او با توجه به محبوبیت ناشی از قهرمانی در فصل گذشته، هیات مدیره باشگاه پرسپولیس را در تنگنا قرارداد و با سخت‌ترین شرایط ممکن راضی به پذیرفتن پیشنهاد مسئولان این باشگاه شد.
جزئیات قرارداد قطبی و پرسپولیس حاشیه‌های زیادی برای این باشگاه به همراه داشت هرچند متن این قرارداد هیچ‌گاه به شکل دقیق در اختیار رسانه‌ها قرار نگرفت. مصطفوی، مدیرعامل پرسپولیس اما در پاسخ به انتقادات در آن مقطع شدیدا از قرارداد منعقد‌شده با قطبی دفاع کرده و گفته بود: «به‌هیچ وجه قرارداد ما با افشین قطبی یکطرفه نبوده و قطعا منافع باشگاه و سرمربی تیم به‌طور دوجانبه در آن لحاظ شده است.»
وی در ادامه از موضع باشگاه پرسپولیس نیز دفاع می‌کند. «قرارداد ما با قطبی به هیچ وجه مانند قرارداد ترکمانچای نبوده و تنها در یک مورد از بند قرارداد ما زودتر از موعد بخشی از پیش‌‌پرداخت قطبی را به او پرداخت کردیم.»
همین مسئله بر شدت انتقادات رسانه‌ای افزود، خصوصا پس از آنکه قطبی به‌رغم دریافت 70 درصد از مبلغ قراردادش توانست به راحتی ایران را ترک کند و مسئولان باشگاه پرسپولیس هم با وجود مصاحبه‌هایی که انجام دادند برای تقابل با سرمربی تیم دست به هیچ اقدامی نزدند. روز گذشته ایسنا بخشی از متن قرارداد قطبی و باشگاه پرسپولیس را منتشر ساخت که نشان دهنده اشتباهات عجیب و‌غیر‌قابل جبران مسئولان این باشگاه است. در تیتر گزارش ایسنا آمده است: «برگی دیگر از ترکمانچای این‌بار در پرسپولیس پیدا شد.»
نویسنده این گزارش قرارداد با قطبی را یکی از عجیب‌ترین قراردادهای تاریخ فوتبال ایران دانست و انتقادات بسیاری را متوجه مدیران و هیات‌مدیره پرسپولیس ساخت. بر اساس اطلاعات منتشرشده در این گزارش مبلغ قرارداد قطبی و باشگاه پرسپولیس یک میلیون و هشتصد هزار دلار بوده است. این قرارداد دو سال اعتبار دارد و در فصل اول 800 هزار دلار به عنوان دستمزد سرمربی تعیین شده است.
یک میلیون دلار باقیمانده هم قرار بود در فصل دوم پرداخت شود. گذشته از مبلغ قرارداد که بالاتر از سطح انتظار به نظر می‌‌رسد موارد عجیب دیگری در این قرارداد وجود دارد. در یکی از بندهای قرارداد قطبی با پرسپولیس آمده است: «سرمربی این تیم می‌تواند از ابتدای مسابقات تا پایان لیگ، هر زمان مشکلات و کمبودهایی به لحاظ امکانات لازم در تیم مشاهده کرد، آنها را رسما به مدیران باشگاه اعلام کند، اما در صورتی که 14 روز از اعلام سرمربی گذشت و مشکلات برطرف نشد، قطبی می‌تواند استعفا دهد و تمامی مبلغ آن سال را بدون مشکل خاصی دریافت کند.»
افشین قطبی که از ابتدای حضور مجددش در ایران متفاوت از گذشته به نظر می‌رسید با تکیه بر همین بخش از قرارداد به راحتی ایران را ترک کرد و حتی می‌تواند بخش باقیمانده از قرارداد این فصل خودش را دریافت کند.
قطبی، بنا برمشاهده مشکلاتی در تیم، آنها را اعلام و پس از گذشت 14 روز، استعفا داده است و در شرایطی که قطبی تنها 14 هفته از 34 هفته یک فصل را روی نیمکت پرسپولیس نشست ایران را به مقصد دبی ترک کرد.
بنابر ادعای مسئولان باشگاه
70 درصد از مبلغ قرارداد فصل اول به قطبی پرداخت شده که با این شرایط او حدود 550 هزار دلار دریافت کرده و حدودی 250 هزار دلار از قراردادش باقی مانده است. اما قطبی پیش از پایان نیم‌فصل به صورت یکجانبه قرارداد را فسخ کرده که بر اساس قوانین با این شرایط باید کمتر از 50 درصد قرارداد را دریافت کند.
با این وجود او می‌تواند برای دریافت بخش باقیمانده از قرارداد خودش اقدام کند و طبق قرارداد عجیبی که مورد تایید مسئولان باشگاه پرسپولیس قرار گرفته افشین قطبی در ازای فعالیت چهار ماهه دستمزد یک فصل کامل را دریافت می‌کند. در بند دیگری از این قرارداد آمده است: «هر زمان مدیران باشگاه به‌خاطر کسب نتایج ضعیف احتمالی تیم پرسپولیس، قصد برکناری قطبی را داشتند موظف هستند کل مبلغ دو ساله قرارداد یعنی یک میلیون و هشتصد هزار دلار را به سرمربی پرداخت کنند.»
در حقیقت مسئولان باشگاه پرسپولیس با توجه به شرایطی که در این قرارداد برای خودشان به وجود آورده‌اند به هیچ وجه نمی‌توانستند به برکناری قطبی فکر کنند و سرمربی پرسپولیس در بدترین شرایط ممکن هم از کار برکنار نمی‌شد.
اگر گزارش منتشرشده در خصوص قرارداد قطبی و پرسپولیس صحت داشته باشد مسئولان باشگاه خصوصا شخص داریوش مصطفوی و همین‌طور رئیس هیات‌مدیره که در آن مقطع نماینده باشگاه در مذاکره با سرمربی بود باید پاسخگوی اشتباهات عجیب خود در این توافق غیرعادلانه باشند.
داریوش مصطفوی، مدیرعامل باشگاه پرسپولیس البته با احتیاط خاصی در مورد قرارداد قطبی توضیح می‌دهد: «در هفته جاری مردم را در جریان پیگیری‌های مطالبات باشگاه از قطبی قرار خواهیم داد. بنده کاملا به امور حقوقی فیفا آشنا هستم و موضوع را از طریق قانونی پیگیری خواهیم کرد اما در وهله اول سعی می‌کنیم قضیه را به شکلی مسالمت‌آمیز حل کنیم.»
در سوی دیگر افشین قطبی هم فعلا سیاست سکوت را اختیار کرده و با آرامش در کنار خانواده‌اش در دبی به سر می‌برد. مدیربرنامه‌های قطبی در رابطه با دعوت از وی یا قطبی از جانب مسئولان باشگاه پرسپولیس می‌گوید: «هنوز هیچ دعوت رسمی‌ای از سوی باشگاه پرسپولیس برای نشستن پای میز مذاکره جهت حل و فصل پرونده فوق صورت نگرفته است. بهتر است این مسئله از طریق مذاکره حل شود اما اگر کار به فیفا کشیده شود قطبی هم مستندات و وکلایی دارد که به طور جدی می‌توانند از او دفاع کنند.»
