فلوراید از چند راه باعث افزایش مقاومت دندان می‌شود: فلوراید جذب شده وارد عاج و مینای دندان‌های رویش نیافته می‌شود، با ساختمان عاج و مینای دندان ترکیب می‌شود و ترکیب جدیدی که حاصل می‌شود نسبت به اسید تولید شده توسط باکتری‌ها مقاوم‌تر است.
به علاوه فلوراید جذب شده به داخل بزاق ترشح می‌شود و اگر چه غلظت آن کم است اما در توده باکتری‌ها انباشته می‌شود و سبب کاهش تولید اسیدمیکروبی و افزایش معدنی شدن مینا می‌شود. در عین حال فلوراید بزاق، وارد مینای دندان‌های تازه روئیده شده و باعث افزایش آهکی شدن مینا و کاهش آسیب‌پذیری نسبت به پوسیدگی می‌گردد.
همان‌گونه که کاربرد موضعی فلوراید در پیشگیری از ایجاد پوسیدگی‌های جدید مؤثر است در توقف یا دست‌کم کند کردن روند پیشروی پوسیدگی‌های فعال اولیه نیز تأثیر دارد. همچنین فلوراید موضعی قدری خواص ضد میکروبی هم دارد.
در حال حاضر دهان‌شویه‌های فلورایددار (مثل همان دهان‌شویه‌هایی که در حال حاضر در مدارس استفاده می‌شود) در کنار ژل‌ها و خمیر دندان‌های فلورایددار و چند محصول دیگر در دسترس قرار دارد و به صورت موضعی باعث عملکرد فلوراید می‌شود، اما مطالعات نشان می‌دهد که افزودن فلوراید به آب همگانی مؤثرترین روش کاهش مشکل پوسیدگی به خصوص در سطح وسیع و در جامعه است چرا که جدا از تأثیر وسیع آن برخلاف روش‌های انفرادی موضعی در بدن نیز جذب عمومی داشته و همان‌طور که گفته شد می‌تواند وارد ساختار دندان‌های رویش نیافته شود.
این تأثیر فلوراید آب بیشتر در دندان‌های دایمی محسوس است. به نظر می‌رسد در اغلب مناطق ایران میزان فلوراید آب در حد لازم و حتی بعضاً بالاتر از حد مجاز باشد گرچه متأسفانه تحقیقات جامع و کاملی در مورد میزان فلوراید آب مناطق مختلف ایران در دسترس نیست.
اما به هرحال کاربرد موضعی فلوراید به خصوص توسط دندانپزشک به شکل اثبات شده‌ای باعث کاهش بیشتر میزان پوسیدگی به خصوص در کودکان می‌شود.
در نتیجه کاربرد موضعی فلوراید برای کودکان و نوجوانان در مطب‌های دندانپزشکی اکیداً توصیه می‌شود. دندانپزشک بعد از تعیین میزان استعداد ابتلای بیمار به پوسیدگی و احیاناً انجام درمان‌های لازم اولیه مثل حذف پوسیدگی‌ها، درمان با فلوراید را انجام می‌دهد.
دهان‌شویه‌های فلورایددار یکی از روش‌های موضعی استفاده از فلوراید است که هم‌اکنون نیز طرح همگانی استفاده از آن در مدارس کشور در حال اجراست. این طرح به صورت استفاده یک روز در هفته دهان‌شویه توسط دانش‌آموزان با نظارت مسئولان مدارس انجام می‌شود، اما در مورد روش استفاده صحیح آن حرف و حدیث‌های زیادی وجود دارد که پرداختن به آنها در این مجال مختصر نمی‌گنجد. اما یک نکته فرعی این که با استفاده از هرگونه دهان‌شویه فلورایددار برای کودکان زیر 6 سال ممنوع است مگر این که توسط دندانپزشک تجویز شده باشد.
یکی از چالش‌های مهم تجویز مکمل‌های فلوراید مربوط به خانم‌های باردار است. در منابع علمی مدرک معتبری در زمینه ارزش تجویز مکمل خوراکی فلوراید برای مادران باردار حتی در مناطقی که آب فاقد فلوراید است وجود ندارد.
گرچه مصرف این مکمل‌ها توسط اداره غذا و داروی آمریکا برای مادران باردار ممنوع اعلام شده اما این مکمل‌ها برای جنین به هیچ وجه خطرناک نیستند. گرچه در سال‌های اخیر برخی محققان ثابت کرده‌اند که فلوراید از راه جفت به جنین منتقل می‌شود اما مقدار این فلوراید منتقل شده نامشخص است.
در عین حال محققان توافق دارند که وقتی جنین در معرض فلوراید قرار می‌گیرد قدری فایده پیشگیری از پوسیدگی به دندان‌های شیری می‌رسد گرچه این تأثیر بسیار اندک است. به‌طور کلی توافق صاحب‌نظران علم دندانپزشکی براین است که مصرف فلوراید توسط زنان باردار فایده‌ای برای دندان‌های نوزاد دست کم در مورد دندان‌های دایمی در بر نخواهد داشت.
از سوی دیگر جذب بیش از حد فلوراید توسط بدن که به خصوص در مناطقی با فلوراید آب بالا رخ می‌دهد می‌تواند منجر به فلوروزیس دندانی (دندان‌های خالدار) شود. در این حالت مینای دندان رنگ سفید گچی یا قهوه‌ای مات و یا حالتی مغره‌دار به خود می‌گیرد. این وضعیت بیشتر در دندان‌های دایمی دیده می‌شود. این مشکل در صورت تأیید توسط دندانپزشک به راحتی با روش‌های ترمیم همرنگ دندان قابل تصحیح است.
