قم زادگاه پسرش بود. مأمور ثبت احوال به پدر گفته بود شناسنامه پسرش را از جایی دوردست بگیرد تا شاید از سربازی معافش کنند. این شد که زادگاه سیدعلی اکبر ابوترابی در شناسنامه‌اش به نام روستای دورافتاده «تاقیان» از توابع محلات صادر شد. بعدها خودش گفته بود که شناسنامه ما را از آنجا گرفتند که سربازی نبرندمان، غافل از اینکه تقدیر الهی هر چه باشد، همان پیش خواهد آمد و من به جای دو سال خدمت اجباری توفیق خدمت ده ساله پیدا کردم و کسی هم از احوالاتم باخبر نبود. سید علی‌اکبر ابوترابی، فرزند آیت‌الله حاج سیدعباس ابوترابی بود. جد والدش آیت‌الله سیدابوتراب مجتهد قزوینی و جد والده‌اش آیت‌الله سیدمحمدباقر علوی قزوینی بود که هر کدام در علم و فضیلت زبانزد خاص و عام بودند.
پس از پیروزی انقلاب اسلامی و آغاز جنگ تحمیلی به گروه دکتر چمران در ستاد جنگ‌های نامنظم پیوست و به سازماندهی نیروهای مردمی پرداخت. شهید چمران در موردش اینگونه گفته بود: «من شهادت می‌دهم که سخت‌ترین مأموریت‌ها را عاشقانه می‌پذیرفت و هر چه وظیفه او خطرناک‌تر می‌شد خوشحال‌تر و راضی‌تر به‌نظر می‌رسید. من شهادت می‌دهم که سیدعلی‌اکبر ابوترابی عالی‌ترین نمونه پاکی، تقوا، عشق، محبت، شجاعت و فداکاری بود».
سرانجام سیددر روز 26آذر 59در یکی از مأموریت‌های شناسایی عملیات ستاد جنگ‌های نامنظم به اسارت نیروهای عراقی درآمد. بعد از این واقعه خبر خاصی مبنی بر زنده ماندن ایشان در دست نبود و رسماً اعلام شد که حجت‌الاسلام سیدعلی اکبر ابوترابی به شهادت رسیده‌اند. به‌همین منظور مجلس ختم و بزرگداشت برایش گرفتند. در قزوین عزای عمومی اعلام و پیام تسلیت حضرت امام(ره) در مجلس شورای اسلامی قرائت شد. دولت عراق از این طریق متوجه شد که ایشان از روحانیون سرشناس ایران هستند.
سید از روزهای سخت اسارت اینگونه می‌گوید: «به نیروهای عراقی گفتم من یک شاگرد بزازم. ما در روستای مجاور شما بودیم. یک شب بیشتر هم در جبهه نبوده‌ام و هیچ اطلاعی از وضعیت منطقه ندارم. آنها با شدت بیشتری با من برخورد کردند و تهدید کردند که اگر صحبت نکنم، سرم را با میخ سوراخ می‌کنند. آن شب، به وعده خودشان عمل کردند. آخر شب یک سرهنگ آمد برای بازجویی و وقتی جواب‌های اولم را دوباره شنید، میخی را روی سرم گذاشت و با سنگ بزرگی روی آن زد. تا صبح، هیچ جای سالمی روی سرم پیدا نمی‌شد. همه جایش شکسته بود و خون آلود. روز بعد من را به پشت جبهه فرستادند.
شب نوزدهم اسارت، درحالی‌که در سلول‌های وزارت دفاع بودم، افسر بازجویی مرا صدا کرد و از اسم و شغلم پرسید. گفتم: ابوترابی، شاگرد بزاز. لبخندی زد و رفت. فردا صبح ساعت هفت مرا برای بازجویی بردند. در اتاق یک سرگرد عراقی نشسته بود. گفت: اسم من سیدمصطفی است و تو را می‌شناسم و بعد تمام مشخصات من را داد و گفت: تو رئیس مجلس شورای اسلامی هستی! متوجه شدم که او رئیس شورای شهر را با سمتی که اسم می‌برد اشتباه گرفته است. این موضوع را به او گفتم، قبول نکرد. از اتاق بیرون رفت و دقایقی بعد که برگشت، حرفم را قبول کرد. دیگر خودم را آماده اعدام شدن کرده بودم اما بعد از 15روز دوباره مرا به وزارت دفاع برگرداندند و ژنرالی آمد و با من صحبت کرد. گفت: دولت ایران اعلام کرده تو کشته شده‌ای و حتی بنی صدر رئیس‌جمهورتان به قزوین رفته و در مراسم ختم تو شرکت کرده. مسئولان عراق هم می‌خواستند تو را بکشند اما از آنجا که تو سیدهستی و نسلت به‌خودمان برمی‌گردد، من مخالفت کردم».
به این ترتیب او را 12ماه در زندان زیر شکنجه نگه داشتند و بعد از آن به‌عنوان معاون سرگرد کاشانی فرمانده اردوگاه، وارد جمع اسرای اردوگاه عنبر شد. اسرای ایرانی از او اینگونه یاد می‌کنند: «شأن روحانی بودن به خوبی در اعمال و رفتارش نمایان بود. با همه قدم می‌زد و به درددل‌های همه گوش می‌داد. گاهی هم در آن محوطه کوچک با بچه‌ها فوتبال بازی می‌کرد تا همه را به تحرک و ورزش دعوت کند.
ورود حاج آقا ابوترابی به اردوگاه موصل، لطف خدا بود به اسرای آنجا. با ورودش به اردوگاه روزنه‌ای از امید در دل‌ها باز شد. گرفتاری‌های اردوگاه موصل همه را کلافه کرده بود. اختلاف میان اسرا باعث دو دستگی شده بود. چهارماه عده‌ای از اسرا در آسایشگاهی محبوس بودند؛ به‌دلیل اینکه برای عراقی‌ها بلوک سیمانی نزده بودند. سید با رویی گشاده و رفتاری فروتنانه و تحملی وصف‌ناپذیر وارد میدان شد تا گره‌ها را باز کند. اینطور هم شد. او در سه روز اول ورودش وارد مذاکره با اسرای ایرانی و مسئولان عراقی شد. اسرای گرفتار حبس را آزاد کرد و با راهنمایی‌ها و چاره‌اندیشی‌های حکیمانه و مدبرانه‌اش به‌تدریج نشاط و شادابی را به اردوگاه باز‌گرداند، کدورت‌ها را مرتفع و فضایی سالم را برای تبلیغ و آموزش اسرای ایرانی آماده کرد. پاسخ به شبهات، برگزاری سخنرانی‌های علمی، تعیین خط‌مشی اسارت و ملاقات از اسرای دردمند و گرفتار و... کارهایی بود که صادقانه و با اخلاص انجامشان می‌داد».
وقتی اردوگاه موصل سه قدیم در سال 1361تشکیل شد، بیش از 750نفر از اسرای قدیمی ازجمله حاج آقا ابوترابی را به آنجا بردند تا بهتر بتوانند آنها را زیرنظر داشته باشند. در مدت حضور او در این اردوگاه، آنجا به جامعه‌ای سالم، فعال، فرهنگی و معنوی تبدیل شد. رهبری شایسته اسرا، اردوگاه را به نظم و ساماندهی مورد رضایت همه رسانده بود.
بالاخره در سال 1362حاج آقا را همراه با یک جمع 150نفری به اردوگاه رمادیه7 فرستادند و بعد از یک‌ماه و نیم او را به اردوگاه موصل یک قدیم منتقل کردند. بعد از تأسیس اردوگاهی در بیابان‌های صلاح الدین به نام تکریت پنج، از هر اردوگاهی 10تا 15نفر را انتخاب و به آنجا فرستادند که حاج آقا ابوترابی هم در این جمع انتخابی از اردوگاه موصل، به این اردوگاه انتقال پیدا کرد. پس از آن در سال68 ایشان را به اردوگاه صلاح الدین فرستادند. عراقی‌ها بارها او را از اردوگاهی به اردوگاه دیگر یا به بغداد برای بازجویی می‌بردند. او همچنان استوار و مقاوم راه پرمشقت اسارت را به‌طور اصولی طی کرد و مشعل راه اسرا شد. به‌طور کل اردوگاه‌های عنبر، موصل یک،دو،سه وچهار، رمادیه‌دو، تکریت پنج،17و 18شاهد خوبی‌ها و تلاش‌های خستگی‌ناپذیر آن عارف حکیم بودند.
حجت‌الاسلام ابوترابی یکی از خاطرات شیرین و فراموش نشدنی اسارتش را اینگونه تعریف می‌کند: «دشمن بعثی در روزهای پایانی اسارت، یکی از برادران اسیرمان که از اهالی تهران و جوان متعهد و شایسته‌ای بود را در اردوگاه 18تکریت به شهادت رسانده بود. ما را به همان اردوگاه بردند. همه برادران اسیر ما در آن اردوگاه در مقابل عراقی‌ها شعار می‌دادند و از آن برادر شهید به عظمت یاد می‌کردند و فریاد می‌زدند و با مشت‌های گره کرده می‌گفتند: راهت ادامه دارد. تعداد زیادی از مأموران عراقی در پشت سیم خاردارها به زانو آماده شلیک بودند. من خودم با چشم‌ام دیدم و با گوشم شنیدم که افسران بعثی که پشت سر سربازان به زانو نشسته راه می‌رفتند، می‌گفتند: دست روی ماشه نبرید! حق تیراندازی ندارید. اینها از کشته‌شدن در راه هدفشان استقبال می‌کنند و کشته‌شدن را افتخار می‌دانند».
اسرای ایرانی ابوترابی را هدیه‌ای الهی برای خود می‌دانستند. او با رهبری حکیمانه خود و با تمسک به ائمه اطهار(ع) با معنویت، سعه‌صدر، حلم و بردباری فوق‌العاده مکر و حیله دشمن بعثی را بی‌تأثیر کرد و شمع محفل اسرای ایرانی شد و برای تقویت روحیه ایمان و مقاومت آنها از هیچ اقدام خداپسندانه‌ای دریغ نکرد.
سرانجام او پس از 10سال اسارت با سربلندی و عزت به آغوش میهن اسلامی بازگشت و مورد استقبال باشکوه مردم قرار گرفت. پس از آزادی حتی یک‌بار هم به استراحت و آسایش فکر نکرد. او راهی دشوارتر را انتخاب کرد؛ همراهی آزادگان و پیگیری مشکلات زندگی آنها بعد از اسارت. ایشان با حکم مقام معظم رهبری در جایگاه نماینده ولی فقیه در امور آزادگان قرار گرفت و تمام سعی خود را به‌کار گرفت تا آزادگان مایه عزت و تقویت نظام جمهوری اسلامی باشند. در دوره چهارم و پنجم مجلس شورای اسلامی به‌عنوان نفر دوم و سوم به مجلس راه یافت. هرگز به زندگی شخصی خودش فکر نکرد. همسر صبور و فرزندانش تحت‌تأثیر اخلاق و منش آن معلم بزرگ نه‌تنها از فعالیت‌های شبانه‌روزی او شکایتی نمی‌کردند بلکه سعی داشتند خود را همراه و یاور برای او بدانند.
سرانجام آن مجاهد خستگی ناپذیر در تاریخ دوازدهم خرداد 79درحالی‌که به همراه پدربزرگوارش آیت‌الله حاج‌سیدعباس ابوترابی عازم مشهد مقدس و زیارت امام رضا(ع) بودند در جاده سبزوار-نیشابور تصادف کرده و به لقاءالله پیوستند. پیکر مبارک او و پدرش در حرم مطهر حضرت علی بن موسی‌الرضا(ع) به خاک سپرده شد.
سخنرانی در جمع اسرا
سیدعلی‌اکبر ابوترابی در یکی از سخنرانی‌هایش در جمع اسرا چنین گفته است: گرچه روزگاری دراز، رهی پرمحنت و رنج‌‌آور را پشت سر نهادید که هر لحظه و روزش حامل حوادثی جانکاه بود؛ ولی هرچه بود، گذشت.تنها خوشوقتی ما از آن بود و هست که حق بودید و حق با شما بود و این تلخی‌ها و مرارت‌ها را سودی پر بار به همراه خواهد بود. امید است در آینده‌ای نزدیک با بازگشت سرافرازانه به وطن عزیز و لمس واقعیت‌های بیشتر از نزدیک، به آرامش و اطمینان کامل قلبی دست یابید که مقدمة همه پیروزی‌ها و موفقیت‌هاست و در نتیجه، با ایمانی کامل به مکتب و راهتان، همانگونه که در پاکسازی وطن، افتخار آفریدید، در آینده نیز پیشتاز هموطنان غیور و خدوم و متعهد خویش، در بازسازی و خدمت باشید؛ چرا که شما خدمتگزاران ملتید و یاری‌‌کنندگان این امت و در واقع قربانیان این راه هستید که هر زمان و در هر شرایط که نیاز افتد، پروانه‌وار در اطراف شمع فروزان ولایت به پرواز درآمده و پیرامون اشعه پرفروغش، پس از تشخیص هدف و گرفتن وظیفه، عاشقانه خواهید تاخت و بی‌صبرانه پیش خواهید رفت و تا رسیدن به هدف، باز نخواهید گشت.شما را در پیشگاه خدا و این امت همین بس که به این افتخار و به این عزت و شرف در خدمت و فداکاری دست یافتید. امام و این امت را همین سرمایه گران کافی است که بعد از خدا، یاری چون شما دارند. درنهایت این راه را پایانی جز این نخواهد بود که شما کامیاب و رستگار و امام و این امت و ملت، پیروز و سرافراز و همه، از عمری با عزت و زندگی شرافتمندانه بهره‌مند شده و نام اسلام و ایران به اوج خود رسیده و بی‌پناهان را پناهی خواهید بود.
برای رسیدن به این هدف و دست‌‌یافتن بدین آرمان مقدس، شما را توجه به این نکته لازم است که اگر سلاح سازمانی دیروز شما اسلحه بود، سلاح سازمانی امروز و فردای شما در بازسازی و خدمت، به یقین، اخلاق شماست و در اسارت این واقعیت را دیدیم و دیدند.
امید است شما عزیزان که در اسارت در تلخ‌ترین شرایط زندگی، پایبندی خود را به اصول اخلاقی حفظ کردید، فردای آزادی در خاک پاک ایران عزیز، زیر سایة اسلام و در خدمت هموطنان شرافتمند خویش، از متعهدترین فرزندان این امت و از وفادارترین یاران امام به اصول اخلاقی باشید و در محیطی سرشار از صلح و صفا، سازندة ایرانی باشید پرشکوه و اگر دیروز در رزم‌‌آوری افتخار آفریدید، فردا در بازسازی و خدمت با اخلاق حسنه، سرآمد جهانیان باشید و ملت را مایه فخر و مباهات و مسلمین را مایة عزت.
