با وجود مخالفت و تلاش های سه ساله دوستداران میراث فرهنگی کشور و همزمان با پیشنهاد ثبت محور تاریخی اصفهان در میراث جهانی (که چهارباغ عنصر اصلی آن اعلام می‌شود) شهرداری اصفهان برای دو ماه زودتر راه اندازی شدن قطارشهری ،مترو را از میان چهار باغ عبور می‌دهد.
این تصمیم در حالی اتخاذ شده که پیش از این کارشناسان و شورای عالی ترافیک،عبور مترو را از مسیر شمس آبادی اعلام کرده بودند. عبور مترو از این محور علاوه بر وارد کردن خدشه به چهارباغ، ،موجب تخریب کامل مدرسه چهارباغ نیز مى شود.
این بنا که تلفیقى از مدرسه و مسجد است در بافت آبرفتى ساخته شده و چون بقاى آن به آب نیاز دارد و فونداسیون آن به گونه اى طراحى شده که با نقل و انتقا ل آب محفوظ مى‌ماند،عبور قطار از فاصله کم موجب بر هم زدن سطح تعادل این آب ها و تخریب فونداسیون بنا خواهد شد که در این صورت پیش بینى مى شود 10 سال دیگر مدرسه به طور کامل خراب شود.
همچنین حرکت قطارها روى ریل که گفته مى شود لرزشی معادل 2 ریشتر بوجود می‌آورد اگر به صورت مداوم باشد باعث ضربه زدن به ساختمان و افت مقاومت آن خواهد شد. زیرا ملات به کار رفته در مدرسه چهارباغ از گل رس، خاک و گچ است که کوچکترین صدمه باعث فروریختن آن مى شود.
اکنون اصفهان در حالی که عنوان دومین پا یتخت فرهنگی جهان اسلام را با خود دارد ودر حالی که می‌داند این انتخاب به دلیل بافت تاریخی- فرهنگی و وجود مساجد لاجوردی و تاریخی در این شهر اتفاق افتاده ،شهرداری ان سعی دارد پشت به همه عناصری که تاکنون اصفهان را به عنوان قلب تپنده و زنده میراث فرهنگی معرفی می کند ، برای عبور مترو از محور تاریخی شهر از هیچ تلاشی شانه خالی نکند.
قطع درختان در چهارباغ بالا برای احداث ایستگاه مترو نخستین اقدام بود که به نظر می‌رسد با روند آغاز شده ، ثبت محور تاریخی اصفهان در فهرست میراث جهانی در اجلاس لیتوانی رویایی بیش نباشد.
با وجود تلاش های نامحسوس سازمان میراث فرهنگی و گردشگری کشور و به استناد تجارب پیشین به نظر می‌رسد این بار نیز رسانه های گروهی قادر خواهند بود چهارباغ را همچون میدان امام (میدان نقش جهان)نجات دهند.
کهن شهر ایران یعنی اصفهان آیینه‌ی تمام نمای معماری اسلامی است که پس از سال‌ها آشفتگی و حملات دشمنان به این سرزمین توانسته مرکز شهر جدید را در کنار شهر قدیم به‌گونه‌ای پایه‌ریزی کند . این ساختار تا امروز و پس از 400 سال هم‌چنان باقی مانده و به عنوان الگوی توسعه‌ی شهری معرفی شود. الگوی توسعه‌ی شهری که محوریت آن را چهارباغ دارد.
بر اساس بیانیه کمیته میراث فرهنگی و گردشگری انجمن صنفی روزنامه نگاران ایران شهرداری اصفهان در حالی چهار باغ را فدای توسعه شهری می کند که طرح و نمای خیابان چهارباغ به بسیاری از شهرهای کشورهای اسلامی به عنوان یک الگو صادر شده است که از آن جمله، این طرح به پاکستان و مغرب نیز رفته است. الگویی ازچهارباغ به اروپا نیز رفت و در اروپا باغ های فرانسوی با استفاده از این طرح ساخته و جاودانه شد. آخرین نمای چهارباغ نیز درشهر پتروجا شهر جدید اداره‌ی مالزی درحال پیاده شدن است.
کمیته میراث فرهنگی و گردشگری انجمن صنفی روزنامه نگاران ایران ضمن اعلام مخالفت با عبور مترو از بافت و محور تاریخی اصفهان برای نجات این محور تاریخی از هیچ تلاش کوتاهی نخواهد و با پیگری ان در مطبوعات و سایر رسانه ،یک بار دیگر نجات یک اثر تاریخی را تجربه خواهد کرد.
