مرگ او که برنده جایزه صلح نوبل (1994) هم بود با شایعه‌هایی درباره احتمال قتل او همراه بوده است.
پدر یاسر عرفات یک فلسطینی تاجر پارچه بود که برخی اجدادش مصری نیز بودند. مادرش نیز از خانواده‌ای قدیمی در فلسطین و اهل قدس بود. مادر عرفات وقتی او 5 ساله بود فوت کرد. بعد از آن یاسر را پیش دایی‌اش در بیت‌المقدس فرستاند تا آنجا زندگی کند.
گفته می‌شود او درباره دوران کودکی‌اش چیز زیادی نگفته است اما یکی از خاطراتی که از آن دوران مطرح می‌کرد حمله سربازان بریتانیایی -که در آن زمان در فلسطین حضور داشتند- به منزل دایی‌اش در نیمه شب است که طی آن اعضای خانواده را کتک زده و وسایل خانه را شکسته بودند.
پدرش او را بعد از 4 سال زندگی در بیت‌المقدس به قاهره برگرداند. عرفات هرگز از پدرش که هیچ‌وقت به فرزندانش نزدیک نبوده حرف نمی‌زد و حتی در مراسم دفن او در سال 1952 نیز شرکت نکرد.
عرفات در 19 سالگی دانشگاه رها کرد و برای جنگیدن به غزه رفت. او سپس برای ادامه تحصیل به مکزیک رفت و دوباره به دانشگاه قاهره برگشت تا دوره فوق لیسانس را بگذراند.
سال 1956 مدرکش را گرفت، مدتی کوتاه در مصر کار کرد و سپس برای زندگی به کویت رفت.
سال 1958 او دوستانش فتح را تاسیس کردند که در سال 1959 شروع به انتشار نشریه‌ای درباره ترویج جنگ مسلحانه علیه رژیم اشغالگر قدس کرد . عرفات در اواخر سال 1964 او کویت را ترک کرد در اردن عملیات فتح را سازماندهی کرد.
عرفات که با کنیه ابو عمار هم او را می‌شناسند رهبر سازمان آزادیبخش فلسطین (پی ال او ) نیز بود. این سازمان تحت حمایت کشورهای عربی تاسیس شد و چندین گروه مبارز فلسطینی به پیوستند تا در این سازمان مبارزه‌هایشان را ادامه دهند.
عرفات در لبنان و تونس هم زندگی و فعالیت کرده است.
در دهه 1980 او از لیبی، عراق و عربستان سعودی کمک مالی دریافت می‌کرد و همین به یاسر عرفات این امکان را داد که ساختار پی ال او را بازسازی کند.
سال 1985 رژیم اشغالگر قدس به جان او سوقصد کرد که موفق نبود.
بازسازی سازمان آزادیبخش فلسطین به موثر بودن این سازمان در انتفاضه اول در دسامبر 1987 کمک کرد.
او به دلیل سفرهای بسیار و فعالیت‌های سیاسی و مسلحانه‌اش سعی می‌کرد جزئیات زیادی از زندگی خصوصی‌اش مطرح نشود شاید به همین خاطر خبر ازدواجش با سها تاویل که دختری فلسطینی و سنش حدودا نصف سن ابو عمار بود حدود 15 ماه مخفی‌نگه داشته شده بود. عرفات یک دختر دارد که هم نام مادرش است.
او شخصیتی چند وجهی در بین اعراب و حتی در دنیا دارد. برخی او را مبارزی خستگی‌ناپذیر می‌دانند و برخی معتقدند در بعضی مراحل و دوران رفتارها‌یی داشته و کارهایی کرده است که به نفع فلسطین و مردم فلسطین نبوده است.
گفته می‌شود آخرین بیماری و مشکلات مربوط به سلامتی‌اش 20 اکتبر با درد معده آغاز شد . البته اولین گزارش بیماری و درمان عرفات 25 اکتبر مطرح شد و سخنگویش خبر از ابتلای او به آنفلونزا داد.
بعد از معاینه او توسط تیم‌های پزشکی از تونس، اردن و مصر و توافق رژیم اشغالگر برای جلوگیری نکردن از بازگشت او ، با جت دولت فرانسه در تاریخ 29 اکتبر به پاریس رفت تا درمان شود.
سوم نوامبر او به کما رفت. برخی می‌گفتند او دچار مغز مرگی شده اما پزشک اردنی عرفات و مسئولان فلسطینی این موضوع را انکار کردند.
عرفات در سن 75 سالگی درگذشت و دلیل اصلی بیماری و مرگ او هنوز مشخص نیست.
آزمایش‌هایی که توسط موسسه فیزیک دانشگاه لوزان در سوئیس به‌عنوان بخشی از تحقیق 9 ماهه درخصوص دلیل مرگ او انجام شده سم پلونیوم را که یک عنصر کمیاب و با درصد رادیواکتیو بالاست در وسایل شخصی متعلق به یاسر عرفات شناسایی کرده است.
