درآمد ناچیز دولت در این دوره عمدتا از محل مالیات بر تولید کشاورزی، دامداری‌ها و مشاغل آزاد تامین می‌شد. علاوه بر آن درآمد مربوط به املاک شاهی، درآمد گمرکی، درآمد اجاره، پیشکش‌های اهدایی به شاه و کاهش ارزش پول ملی راه‌های دیگر کسب درآمد دولت در دوره قاجار بود. یکی از اشکال درآمد مالیاتی در این دوره، دریافتی‌هایی بود که تحت عنوان مصادره عمومی نامیده می‌شد. مصادره عمومی در واقع نوعی مالیات اضطراری بود که با نظر دولت و خارج از انتظار وضع می‌شد و از هر کس، هر مقدار که صلاح می‌دانستند وصول می‌شد.
در آن دوره وقتی درآمد دولت محدود بود طبیعی بود که هزینه‌ها هم با سختگیری همراه باشد. به‌طور مثال وقتی شخصی در دربار قاجار استخدام می‌شد اولا بایستی شاه شخصا با استخدام او موافقت می‌کرد. از طرف دیگر حقوق مستخدم وقتی برقرار می‌شد که یکی از کارمندان قبلی دربار فوت کند تا از محل حقوق فرد فوت‌شده، امکان برقراری حقوق فرد تازه استخدام شده فراهم شود. در همین رابطه طبق مقررات دولت، وقتی کارمندی فوت می‌کرد، یک سوم حقوق کارمند، به بازماندگان او می‌رسید.
درصورتی‌که فوت شده، بازمانده‌ای نداشت (اصطلاحاگفته می‌شد بلاعقب) در این‌صورت پرداختی بعد از فوت به‌طور کامل قطع می‌شد. در میان کارکنان عالی‌رتبه دربار ناصرالدین شاه شخصی به‌نام میرزا محمد گلپایگانی وجود داشت که به‌رغم گذشت مدت فراوانی از گرفتن دستخط شاه مبنی بر استخدام، هنوز منابع اعتباری لازم برای پرداخت حقوق او تامین نشده بود. میرزا محمد که کاسه صبرش لبریز شده بود دائما آرزو می‌کرد راهی پیدا کند تا مشکلش حل شود تا اینکه روزی شنید زرافه شاه مرده است! میرزا محمد که قلم خوبی هم داشت بلافاصله تصمیم گرفت نامه‌ای به شاه بنویسد و مشکل برقرار نشدن حقوق خود را مطرح کند.
میرزا محمد در عریضه‌ای که به شاه نوشت، این مطالب را طرح کرد: هر چه صبر کردم به مرده بلاعقبی برسم، قسمت نشد. حال که زرافه شاه مرده، خوب است از محل جیره زرافه متوفی، حقوق مرا برقرار نمایید. در پایان نامه نیز یک شوخی با شاه می‌کند و می‌گوید: بلاعقب ما همین زرافه است! شاه قاجار بعد از خواندن نامه به نخست‌وزیر دستور می‌دهد از محل جیره زرافه، حقوق میرزا محمد برقرار شود. همچنین به نخست‌وزیر می‌گوید من بعد کسی حق ندارد با او شوخی کند! بعد از این واقعه، میرزا محمد که اتفاقا قد بلندی نیز داشت به‌عنوان میرزا محمد زرافه معروف شد.
حکایت میرزا محمد زرافه واقعیت اقتصاد ایران در آن سال‌ها را نشان می‌دهد؛ دوره‌ای که به‌دلیل محدودیت‌های درآمدی، دولت حتی امکان پرداخت حقوق یک کارمند جدید آن هم بعد از گرفتن دستور شاه را نیز به‌راحتی نداشت. اما در سال‌های اخیر که درآمد نفتی بخش اعظم بودجه دولت را تشکیل می‌دهد، دیگر آن سختگیری‌های هزینه‌ای مثل گذشته اعمال نمی‌شود. دولت می‌تواند به‌راحتی برای افزایش مخارج خود تصمیم بگیرد، بدون اینکه محل منابع آن روشن باشد. نگاهی به مخارج جاری دولت طی سال‌های اخیر نشان می‌دهد که سرعت افزایش هزینه‌ها چقدر بالاست.
ای کاش به‌رغم این افزایش‌های چشمگیر، حداقل بودجه دولت متوازن بود و کسری بودجه‌ای وجود نداشت. کسری بودجه وقتی ایجاد می‌شود که مخارج دولت بیشتر از درآمدهای دولت است. در چنین شرایطی دولت ممکن است یا با بدهی مواجه شود و یا اینکه مجبور شود از مخارج خود بکاهد. به‌طور مثال، در سال 1390 دولت نتوانست بودجه عمرانی مصوب خود را بیشتر از 60 درصد پرداخت کند.
همچنین بسیاری از پیمانکاران طرف قرارداد دستگاه‌هایی چون وزارت نیرو و راه و شهرسازی نیز نتوانستند مطالبات خود از این دستگاه‌ها را دریافت کنند و لذا هم‌اکنون دولت به اینها بدهکار است. علاوه بر موارد فوق، افزایش بدهی دولت به سیستم بانکی، بانک مرکزی و یا سازمان تامین اجتماعی نیز همواره در سال‌های اخیر یک بحث جدی در اقتصاد ایران محسوب می‌شده است. در لایحه بودجه سال 1391 پیشنهاد شده دولت برای حل مشکل کسری بودجه حدود 470 هزار میلیارد ریال اوراق مشارکت منتشر کند.
از طرف دیگر دولت عنوان کرده است در سال 1391 بیش از 300 هزار میلیارد ریال از بدهی خود به دیگر سازمان‌های دولتی را به‌دلیل در اختیار نداشتن منابع مالی کافی نمی‌تواند نقدا پرداخت کند و لذا تمایل دارد از سهام شرکت‌های دولتی برای این منظور استفاده کند. از طرف دیگر درصورت شروع فاز دوم قانون هدفمندی یارانه‌ها، پیش‌بینی می‌شود موج جدیدی از کسری بودجه متوجه دولت شود. همچنین با احتساب تعهدات سفرهای استانی، به‌نظر می‌رسد دولت منابع سال‌های سال بعد خود را نیز پیشخور کرده است. به‌نظر می‌رسد تا دیر نشده برای رعایت انضباط مالی توسط دولت بایستی فکری شود.
در اوایل دهه 1370 در یکی از سال‌ها درآمد ارزی کشور از 18 میلیارد دلار نتوانست فراتر برود ولی میزان تعهدات سر رسید شده ارزی کشور به حدود 34 میلیارد دلار رسید. با بروز این پدیده که به‌عنوان بحران بدهی‌های خارجی ایران معروف شد، همه سؤال می‌کردند چرا سیستم هشداردهنده‌ای در کشور وجود نداشته تا قبل از رسیدن به مرحله بحران از وقوع آن پیشگیری کند؟! به‌نظر می‌رسد وقت آن رسیده که برای کنترل هزینه‌های دولت و جلوگیری از ایجاد بدهی‌های دولتی بایستی نظام کارآمدی طراحی و از بروز بحران در آینده جلوگیری شود. در شرایط کنونی حتی اطلاع دقیقی از میزان بدهی‌های دولت وجود ندارد.
