در این میان، شبکه زهکش طبیعی و به ویژه رودخانه‌ها بیش از سایر عناصر طبیعی مورد تعرض قرار گرفته‌اند.
رودخانه‌های ایران نیز از این تعرضات در امان نبوده و در چند دهه اخیر به شکل‌های مختلف دچار تعرض و تخریب شده‌اند. جابه جایی مسیر، تغییر نامناسب هندسه مسیر رودخانه، تعرض به پهنه سیلابی، برداشت بی‌رویه شن و ماسه، اجرای سازه‌های نامناسب روی رودخانه و بالاخره رهاسازی زباله، پساب و فاضلاب به محیط رودخانه عمده‌ترین عوامل تخریب رودخانه‌ها در سال‌های اخیر بوده است. این در حالی است که تعداد منابع آبی رودخانه‌ای کشور به کمتر از 25 جریان دائمی محدود است. به همین دلیل ضروری است بهره‌وری از این رودخانه‌ها و فشارهای وارده به آن با شناختی علمی و عمیق صورت پذیرد.
اما امروز برخلاف تمام معیارهای زیست محیطی، پس از چند هزار سال ابتدا مسیر رودخانه‌ها را تغییر می‌دهیم سپس شدت آنها را تحت کنترل می‌گیریم، اراضی بالادست را با تمامی گیاهان، جانوران و میکرو‌ارگانیزم‌های گیاهی و جانوری به زیر آب می‌بریم و زمین‌های پایین‌دست را از نعمت جریان آب محروم می‌سازیم و نهایتا آن تعادل چندین‌هزار ساله را بر هم می‌زنیم، با این همه، زیست بوم‌ها همچنان برای احیای زندگی آبزیان و کنار آبزیان تلاش می‌کنند.
گرچه ساز‌و‌کار طبیعت به گونه‌ای عمل می‌کند که پس از مدتی بدون وارد آمدن لطمات غیرقابل بازگشت شرایط پایدار خود را باز می‌یابد، لیکن در مواردی میزان بار آلاینده ناشی از فعالیت‌های انسانی به منابع در حدی است که باعث برهم خوردن تعادل اکوسیستم طبیعی و عدم‌بازیابی آن و درنتیجه تخریب محیط زیست می‌شود. برای نمونه نهر فیروزآباد که در گذشته مملو از ماهی بود اکنون به کانال فاضلاب تبدیل شده است. این نمونه‌ای از بی‌مهری ما با طبیعتی است که قدر آن را نمی‌دانیم.
قاتل خاموش
در حال حاضر اغلب رودخانه‌های کشور در اثر کشاورزی و تاثیرات مستقیم سموم و آفت‌کش‌ها کم و زیاد دچار مسمومیت قابل توجهی هستند. تبعات ناخوشایند راه یافتن این سموم به رودخانه‌ها را می‌توان در حاشیه اکثر رودخانه‌های شمالی وجنوبی کشور دید. تجمع ماهیان کوچک و بزرگ نیمه‌جان و یا مرده‌ای که بدون هیچ دلیل خاصی در گوشه‌ای از آبگیرها مرده‌اند و یا جان می‌دهند ناشی از ورود همین سموم به رودخانه‌هاست. البته با کمی جست‌وجو در حاشیه رودخانه‌ها قوطی‌های سم را می‌توان یافت.
نگرانی در ارتباط با فاجعه آلودگی رودخانه هنگامی زیاد می‌شود که مرگ‌ومیر ماهی‌ها تا آنجا گسترش می‌یابد که این مرگ‌ومیرها به مسئله‌ای کاملا عادی تبدیل شده و تقریبا در حاشیه تمام رودخانه‌ها قابل رویت است.آیا فقط کشاورزان عامل ورود سموم به آب راهه‌ها هستند؟ این درحالی است که کشاورزان در ایام خاصی از سال برای مبارزه با آفات اقدام می‌کنند. در این ایام خاص حداقل 2 تا 3 روز آبیاری انجام نمی‌شود، حال آنکه در ایام دیگر همچنان ما شاهد مرگ‌ومیر آبزیان براثر سم هستیم. اما به‌راستی موضوع چیست؟ رد پای این مسئله را در شیوه جدید ماهیگیری باید جست وجو کرد.
صید با سم
ماهیگیری در کشور وارد مرحله جدیدی شده است؛ صید با سم
اکنون خطر فقط متوجه ماهیان نیست بلکه تمام اکوسیستم رودخانه در معرض تهدید است. آیا کسی می‌تواند در بازارهای ماهی شهر‌های کوچک تشخیص دهد که ماهیانی که برای فروش عرضه می‌شوند به چه شیوه‌ای صید شده‌اند ؟
مسبب چنین پدیده‌ای را می‌توان ماهیگیران غیرمجاز دانست که به روش‌های مختلف در مناطق گوناگون مشغول صید هستند؛ افرادی که تنها مدتی از سال و به‌دنبال کسب سود به صید ماهی می‌پردازند و البته برای صید به هر وسیله‌ای روی می‌آورند. استفاده از جریان برق در داخل رودخانه (پیل‌های سری شده یا موتور‌های برق قابل‌حمل)، استفاده از سموم کلره و فسفره، استفاده از تور‌های دانه‌ریز (که حتی بچه ماهی از آنها نمی‌گذرد) در شاخه‌های فرعی و بعضی اوقات رود اصلی از جمله روش‌های غیراصولی و مرگباری است که صیادان غیرمجاز از آنها برای صید بهره می‌برند و البته طی سال‌های اخیر دامنه این شیوه صید غیرمجاز به اندازه‌ای گسترده شده که محیط‌بانان و ضابطان دلسوز با وجود زحمات بی‌دریغ و شبانه نمی‌توانند مانع آن شوند.
