فقط وزیر بهداشت نیست که چنین اعتقادی دارد؛ بسیاری از کارشناسان دیگر نیز معتقدند که اجرای این طرح به‌خصوص در مناطق محروم به تعطیلی و ضرر بیمارستان‌ها منجر شده است، برخی دیگر نیز معتقدند از آنجا که بیمارستان‌ها موظف به تأمین هزینه‌های خود شده‌اند، بسیاری از بخش‌های خود را به بخش خصوصی سپرده‌اند و این به ضرر مردم تمام شده است.
این طرح چند سالی است به اجرا درآمده و به موجب آن بیمارستان‌ها موظف هستند که همه هزینه‌ها اعم از جاری، حقوق پرسنل، خرید تجهیزات و... را تأمین کنند.
سید‌حسن قاضی‌زاده هاشمی وزیر بهداشت دولت چندی پیش در تأیید انتقاد‌های کارشناسان در مورد این طرح گفت: در یک دوره‌ای سیاستگذاران سهم سلامت را ندادند و به بیمارستان‌ها اجازه دادند و حتی اصرار کردند که خودتان درآمد‌زایی کنید که برای ما بیمارستان‌های آموزشی شد بلای جان و از طرفی محنتی برای مردم.
خودگردانی بیمارستان‌های دولتی آسیب‌های خاص خود را دارد. از آنجا که اقشار کم‌درآمد مخاطبان این بیمارستان‌ها هستند گران‌شدن خدمات درمانی در شرایطی که بیمه‌ها پوشش ناقصی از خدمات را دارند به نفع سلامت مردم تمام نمی‌شود. دکتر سیدمحمد علوی معاون بهداشت دانشگاه علوم پزشکی جندی‌شاپور اهواز معتقد است که بایستی بیمارستان‌های دولتی را به دوقسمت آموزشی و غیرآموزشی تقسیم کرد؛ چرا که طرح خودگردانی بیمارستان‌ها روی این 2بخش تأثیرات متفاوتی گذاشته است. او گفت: انجام این طرح بر بیمارستان‌های آموزشی از ابتدا اشتباه بوده است.
اگر قرار باشد این بیمارستان‌های آموزشی هزینه‌های خود را از مردم تأمین کنند به اهداف آموزشی خود نمی‌رسند. از سوی دیگر از آنجا که دانشجو‌ها و رزیدنت‌ها در این بیمارستان‌ها آموزش می‌بینند، این طرح مبنای بدی برای آینده آنها ایجاد خواهد کرد. به‌عبارت دیگر از لحاظ اخلاق پزشکی و مواردی که ما با چشم می‌بینیم، ولی در مورد سایر بیمارستان‌ها باید تصدی‌گری دولت برداشته شود.
یعنی بیمارستان‌ها در بخش غیرآموزشی با نظارت دولت و به‌صورت خودگردان انجام شود. این پزشک، متعلق به نسلی است که در آن پزشکان در فضایی تربیت و آموزش دیده‌اند که بیمارستان‌ها با بودجه دولت اداره می‌شده است به همین دلیل دکتر علوی معتقد است بیمار وقتی به بیمارستان آموزشی مراجعه می‌کرد کاری نداشت که او چه شرایط اقتصادی‌ای دارد، او را مکرر نمی‌فرستادند که به‌دنبال آزمایش در فلان آزمایشگاه بیرون از بیمارستان برود یا برای خرید دارو یا تجهیزات پزشکی به داروخانه خاصی مراجعه کند. اینطور نبود که بیمار به اورژانس مراجعه کند و بگویند فلان تجهیزات را نداریم و خودتان کارهای بیمار را انجام دهید. به‌نظر او در بیمارستان‌های خودگردان رعایت شأن پزشک، بیمار و پرستار زیر سؤال می‌رود.
در گذشته و زمانی که بیمارستان‌ها خودگردان نبودند علاوه بر اینکه شأن پزشک و بیمار رعایت می‌شد، بی‌مورد کسی مورد عمل جراحی قرار نمی‌گرفت و بی‌مورد بیمار بستری نمی‌شد. در آن زمان فردی که بیماری متفاوتی داشت و به‌عبارت دیگر کیس جالبی بود، بیمارستان او را بستری و هزینه‌های درمان او را پرداخت می‌کرد.
درحالی‌که بیمار، مورد جالبی است که باید برای آموزش بستری شود ولی به‌دلیل اینکه بیمار شرایط مالی مناسبی ندارد، مجبور به درمان سرپایی او می‌شوند. خودگرانی بیمارستان‌ها در حقیقت خیلی دستاورد خوبی را برای بیمارستان‌ها و آموزش و پژوهش در این زمینه نداشته است. دکتر علوی با تأکید بر این مطلب گفت که نحوه مدیریت در کارایی بیمارستان تأثیر بسزایی دارد. دکتر محمد علوی معاون بهداشت دانشگاه علوم پزشکی جندی‌شاپور اهواز در این‌باره به همشهری گفت:
مدیریت بیمارستان فقط محدود به مدیریت منابع و نیروی انسانی نمی‌شود. برای مثال نحوه نگهداری از تجهیزات پزشکی را بین بیمارستان خصوصی و دولتی مقایسه کنید. در بیمارستان خصوصی برای نگهداری از تجهیزات دقت زیادی می‌شود درصورتی که در بیمارستان دولتی این بخش ضعیف است.بخش عمده‌ای از بیمارستان‌های دولتی در کشور آموزشی است، چنانچه در تهران حدود 30درصد از بیمارستان‌های دولتی، آموزشی است.
دکتر سیدمحمدجواد موسوی، عضو هیأت علمی دانشگاه علوم پزشکی ایران و رئیس بخش ریه بیمارستان حضرت رسول(ص) نیز معتقد است که خودگردانی بیمارستان‌های دولتی به کیفیت آموزش آسیب می‌رساند ولی خودگردانی یک حسن مهم دارد و آن هم در این ویژگی خلاصه می‌شود که ما متأسفانه تا یک چیزی از خودمان نباشد دلمان برای آن نمی‌سوزد. اگر کاربر در خرید و استفاده از دستگاه سهیم باشد، بهتر از آن تجهیزات استفاده می‌کند و بهره‌وری دستگاه بهتر و بیشتر می‌شود. مدیریت درست منابع می‌تواند کاری کند که کاربر با تجهیزات کمتر بیشترین کارایی را داشته باشد. مثلا اگر در بیمارستانی که من در آن مشغول خدمتم هر پزشک بگوید بک دستگاه تست ورزش نیاز دارد، سرمایه و بودجه بیمارستان هدر می‌رود. مگر ما در خانه‌مان برای هر عضو خانواده یک تلویزیون می‌خریم؟
