اما در عین حال نباید از این نکته غافل شد که عیار و سطح کیفی هر اثر هنری را در درجه نخست خود اثر تعیین می‌کند و نه پیشینه سازنده آن و بنابراین در کنار این حجم عظیم تعریف و تمجید و به به و چه چه‌هایی که هر روز و هر هفته نثار این مجموعه می‌شود، جا دارد که در این مجال به مقوله شیوه پرداخت این مجموعه که شاید یکی از برجسته‌ترین نقاط ضعف این مجموعه محسوب می‌شود پرداخته شود.
وقتی قرار است یک مجموعه تلویزیونی به برهه مشخصی از تاریخ بپردازد بیشترین توقعی که از آن می‌رود پوشش کامل و اصولی همان مقطع تاریخی است و اگر مجموعه در رسیدن به این هدف اصلی به موفقیت دست یافت آنگاه سازندگان آن مجاز هستند که دوره‌های دیگر تاریخی را البته مشروط به اینکه ارتباط منطقی با کلیت مجموعه داشته باشد نیز پوشش دهند.
در سریال مختارنامه همانگونه که از نام آن نیز پیداست، میرباقری در وهله درصدد روایت داستان قصاص قاتلین امام حسین(ع) به دست مختار و یاران او بوده و نه روایت ماجرای عاشورا و درواقع داستان عاشورا و قیام امام سوم شیعیان به‌عنوان دستمایه اولیه‌ای که داستان مختار بر مبنای آن ساخته و پرداخته شده است شناخته می‌شود و طبیعی است که با توجه به چنین رویکردی نویسنده و کارگردان مجموعه باید به‌گونه‌ای میان سکانس‌های مربوط به داستان اصلی(قیام مختار) و داستان پیش زمینه مکمل ( واقعه عاشورا) تعادل برقرار کنند که هدف نهایی سریال که همان به تصویر کشیدن داستان قاتلین قافله عاشوراست در هسته مرکزی محصول نهایی قرار بگیرد؛ اتفاقی که در عمل آن طور که باید و شاید نیفتاده و کارگردان در برقراری یک رابطه منطقی مابین این دو تم داستانی چندان موفق عمل نکرده است.
گواه این مدعا آنکه در قسمت‌های زیادی از سریال و در حالی که بیننده با شخصیت‌های مربوط به مقطع قیام مختار ارتباط و همذات‌پنداری کرده، ناگهان دوربین مجموعه به مقطع زمانی روز عاشورا شیفت می‌کند و البته تا این جای کار ایرادی بر آن وارد نیست و مشکل از آنجا آغاز می‌شود که زمانی در حدود دو سوم از کل دقایق یک قسمت از سریال به شرح زندگی و مجاهدت‌های شخصیت‌هایی مانند وهب نصرانی اختصاص داده می‌شود که در عین برخورداری از صفات والای انسانی به لحاظ درام حاکم بر سریال در جایگاهی قرار ندارند که بتوان این حجم از کل حدود یک قسمت سریال را به آنها اختصاص داده و به رابطه مخاطب با داستان اصلی مجموعه که همان قیام مختار است آسیب وارد کرد، علی‌الخصوص که میرباقری در این گریزهایش به روز عاشورا از استاندارد حاکم بر کلیت سریال نیز فاصله زیادی گرفته و سکانس‌هایی شعارگونه و به‌شدت گل درشت مانند سکانس خسته‌کننده مدح و ثنای مادر وهب (بابازی بهناز توکلی) در لحظات آماده شدن او برای رفتن به میدان نبرد خلق کرده که به‌نظر می‌رسد بیشتر کارکرد معکوس داشته و در جهت ریزش بینندگان مختارنامه عمل کرده است. در حالی که به سادگی امکان پیوند خلاقانه میان این دو خط سیرداستانی به‌گونه‌ای که هسته اصلی داستان فراموش نشود وجود داشت.
معضل دیگر گریبانگیر ساختار فلاش بک این مجموعه تکرار بیش از حد یکی دو تصویر استعاری از روز عاشوراست، مانند تصویر تابش نور از آسمان به امام حسین(ع) که یک موسیقی تکراری روی آن ضبط شده؛ ساختاری که بینندگان حرفه ای‌تر آثار میرباقری را به این فکر می‌اندازد که آیا کفگیر این کارگردان نامدار در به تصویر کشیدن پلان‌هایی عکس‌گونه از روز عاشورا به ته دیگ خورده بوده که تا این اندازه به همین تصاویر محدود و تکراری بسنده کرده است؟ یکی دیگر از معضلات پرداخت مختارنامه را باید در نگاه قهرمان‌پردازانه و فانتزی‌وار میرباقری دانست؛ نگاهی که در اکثریت قریب به اتفاق قسمت‌های تا به این لحظه پخش شده سریال به شیوه‌ای اغراق شده اعمال شده است. میرباقری در به تصویر کشیدن تیزهوشی، مهارت جنگی و شجاعت مختار تا حد زیادی تئوریک و پا به پای کتب تاریخی عمل کرده و بینندگان مجموعه بیشتر از آنکه شاهد عینیت بخشیدن این ویژگی‌های اخلاقی در عمل باشند مکررا از زبان یاران مختار از کیان ایرانی و بن کامل گرفته تا یاران دورتر او و حتی گاهگاهی از زبان دشمنانش می‌شنوند که او چنین و چنان است اما آنچه در عمل مشاهده می‌شود به هیچ عنوان در حد و اندازه و همپای این تعریف و تمجیدها نیست و این نقص چون در مورد شخصیت نقش اول مجموعه که نام مجموعه هم بر مبنای نام او انتخاب شده، است بزرگ‌تر و اغراق شده‌تر به چشم می‌آید.
نظیر چنین رویکردی را در مورد سایر کاراکترهای سریال حتی کاراکترهای منفی نیز شاهد هستیم؛ به‌عنوان مثال پرسوناژ حرمله که در قسمت‌های اخیر مجموعه به شیوه‌ای بسیار اغراق‌آمیز بر چابکی و هوش بالایش تأکید شد، معلوم نشد چگونه از تمیز مختار با شخص دیگری عاجز ماند و به خیال خود مختار را ترور کرد تا مقدمات دستگیری‌اش فراهم شود. گواینکه میرباقری در ادامه کار هم برای خود این وظیفه را قائل نشد که برای بینندگان اثرش روشن سازد که چگونه به سادگی و سهولت هر چه بیشتر یاران مختار توانستند پناهگاه حرمله‌ای را که مدت‌های مدیدی همه آنها را به‌اصطلاح سرکار گذاشته بود شناسایی کنند. اینها نمونه‌ای از ضعف‌های بارزی است که برای مجموعه‌ای که قریب به یک دهه وقت و هزینه صرف ساخت آن شده بعید و دور از انتظار به‌نظر می‌رسد.
