دوره دبیرستان را در دبیرستان رهنما در خیابان فرهنگ به پایان رساند، چون پدرش تاجر و بازاری بود،ه به ناچار در کنار پدر به کار بازار پرداخت. در کنار کار در نزد پدر به مطالعه آزاد در متون کهن ادبی همانند آثار عطار نیشابوری و مثنوی مولانا پرداخت. مدتی بعد به خواندن برخی متون دشوارتر فلسفی و عرفانی و کلامی همانند شرح مثنوی اسرار حاج ملاهادی سبزواری علاقه‌مند شد.
ملاقات تصادفی او با سید ابوالفضل کمالی سبزواری، واعظ شهیر شهر او را به سمت درس جامع‌المقدمات کشاند که نزد او مقدمات کار را فرا گرفت.
علاقه‌مندی او به مطالعه قرآن کریم و آثار ملاصدرا ، به خصوص تفاسیرش بر قرآن کریم او را به سمت دیگر آثار ملاصدرا هم کشاند.
این مطالعات او را به سمت استادانی چون مرحوم «شیخ ابوالحسن شعرانی» و «سیدابوالحسن رفیعی قزوینی» و «شهید مطهری» سوق داد و سبب شد تا او تلمذ نزد این اساتید و درس گیری در فلسفه و کلام اسلامی را با جدیتی افزونتر دنبال کند که از جمله آنها درک محضر رفیعی قزوینی در منزلشان در هفت سال پیاپی بود.
تصحیح کتاب «اسرارالایات ملاصدرا» و نگارش مقدمه عربی بر آن در حدود سال 1348 را به دستور و تشویق علامه شعرانی انجام داد.
مرحوم خواجوی تفسیر صدرالمتألهین را به تشویق علامه رفیعی قزوینی تصحیح کرد و جلد اول آن را در سال 1352 به چاپ رسانید.
درک محضر علامه محمدحسین طباطبایی و آموختن تفسیر قرآن و درک آموزه‌های استاد جلال‌الدین آشتیانی و محمدعلی حکیم شیرازی از دیگر توفیق‌های محمد خواجوی به شمار می‌آید.
دکتر محمد خواجوی سپس به رشت رفت و گوشه‌گیری اختیار کرد و به ترجمه و تصحیح متون کهن سه بزرگ عرصه عرفان و فلسفه روی آورد. آثار صدرالدین قونوی،ابن عربی و ملاصدرای شیرازی.
عمده آثار او از سوی انتشارات مولی به بازار کتاب عرضه شده است، از جمله ترجمه‌ای متفاوت از قرآن که با نام قرآن حکیم در سال‌های اولیه دهه هفتاد متشر شد.
کارنامه او مشحون از تصحیح، ترجمه و تالیف است که می‌توان به تصحیح و ترجمه کتاب مصباح الانس، ترجمه فصوص الحکم ابن عربی، ترجمه فتوحات ابن‌عربی، در 17 جلد، تالیف کتاب لوامع‌العارفین، تالیف کتاب دو صدرالدین و... اشاره کرد.
کتاب «ریشه‌های هویتی تشیع و عرفان حکیم ترمذی، سهروردی، ابن‌عربی، مولوی، علاءالدوله سمنانی، درس مقامات معنوی مجموعه مقالات محمد خواجوی را دربرمی‌گیرد. این اثر از 20 مقاله درباره ریشه‌های هویتی تشیع و عرفان تشکیل شده است، که می‌توان به وحدت وجود، حرکت جوهری، بحثی در زمان ولازمان، انسان کامل ازلی و جهان دائم ابدی، آموزه‌های مولانا برای انسان معاصر، در شخصیت حکیم ترمذی، وجود اقطاب و افراد وجود در کشف ابن‌عربی، عقل و روح در فلسفه اسلامی، وحدت از دیدگاه عارفان و شاعران اشاره کرد.
محمد خواجوی روز نهم آذر ماه سال 1391 در رشت درگذشت و در همان شهر به خاک سپرده شد.
