دانش‌جعفری در مراسم تودیع خود به انتقادها و ناملایمات دوران وزارت خود اشاره کرد و به دفاع از عملکرد خود در مدت وزارت اقتصاد پرداخت و برای آخرین بار در قامت وزیر اقتصاد دولت نهم ایرادات و موانع پیش روی اقتصاد کلان کشور را به مسئولان دولت گوشزد کرد.
دانش‌جعفری برخلاف ابراهیم شیبانی و فرهاد رهبر دو مرد اقتصادی دولت نهم که پیش از او در فضایی آرام از دولت کنار رفته بودند زحمت روتین ارائه آمار عملکرد وزارت اقتصاد در دوران تصدی خود بر این وزارتخانه را به روابط عمومی واگذار کرد و به جای آن ناهمواری‌هایی که در دوران عملکردش وجود داشت را نقد کرد.
وزیر اقتصاد دولت احمدی‌نژاد در بخشی از صحبت‌هایش به این موضوع اشاره کرد که بسیاری از مفاهیم پذیرفته شده علم اقتصاد در دنیای امروز از قبیل تاثیر نقدینگی در تورم و یا چگونگی تقسیم کار مطلوب بین دولت و مردم زیر سؤال بود. به برنامه چهارم به‌عنوان سندی لازم‌الاتباع نگاه نمی‌شد و این در حالی بود که هیچ تلاشی برای تغییر آن نیز نمی‌شد.
در همین حال غلامرضا تاجگردون،معاون اقتصادی سازمان مدیریت و برنامه‌ریزی دولت هشتم در رابطه با انتقادات دانش‌جعفری به عملکرد دولت به خبرنگار همشهری چاپ عصر گفت: به اعتقاد من صحبت‌های وزیر اقتصاد تفاوتی با صحبت‌های دیگران و منتقدین دولت نمی‌کرد اما تمایز اصلی صحبت‌های دکتر دانش‌جعفری با دیگران این بود که نقدی بود که از طریق اعضای درون سیستم، مطرح می‌شد. به عبارتی دیگر دانش‌جعفری به عنوان یکی از اعضای درون سیستم نقدی را مطرح کرد که دیگر کارشناسان اقتصادی به آن تاکید داشتند.
تاجگردون با بیان اینکه افرادی نظیر دکتر رهبر و دکتر دانش‌جعفری از تفکرات اقتصادی خود چشم‌پوشی کرده بودند گفت: دکتر دانش‌جعفری از تفکرات اقتصادی خود چشم‌پوشی کرد و به یک بن‌بست رسید که آن خروج از دولت بود.
معاون اقتصادی سازمان مدیریت و برنامه‌ریزی دولت خاتمی، دانش‌جعفری را فردی صادق و با دانش معرفی کرد و افزود: همیشه حسرت این موضوع را می‌خوردم که چرا اینگونه افراد تصمیماتی می‌گیرند که خارج از تصمیمات ذهنی آنها است. در همین رابطه رضا عبد‌اللهی عضو کمیسیون برنامه و بودجه و محاسبات مجلس هفتم گفت: تا حدودی صحبت‌های آقای دانش‌جعفری و نقد ایشان به دولت نهم را شنیده‌ام و فقط در یک جمله می‌توانم بگویم که انتقاد‌های خوبی بود اما دیر بود.
دکتر حسین راغفر، استاد اقتصاد دانشگاه و عضو هیات علمی دانشگاه الزهرا در رابطه با انتقادات وزیر اقتصاد به عملکرد اقتصادی دولت نهم گفت: نکاتی که وزیر اقتصاد دولت نهم به آن اشاره کرده است موضوعی است که برای افرادی که خارج از بدنه دولت بودند نیز قابل فهم بود. مواضع آقای دانش‌جعفری در خیلی از مواقع با مصوبات دولت نهم منافات داشت و به نظر نمی‌رسید که ایشان موافق باشند اما به دلیل هماهنگی با مجموعه‌ای که در آن فعالیت می‌کردند مجبور بودند که سکوت کنند و حرفی نزنند.
وی افزود: در بعضی مواقع دانش‌جعفری حتی مجبور می‌شد که به توجیه یک امر غلط در دولت نهم بپردازد که از آن جمله می‌توان به توجیه ایشان در رابطه با بحث سهام عدالت پرداخت. این استاد اقتصاد با بیان اینکه تایید یک امر غلط دولت نهم از سوی وزیر اقتصاد تعجب‌برانگیز بود گفت: دانش‌جعفری به سیاست‌های غلط دولت نهم اعتقاد داشت چرا که مسائل غلطی که در دولت مطرح می‌شد حداقل برای گروهی از افراد جامعه قابل فهم بود.
مهدی تقوی استاد اقتصاد دانشگاه علامه طباطبایی درباره انتقاد‌هایی که از سوی دانش‌جعفری به عملکرد دولت نهم وارد شده است بیان کرد: انتقاد‌های وزیر اقتصاد کاملا به عملکرد دولت وارد است اما هنگامی که متوجه سیاست‌های غلط دولت شد باید استعفا می‌داد و از دولت نهم می‌رفت.
