر هسته‌های وابسته به القاعده در منطقه هستند. این گروه در تابستان سال گذشته میلادی شمار زیادی از مرزبانان مرزی مصر را هدف گرفت و اکنون یکی از دغدغه‌های امنیت ملی مصر شده است.
لیبی همسایه مصر هم یکی از مراکز فعال القاعده است. بیابان‌های لیبی در جنوب پناهگاه امنی برای وابستگان به القاعده است که با عضوگیری از میان جوانان کشورهای شمال آفریقا، آنها را از طریق مصر و ترکیه راهی سوریه می‌کند. در لیبی القاعده تحت نام انصار الشریعه فعالیت می‌کند. در تونس و الجزایر نیز گروه‌های شبه‌نظامی سلفی تحت نام القاعده در مغرب اسلامی با دولت‌های 2کشور درگیرند. القاعده در کشور آفریقایی مالی هم با همین نام فعالیت می‌کند.
افزون بر آن، در سومالی در شاخ آفریقا هم جبهه الشباب فعال است که وابسته به القاعده است. القاعده در نیجریه هم تحت نام بوکو حرام فعال است. در بازگشت به خاورمیانه، یمن یکی از حوزه‌های فعال القاعده است. القاعده در یمن و تا حدودی در عربستان تحت نام القاعده در شبه جزیره عرب فعالیت می‌کند . جغرافیای فعالیت القاعده نشان می‌دهد این گروه در کشورهایی قوت و قدرت می‌گیرد که نوعی خلأ قدرت و سیاست در آنها حاصل شده باشد.
تمام کشورهایی که القاعده در آنها فعالیت می‌کنند یا نظام سیاسی‌شان متزلزل است یا اینکه دچار آشوب سیاسی‌اند. نکته دیگر اینکه القاعده در ابتدا از اماکن دورافتاده و بیابانی فعالیت خود را آغاز می‌کند و اندک اندک به سوی مرکزیت کشورها حرکت می‌کند. سوریه، عراق، مصر، لیبی، تونس، سومالی و یمن همگی اینگونه‌اند.
اما القاعده هرچند در ابتدا تحت نام مبارزه با نظام‌های سکولار و کافر و ضربه به آمریکا شکل گرفت، اما در سیر تطور و حرکت خود کم کم از هدف اصلی خود منحرف شد و اکنون در داخل خاک کشورها علیه دولت‌ها فعال شده‌است. القاعده همچنین در شکل جدید خود به ابزار دستی برای پیشبرد سیاست‌های برخی قدرت‌های منطقه‌ای مانند عربستان تبدیل شده‌است. شاخص‌ترین آنها، جبهه النصره و داعش در سوریه و عراق هستند که در راستای تحقق هدف کشورهایی مانند عربستان برای سرنگونی نظام سوریه عمل می‌کنند.
القاعده بومی که اکنون در هر کشوری به‌طور جداگانه سیاست و هدف خودش را دنبال می‌کند، با کمک‌های تسلیحاتی و مالی قدرت‌های منطقه‌ای به هیولای چندسر و هزاردستان هولناکی تبدیل می‌شود که کنترلش از اختیار قدرت‌های کمک‌کننده هم خارج خواهد شد.
