وظیفه دبیرخانه شورا، پشتیبانی علمی، پژوهشی و خدماتی متناسب با وظایف و مسئولیت شورا، نظارت بر حسن اجرای مصوبات و توسعه ارتباطات با مجریان و مردم است که در آیین‌نامه داخلی شورا تنظیم می‌شود و توسط هیات دولت به تصویب می‌رسد.این جملات ماده یک قانون تشکیل شورای‌عالی آموزش و پرورش است که جایگاه شورای‌عالی آموزش و پرورش در نظام تعلیم و تربیت را مشخص می‌کند.
ماده5 این قانون تاکید می‌کند که مصوبات شورای‌عالی آموزش و پرورش در حدود اختیارات قانونی شورا برای مؤسسات ذی‌ربط لازم‌الاجراست. این مصوبات پس از تایید رئیس شورا توسط دبیرکل به مؤسسات مربوط ابلاغ خواهدشد. با توجه به این مواد قانونی نقش شورای‌عالی آموزش و پرورش بی‌بدیل است. شورای‌عالی آموزش و پرورش در دولت دهم جلسات بسیاری داشت که حاصل آن مصوباتی است که بخشی از آنها در حال اجراست و بخشی دیگر نیز به‌زودی اجرا خواهد شد.
این شورا طی یک سال اخیر نیز براساس وظیفه ذاتی خود مصوباتی داشته که اکنون مبنای عمل در وزارت آموزش و پرورش است. این مصوبات در حالی است که مدت عضویت دست کم 6نفر از اعضای رسمی و پیوسته شورای‌عالی آموزش و پرورش از اردیبهشت ماه سال 1390 پایان یافته بود.
براساس ماده 8 قانون تشکیل شورای‌عالی آموزش و پرورش، اعضای شورای‌عالی آموزش و پرورش بر دو قسم‌اند: الف - اعضای رسمی و پیوسته که برای مدت 4سال تعیین و منصوب می‌شوند. ب- اعضای وابسته که برای مدت 2سال از طرف شورا انتخاب می‌شوند، تجدید انتخاب آنها بلامانع است.
اردیبهشت سال86 رئیس‌جمهور طی احکامی جداگانه آقایان حسن ابراهیم‌زاده معبود، مصطفی گودرزی و زکریا یازرلو و خانم‌ها طاهره کاغذچی، فرحناز حدادی و ونوس معافی را به‌عنوان اعضای شورای‌عالی آموزش و پرورش برای مدت 4سال منصوب کرد.
با توجه به زمان انتصاب(19 اردیبهشت 86)، مدت عضویت اعضای رسمی شورای‌عالی آموزش و پرورش اردیبهشت‌ماه سال 90 به پایان رسید.
براساس مواد 11 و 12 قانون تشکیل شورای‌عالی آموزش و پرورش، «اعضای شورای‌عالی آموزش و پرورش با حکم رئیس‌جمهور منصوب می‌شوند. رئیس شورا موظف است بعد از پایان مدت عضویت هریک از اعضا ترتیب انتخاب جانشین او را بدهد؛ به‌نحوی که حداکثر یک ماه از پایان دوره عضویت هر فرد، جانشین او تعیین شده باشد.»به هر روی مدت عضویت اعضای رسمی و پیوسته این شورا اردیبهشت ماه سال 90 به پایان رسید اما این افراد در جلسات شورای‌عالی آموزش و پرورش شرکت می‌کردند.
از طرفی تعدادی از دیگر اعضای شورای‌عالی آموزش و پرورش نیز تغییر کرده‌اند و هیچ فردی به جای آنها معرفی نشده است.
با توجه به این مسائل پرسشی اساسی مطرح می‌شود؛ آیا حضور این افراد در جلسات شورای‌عالی آموزش و پرورش قانونی بوده و مصوباتی که با رای آنها تصویب شده قانونی و لازم‌الاجراست یا نه؟
آیا این نوعی تخلف از قانون محسوب نمی‌شود؟ چرا ناظرین مجلس شورای اسلامی واکنشی به این ماجرا نشان ندادند؟
البته رئیس‌جمهور پس از گذشت یک سال اعضای رسمی جدید شورای‌عالی آموزش و پرورش را 11اردیبهشت 91 منصوب کرد.
همچنین بر اساس آنچه در سایت شورای عالی آموزش و پرورش مشاهده می‌شود هنوز برخی از اعضا؛ یکی از ناظران مجلس شورای اسلامی، نماینده معلمان، یک نفر صاحب‌نظر در رشته علوم انسانی، مشخص نیستند. از سوی دیگر برخی از اعضا مانند زکریا یازرلو، علی باقرزاده، عبدالرسول پورعباس، علی‌اکبر محرابیان سمتشان تغییر کرده اما همچنان نامشان در فهرست اعضای این شورا دیده می‌شود.
