پدرش حاج سید مهدی حکیم مرجع تقلید شیعیان بنت جُبَیْل لبنان بود. وی در 7 سالگی پدرش را از دست داد و برادرش سیدمحمود، سرپرستی او را بر عهده گرفت و به تعلیم و تربیت وی اقدام کرد.
دروس مقدمات و مبادی فقه و اصول را خواند و در بیست و چند سالگی در درس خارج علما و مدرسان بزرگ حاضر شد و در حوزه علمیه نجف درخشید.
در جریان جنگ جهانی اول و پس از اعلام جنگ و جهاد عثمانی بر ضد متفقین، نیروهای انگلیسی در 25 ذیحجه 1332 بندر فاو در جنوب عراق را اشغال کردند و تصمیم به تصرف دیگر مناطق عراق گرفتند. از اینرو علمای شیعه عراق برای بیرون راندن دشمنان، بر ضد نیروهای انگلیسی فتوای جهاد صادر کردند.
آیتالله حکیم در کمک به جنبشهای آزادیبخش اسلامی، فعال بود و مسلمانان را به کمک و پشتیبانی از برادران مسلمان فلسطینی، تشویق مینمود و اعلامیههای متعدد و مهمی راجع به فلسطین و وحدت مسلمانان جهان برای نجات بیت المقدس صادر نمود.
پس از آنکه عبدالکریم قاسم در 26 ذیحجه 1376 کودتا کرد و به قدرت رسید، سیاست نزدیکی به اردوگاه کمونیسم را در پیش گرفت و کمونیستهای عراقی نیز شدیداً به فعالیت و تبلیغ پرداختند و محیطی پر از رعب و وحشت ایجاد کردند. در این هنگام آیتالله حکیم، به معارضه با آنان برخاست و با فتوای معروف خود «الشیوعیۀ کفر و الحاد» (مرام اشتراکی یا کمونیسم، کفر و الحاد است) قدرت آنان را در هم شکست.
او پس از رحلت آیتالله بروجردی در فروردین ماه 1340، به مرجعیت عامه شیعیان جهان رسید و گروه کثیری از شیعیان کویت، عراق ، ایران، بحرین، افغانستان، هند و پاکستان از وی تقلید میکردند. در همه حوادث و منازعات سیاسی که از 1341 به بعدمیان روحانیت و رژیم محمدرضا شاه در ایران روی داد، وی با صدور نامه، اعلامیه و تلگراف از مواضع علمای ایران به رهبری امام خمینی(ره)، حمایت کرد.
آیتالله حکیم لایحه انجمنهای ایالتی و ولایتی را از جمله «قوانین کافره و خلاف قوانین مقدسه اسلام» دانست و حمله به مدرسه فیضیه در فروردین 1342 را به شدت محکوم کرد و خواستار مهاجرت دسته جمعی علمای بزرگ ایران به عتبات گردید که مورد موافقت آنان قرار نگرفت.
آیتالله حکیم به تألیف و تصنیف علاقهای وافر داشت و حتی پس از مرجعیت، بدان مشغول بود و آثار ارزشمندی از خود برجای گذارد.
برخی از آثار آیتالله حکیم:
- مستمسک العروۀالوثقی
- نهج الفقاهۀ
- حقائق الاصول
- دلیل المناسک
- رسالۀ فی ارث الزوجۀ من الزوج
- تعلیقه بر کتاب ریاض
- رساله در درایه
- مختصر منهاج الصالحین
- حواشی بر نجاۀ العباد
- شرح تبصره علامه حلی
- حاشیه بر رساله صلاتیه
آیتالله حکیم در 27 ربیعالاول 1390 در سن 84 سالگی درگذشت. تشییع جنازه او که در آن صدها هزار نفر شرکت داشتند به تظاهرات وسیعی بر ضد رژیم بعث عراق تبدیل شد. او را در نجف اشراف در جنب کتابخانه خود دفن کردند.
منبع مورد استفاده برای این مدخل