او از نادر دانشمندان و علمایی بود که افزون بر علوم دینی، حکمی و عرفانی، بر علومی چون ریاضی، هندسه، فیزیک و ستاره‌شناسی تسلط داشت. از همین‌رو فهرست آثار وی را گاه به صد می‌رسانند که در میان آنها «کشکول»، «خلاصه الحساب»، «نان و حلوا» و «تشریح‌الافلاک» از مهم‌ترین عناوین هستند.
نیز در عرف مردم ایران، شیخ بهایی در مهندسی و معماری معروف بوده است، چنان که معماری حمام شیخ‌بهایی و منارجنبان و ساخت کاریز نجف‌آباد را به وی نسبت می‌دهند. در مطلبی که از پی می‌آید، مثنوی «نان و حلوا»ی وی از زاویه‌ای عرفانی و فلسفی به بحث گذاشته شده است. در واقع، این مثنوی شرح سلوک فکری و عملی شیخ بهایی است. او در این مثنوی با زبانی رسا و شیوا به بیان موانع رشد روحی آدمی می‌پردازد و راه‌های وصول وی را به اعلی‌درجات ایمان یادآور می‌شود.
هر چت از حق باز دارد ای پسر
نام کردم نان وحلوا سر به سر
گرهمی خواهی که باشی تازه جان
رو کتاب نان و حلوا را بخوان
مثنوی نان و حلوا یا سوانح السفرالحجاز یکی از مثنوی‌های کوتاه و پر مغز شیخ بهایی است که در اخلاق و انتقاد از زمانه خویش و به استقبال مولوی و به سبک مثنوی معنوی سروده شده است. این مثنوی از شهرت اسمی برخوردار است اما کمتر کسی از محتوا و مضمون آن آگاه است و حتی گاهی به غلط آن را طنز می‌پندارند.
با دقت در این مثنوی می‌توان علاوه بر آراء اخلاقی شیخ بهایی به دیدگاه‌های عرفانی و فلسفی شیخ بهایی نیز پی برد.
شیخ بهایی در این مثنوی به مفهوم دنیایی که مطرود روایات است پرداخته و با زبانی لطیف آن را تبیین می‌کند. اسم این مثنوی خود دارای پیام است. در آن عصر حلوا از غذاهای اغنیا و مصداق چرب و شیرین دنیا و تمثیلی از زندگی دنیا و شادی خواری است که غافلان و عاشقان دنیا را سر مست کرده و از عقبی غافل:
نان حلوا چیست جاه و مال تو
باغ و راغ وحشمت و آمال تو
نان حلوا چیست این طول امل
وین غرور نفس و علم بی‌عمل
نان حلوا چیست گویم با تو فاش
این همه سعی تو از بهر معاش
شیخ بهایی در این مثنوی به بررسی موانع رشد و رستگاری انسان پرداخته و تا حدودی رذایل اقشار مختلف از عوام تا اهل علم و صوفیان و دراویش و... را بیان می‌کند.
او در بحث علم رسمی به استقبال مولوی رفته و در مورد توجه به علوم رسمی و قیل و قال خالی از عشق و حال، نکات مهمی را در ابیاتی آبدار و زیبا بیان کرده است:
از هیولا تا به کی این گفت‌وگو
رو به معنی آر و از صورت مگو
و در تفسیر معنی این صورت به حب و عشق و شور و جذبه و حال دعوتی دردمندانه می‌نماید:
گر کسی گوید که از عمرت همین
هفت روزی مانده وآن گردد یقین
تو دراین یک هفته مشغول کدام
علم خواهی گشت‌ای مردتمام
علم نبود غیرعلم عاشـقی
مابقی تلبیس ابلیـس شقی
از نظرجناب شیخ بهایی ابتلا به عشق ویژگی اصلی انسان است و انسان با عشق است که از دیگر موجودات ممتاز می‌شود و در عالم اعتبارمی یابد. او با آن دیده جمال نگر و در قالب تمثیل سخن خویش را توضیح می‌دهد:
هرکه نبود مبتلای مــاهرو
اسم او از نوع انسانی بشو
سینه خالی ز مهر گلرخان
کهنه انبانت بود پر استخوان
شیخ بهایی که عارفی راه پیموده است و به مسیرسلوک و آیات و روایات آشنایی کامل دارد حجاب خودیت را از تیره‌ترین حجبی می‌داند که انسان را دربند کرده است. او هویت فرضی و موهوم و مستقل داشتن انسان را سد و سنگ راه تکامل می‌داند و چنین تقبیح می‌نماید:
داند این را هر که زین ره آگه است
کین وجود و هستیش سنگ ره است
گوی دولت آن سعادتمند برد
کو به پای دلبرخود جان سپرد
او این قربانی کردن نفس در راه دوست را باعث سعادت ابدی می‌داند و به سرزنش افرادی می‌پردازد که نقد جوانی را به تاراج عصیان سپرده‌اند:
شد همه بر باد ایام شباب
بهر دین یک ذره ننمودی شتاب
عمرت از پنجه گذشت ویک سجود
کت به کار‌آید نکردی‌ای جهود
اما هرگزناامید نیست و گرچه پیری را، زمان تحکیم ریشه علایق در نفس و نفس در دنیا می‌داند اما باز مشفقانه دعوت به جبران مافات می‌کند و چنین اندرز می‌دهد که:
حالیا ای عندلیب کهنه سال
بازکن افغان و یک چندی بنال
چون نکردی ناله در فصل بهار
در خزان باری قضا کن زینهار
از دیگر موضوعاتی که در نان وحلوا به آن پرداخته شده، بحث «حب الوطن من الایمان» است. شیخ بهایی در تفسیر این حدیث از لایه‌های ظاهری عبورکرده و سعی دارد با کنار زدن قشر و پوست به مغز مطلب برسد و لـُب مفهوم را به خواننده منتقل کند:
زان که از دنیاست این اوطان تام
مدح دنیا کی کند خیر الانام
حب دنیا هست راس هر خطا
از خطا کی می‌شود ایمان عطا
پس بازگشت به اصل و سیر از ناسوت به جبروت و گذر از قوس صعودی و رسیدن به آرامش در جوار دوست را که اکنون برای غافلان چندان نمودی ندارد را در شرح این حدیث منظور می‌دارد.
ای خوش آن کو یابد از توفیق بهر
کاورد رو سوی آن بی‌نام شهر
رو بتاب این جسم و جان را شاد کن
موطن اصلی خود را یاد کن
جهد کن این بند از پا باز کن
بر فراز لا مکان پرواز کن
البته فهم آن مرتبه و رسیدن به آن مقام با سختی و بلا همراه است و شیخ بهایی در ادامه مطلب با ظرافت به این امر می‌پردازد.
شیخ بهایی در نان و حلوا راه رسیدن به فراغ و آسایش را عبور از تنگه بلا و رنج و سختی می‌داند تا روح انسان صیقل یافته وجلا یابد:
رنج، راحت دان چو شد مطلب بزرگ
گـَردِ گله، توتیای چشم گرگ
گنج عشق و وصال پیچیده در رنج و سختی است «لقد خلقنا الانسان فی‌کبد» و برای ظهور و تجلی حضرت عشق در دل، ره توشه، مراقبت و تقوی است و باید ترک دنیای مذمومی که در بالا توضیح داده را پیشه کرد:
نیست جز تقوی در این ره توشه‌ای
نان و حلوا را بهل در گوشه‌ای
تلبیس ابلیس و ریا از دیگر موانع مهم راه است که شیخ بهایی به آن پرداخته است و آنها را از اعظم جنود و لشکریان شیطان می‌شمارد. چه بسیارآدمیانی که برای جلوه نیکو در بین مردم به این دام می‌افتند و هلاک می‌شوند:
نان و حلوا چیست‌ای شوریده سر
متقی خود را نمودن بهر زر
دعوی عز از برای عز و جاه
لاف تقوی از پی تعظیم شاه
دین فروشی از پس مال حرام
مکر و حیله بهر تسخیر عوام
تذبذب و تلبیس که برای قدر یافتن بین مردم باطل را لباس حق بپوشانیم از دیگر هشدار‌های شیخ بهایی است:
نان و حلوا چیست این تردید تو
کان بود سرمایه تلبیس تو
نی فروعت محکم آمد نی اصول
شرم بادت از خدا و از رسول
یکی از مباحث مهمی که در عصر شیخ بهایی بسیار رواج داشته تقرب جستن عالمان غیرمهذب به پادشاهان و تفاخر به آن است و شیخ نقد خویش را به بسیاری عالمان بی‌عمل مطرح می‌کند. اگرچه خود شیخ بهایی شیخ الاسلام عصر و دارای مقام و قدرت و نفوذ فراوان بوده اما هرگز آن را دستمایه تقرب و تفاخر نمی‌داند بلکه تمام تلاش شیخ این است که از این منصب برای احقاق حق و یاری خلق استفاده کند.او تلاش برای قـُرب به شاهان را آفت جان و پای بند ایمان و از دام‌های مهم شیطان می‌داند و مسابقه بسیاری از
دنیا طلبان در این راه را به سخره می‌گیرد.
نان و حلوا چیست دانی‌ای پسر
قرب شاهان است زین قرب الحذر
نان و حلوا چیست‌ای فرزانه مرد
منصب دنیاست گرد آن مگرد
نقطه مقابل این مسئله هم از نکاتی است که ذهن شیخ بهایی را به خود مشغول کرده است و آن تشبه به اهل فقراست. صوفیان بی‌صفا برای فریب خلق، در ظاهر، خود را به اهل صفا و معرفت شبیه می‌کردند و در باطن دل در گرو دنیا داشتند و به تمام لوازم آن پایبند بودند. بسیاری از عالمان راستین آن عصر چون جناب صدرالمتألهین ملاصدرای شیرازی، جناب میرداماد، مرحوم میر فندرسکی و شیخ بهایی به مبارزه با این موضوع برخاسته‌اند و به ایجاز یا تفصیل در مورد آن سخن گفته‌اند. شیخ بهایی در نان و حلوا نقد خویش را با بیانی لطیف ایراد کرده است:
نان و حلوا چیست این اعمال تو
جبه پشمین، ردا و شال تو
این مقام فقر خورشید اقتباس
کی شود حاصل کسی را در لباس
زبان و آفات آن نیز از مهم‌ترین مسائلی است که در نان و حلوا به آن پرداخته شده است.
از بیان شیخ بهایی یکی از مهم‌ترین آفات، هرزه گویی زبان است و حفظ زبان از صفات عالی انسان است.صمت و سکوت و خاموشی و تفکر، نشانه انسان اهل حال است:
نان و حلوا چیست قیل و قال تو
وین زبان پردازی بی‌حال تو
گوش بگشا لب فرو بند از مقال
هفته هفته، ماه ماه وسال سال
حسن ختام مثنوی نان و حلوا نکته موجزی در مورد عبادت است. شیخ بهایی عبادت واقعی را آن می‌داند که فقط و فقط برای رضای محبوب و قرب به او باشد و اگر هدفی دیگر مثل ترس از جهنم یا شوق به بهشت در کار باشد به همان میزان از ارزش واقعی عبادت کاسته خواهد شد. او معتقد است که هر هدفی غیراز وصال و قرب به حق، از ضعف و نقص در بینش ناشی می‌شود.
چون آدمیان در این دنیا با نعمات دنیوی و مادی سر و کار دارند و بهشت را از مصادیق کامل این نعمات مادی می‌دانند و لذات شهودی و معنوی را نچشیده‌اند تنها به نعمات مادی بهشت گرایش دارند و نعمات قیامت را تنها ادامه آن لذات مادی می‌دانند ولی هرچه شناخت بهتری به دست آورند مطلوب بالاتری را طلب خواهند کرد.
نان و حلوا چیست‌ای نیکو سرشت
این عبادت‌های تو بهربهشت
نزد اهل حق بود این کاستن
در عبادت مزد از حق خواستن
چشم بر اَجر عمل از کوری است
طاعت از بهر طمع مزدوری است
