علما هم ابتدا با سخنرانی، اعتراض خود را به شاه اعلام کردند، اما چون نتیجه نگرفتند، مجبور به مهاجرت به حرم حضرت عبدالعظیم حسنی‌ع و تحصن در شهرری شدند. علما در این مهاجرت تقاضاهایی داشتند: «عزل موسیو نوز، عزل علاءالدوله ستمگر از حکومت تهران، عزل عسگرگاریچی پول پرست وهوس‌ران از راه قم و مساعدت شاه برای تأسیس عدالت خانه»؛ که بعد از مدتی شاه مجبور شد-البته در ظاهر- خواسته‌های علما را قبول کند.
ناصرالدین شاه تا زمانی که زنده بود، اقدام خاصی برای تأسیس عدالت خانه نکرد؛ اما بعد از کشته شدن او، پسرش مظفرالدین میرزا که شاه شد، این بار نوبت عین الدوله حاکم منصوب او در تهران بود که جلوی خواست علما بایستد و مانع تأسیس عدالت‌خانه شود. پس دوباره علما مجبور شدند برای اعتراض، به تحصن در مسجد شاه بازار روی بیاورند که در نهایت با حمله سربازان عین‌الدوله به تحصن‌کنندگان و شهادت طلبه‌ای جوان به نام عبدالمجید، چاره را در این دیدند که این دفعه به قم و حرم مطهر حضرت معصومه‌س مهاجرت کنند؛ مهاجرتی که بعداً به نام «مهاجرت کبری» معروف شد. این مهاجرت مؤثر واقع شد و به دلیل تحصن گروهی از مردم در سفارت‌خانه انگلستان، مظفرالدین شاه بعد از دو ماه بالاخره در ۱۴ مرداد ۱۲۸۵شمسی مجبور شد فرمان مشروطیت را صادر کند.
البته این پایان داستان مشروطه نبود، چون کمی بعد، وقتی مجلس مشروطه تشکیل شد، متأسفانه آن مشروطه خواهانی که به سفارت انگلستان پناهنده شده بودند، علما را حذف کردند؛ آن هم علمایی که برای مشروطیت زحمات زیادی کشیده بودند. مشروطه خواهان وابسته به سفارت انگلیس درصدد تصویب قوانین مخالف و مغایر با دین اسلام در مجلس مشروطه بودند و علما هم جلوی آنها می‌ایستادند. اما در نهایت گرچه با تلاش بسیار شیخ فضل الله نوری، از علمای حاضر در مجلس مشروطه، قانون نظارت پنج تن از علمای تراز اول بر مصوبات مجلس به تصویب رسید، کمی بعد همان وابستگان به سفارت انگلیس باعث شدند ابتدا شیخ و پس از او آیت الله بهبهانی، از علمای بزرگ مشروطه به شهادت برسند
