استاد شهید مطهری، در توصیف برخی کاستی‌ها در قلمرو پژوهش در علوم دینی، به نکته‌ای اشاره کرده‌اند که می‌تواند طلیعه یادداشتی باشد که در پاسداشت منزلت علمی مرحوم آیت‌الله محمد‌هادی معرفت نگاشته میشود.
نقل به مضمون سخن ایشان این است که در روزگاری که روش غالب درمیان دانایان علوم دینی، پرداختن به فقه و اصول است، از علوم دیگر برآمده از دل فرهنگ و اندیشه اسلامی غفلت میشود. منظور استاد شهید در این جا علوم دیگر» قرآن و پژوهش‌های مربوط به آن است.
در همان اشاره درست، شهید مطهری به تعریض می‌گوید شمار عالمان دینی که « فتأمل»های « کفایه» را چند لا و پهنا بلدند (کفایه الاصول نوشته آیت‌الله محمد کاظم خراسانی، یکی از کتب رسمی علم اصول است که طالبان علوم دینی آن را پیش از ورود به دروس خارج فقه و اصول می‌‌خوانند. خوب دانستن محتوای این کتاب به نوعی نشانه عالم بودن طلبه است) کم نیست، اما نوبت به پژوهش‌های قرآنی که می‌رسد، از این همه دقت و صرف وقت خبری نیست.
استاد مطهری البته در سخن فوق به وضع زمانه اشاره دارد و امروزه با وجود تلاش‌های مکتوب و غیر مکتوب در حوزه قرآن شاید بتوان این سخن شهید مطهری را منحصر به همان تاریخ دانست، اما مرحوم آیت‌الله معرفت نیز دانش‌آموخته همین نظام حوزوی و مربوط به همان زمانی است که مطهری از آن سخن می‌گوید.
از این نظر، بزرگانی چون استاد معرفت حق زمانه خود را به درستی گذارده‌اند و به قولی فرزندان زمانه خویش‌اند. آیت‌الله معرفت به دلیل حضور در درس فرهیختگانی چون حکیم، خویی، حاج شیخ حسین حلی و امام خمینی، از علوم رسمی حوزه‌های علوم دینی، به اندازه خود سهم برده بود، اما فرا رفتن او از وضع موجود در زمانه خود، زمینه‌ساز تألیف آثاری در موضوع قرآن و تاریخ تفسیر شد که امروزه دست‌کم از حیث تتبع تأثیری قاطع در پژوهش‌های قرآنی در زمانه ما گذاشته است.
تلاش یکه و ستودنی ایشان در پژوهش« التمهید فی علوم القرآن» و« التفسیر والمفسرون فی ثوبه القشیب» دقیقا پاسخگویی به همان نیاز‌های زمانه است. این منظر آیت‌الله معرفت را به نوع ارتباط علم و قرآن برای پاسخ به پرسش‌های معرفت‌شناسانه سوق داده بود.
ایشان می‌گوید: معنای «تبیان لکل شیء» این نیست که در تمام مسائل علمی، جواب مشکلات را از قرآن استفاده کنیم، اگر این برداشت را بکنیم قرآن را پایین آورده‌ایم، بلکه قرآن در مسائل هدایتی است که راهکار ارائه می‌کند... البته تراوشات علمی قرآن کریم انگیزه شد تا مسلمانان بروند و علوم را فرا بگیرند، لذا قرآن مجموعه‌ای از دانشمندان بزرگ را به وجود آورد و امروز نیز اگر دنیا رو به علم می‌رود، از انگیزه‌هایی است که قرآن به بشر داده است.
