بر پایه آن، در کنار دیگر مجموعه‌هاى روایى، تفسیرهاى روایى (چون تفسیر على بن ابراهیم قمى و تفسیر عیاشى و تفسیر فرات کوفى) ظهور کرد، چنان‌که تفسیرهایى منسوب به ائمه(ع) و یارانشان، مانند تفسیر صاحب عسکر - امام هادى(ع) ـ و تفسیر منسوب به امام حسن عسکرى(ع) نیز وجود داشت.
این شاخه از علوم اسلامى، در روند رشد خود و در گامى دیگر، پا به عرصه اجتهاد گذاشت و در نتیجه، تفسیرهایى به شیوه اجتهادى و عقلى به صحنه آمد و روایات تفسیرى تا حد زیادى به کناری نهاده شدند و در حاشیه روایات فقهى قرار گرفتند؛ چرا که با روى کار آمدن شیوه اجتهادى، دیگر به روایات به دید منبع منحصر به فرد نگریسته نمى‌شد، بلکه روایت، در نهایت به عنوان یکى از منابع تفسیر قلمداد مى‌شد.
یکه تازى شیوه عقلى و اجتهادى همچنان و البته با اندک فراز و فرودى ادامه داشت، تا این که در سده یازدهم، اوضاع دگرگون و شیوه اجتهاد در تفسیر دچار کندى شد، بدان حد که در طول این قرن، تفسیرى جامع و کامل به سبک اجتهادى تدوین نیافت، مگر تفسیر چند سوره و آیه یا تعلیقه و حاشیه‌اى بر تفاسیر گذشته.
براى نمونه مى‌توان به حاشیه «حسین بن رفیع آملى» بر تفسیر «بیضاوى» و حاشیه «عبد على بن ناصر هویزى» بر همین تفسیر و حاشیه «ابراهیم همدانى» بر تفسیر کشاف و نیز تفسیر سوره‌هاى فاتحه و توحید «سید فخرالدین مشهدى» و تفسیر سوره نور (نورالأنظار) و سوره یوسف (أحسن القصص) «سیدعلى‌محمد نقوى لکنهویى» و تفسیر سوره اخلاص «محمدباقر داماد» اشاره کرد. در این میان، بیشترین تفسیر به شیوه غیرروایى به قلم ملاصدراى شیرازى (صدرالمتألهین) نگارش یافت که تفسیر سوره‌هاى سجده، فاتحه، یس، حدید، جمعه، طارق، اعلى، زلزال و چند آیه از سوره بقره و آیه‌هاى نور، کرسى و جبال است. اما از آن سو، چندین تفسیر به شیوه روایى که طرز تفکر پیروز آن دوران بود، پا به عرصه وجود گذاشت.
راز این رویکرد، آن بود که در دهه نخست این سده، «محمدامین استرآبادى» (درگذشته 1036 هـ.ق) با فکرى تازه نسبت به حدیث به میدان دانش وارد شد و با وجود آن‌که خود، در آغاز کار، در جرگه اهل اجتهاد قرار داشت، ولى رفته رفته با اجتهاد و مجتهدان، مخالفت آغاز کرد و در پى آن، اخباری‌گرى نو را پایه‌گذارى کرد و با نگارش کتاب «الفوایدالمدنیه» در رد بر اجتهاد و تقلید، به همراه گروهى از پیروان خود (به نام اخبارى) درمقابل اهل اجتهاد قرارگرفت.
به‌دنبال پیدایش این طرز تفکر و رویارویى آن با اجتهاد، گرایش بیشترى به اخبار پیدا شد و در نتیجه، محدثان بزرگى به تدوین مجموعه‌هاى روایى پرداختند که در کنار جوامع روایى اول (کافى، من لایحضره الفقیه، تهذیب و استبصار)، به‌عنوان جوامع روایى دوم شناخته شدند.
«سیدمحمد جزایرى»، از مشایخ علامه مجلسى، کتاب «جوامع الکلم» (شامل روایات، اصول دین، فقه، اخلاق و تفسیر) را تدوین کرد. «ملا محسن فیض کاشانى» (درگذشته 1091 هـ.ق)، کتاب «وافى» را تألیف کرد. فقیه کاظمى (درگذشته 1100هـ.ق)، کتاب «جامع الأحادیث» را نگاشت.
«شیخ حر عاملى»، «وسائل الشیعة» را نوشت. علامه مجلسى، کتاب 110 جلدى «بحارالانوار» را به رشته تحریر درآورد و بالاخره، «ملا عبدالله بحرانى»، از شاگردان وى، به تهیه کتاب «عوالم» (که به همان بزرگى بحار است) اقدام کرد. در پرتو این روى آورى به اخبار و احادیث، گرایش به تدوین تفسیر روایى نیز آهنگ تندترى به خود گرفت و تفسیرهاى روایى چندى به خامه محدثان، به جهان تفسیر و روایت عرضه شد که به برخى از آن‌ها اشاره مى‌شود:
- تفسیر «نورالثقلین»، نوشته محدث مفسر، «عبد على بن ناصر هویزى» (درگذشته 1112 هـ.ق) است. علامه طباطبایى در مقدمه‌اى که بر این تفسیر دارد، مى‌نویسد: یکى از مهم‌ترین آثار در زمینه تفسیر روایى که دست تحقیق آن را ترسیم کرده است، کتاب ارزشمند «نورالثقلین» است. مؤلف در این کتاب، روایات تفسیرى را که پیش از آن پراکنده بود، جمع‌آورى کرده است.
- تفسیر«الصافى»، نوشته محدث متتبع، مفسر پرتلاش، فیلسوف صاحب‌نظر و فقیه توانا، «محمد بن شاه مرتضى قمى»، معروف به ملامحسن و ملقب به فیض کاشانى (درگذشته 1091 هـ.ق) است.
تفسیر الصافى به سبکى آمیخته از نقل و عقل (روایت و بیان) نوشته شده است و وجه امتیاز آن بر تفسیر «البرهان» و «نورالثقلین»، این است که به تفسیر همه آیات پرداخته و علاوه بر نقل روایات، به‌نظر برخى از مفسران نیز اشاره دارد.
- تفسیر «الاصفى»، یکى دیگر از آثار تفسیرى فیض کاشانى و برگزیده‌اى از تفسیر صافى است و تفسیر «المصفى» که این کتاب نیز از آثار تفسیرى فیض کاشانى است و فشرده‌اى است از تفسیر اصفى.
- تفسیر «الهادى و مصباح‌النادى»، نوشته محدث بزرگ، «سیدهاشم بحرانى» (درگذشته 1107 یا 1109 هـ.ق). خود مؤلف درباره تفسیرش مى‌نویسد: در این کتاب، فقط به روایت‌هایى که بزرگان و مشایخ مورد اعتماد نقل کرده‌اند، پرداخته‌ام و اگر در آیه‌اى به روایت دسترسی پیدا نشد، به تفسیر «على بن ابراهیم قمى» اکتفا کرده‌ام.
