جامعه باستان‌شناسی ایران که پیش از این، پس از انتشار گزارش‌ها و عکس‌هایی از مراحل ساماندهی طاق بستان، بیانیه‌ای را منتشر کرده بود، این‌بار با جمع‌بندی مباحث و ارزیابی برنامه حفاظتی و ثبت جهانی طاق‌بستان با ابراز امیدواری نسبت به ثبت جهانی این اثر، استفاده از روش‌های خطرآفرین را مورد تأیید قرار نداده و خواستار دقت نظر کارشناسان در مواجهه با آثار ارزشمندی چون طاق‌بستان شدند. به گزارش خبرگزاری میراث فرهنگی طاق‌بستان چندی پیش دچار تغییر و تحول شد. بستر بتونی و سیمانی آن‌که در دوره پهلوی ایجاد شده بود برداشته شد و شمایل اثر به شکل اصلی خود بازگشت. اما استفاده از ادوات و ماشین‌های سنگین راهسازی در ساماندهی این پروژه ابهاماتی را به‌وجود آورد که جامعه باستان‌شناسی ایران را بر آن داشت تا طی بیانیه‌ای اعتراض خود را اعلام کند. اکنون با پیشرفت پروژه، جامعه باستان‌شناسی ایران بیانیه دیگری را منتشر کرده که در آن به جمع‌بندی مباحث و ارزیابی برنامه حفاظتی و ثبت جهانی طاق‌بستان پرداخته است.
در بخشی از بیانیه جامعه باستان‌شناسی کشور آمده‌است: جامعه باستان‌شناسی ایران بر این باور است که از به‌کار بردن روش‌هایی که احتمال خطر در آنها بالاست، به‌ویژه در محوطه‌های یگانه‌ای چون طاق‌بستان، به‌طور اکید باید اجتناب شود. بالا بودن احتمال خطر بر اثر به کارگیری این‌روش‌ها، هرگونه سودمندی و مزایای احتمالی (و البته ثابت نشده) آنها را زیر سؤال می‌برد. بنابراین حتی اگر پس از پایان کار و به‌طور ظاهری آسیبی به یک اثر تاریخی وارد نشده باشد، نفس بهکارگیری روش‌های خطرآفرین به‌هیچ وجه مورد تأیید جامعه باستان‌شناسی ایران نیست.
در بخش دیگری از این بیانیه با تأکید بر آسیب‌های احتمالی در استفاده از روش‌های خطرآفرین آمده است: آسیب‌هایی که ممکن است با بهکارگیری چنین روش‌های نامناسبی متوجه آثار تاریخی شوند دو دسته هستند: دسته نخست آسیب‌های زودهنگام که بسیار جدی هستند و به سرعت نمایان می‌شوند، مانند فروریختن بنا یا فرو شکافتن ناگهانی سنگ‌نگاره‌ها؛ دسته دوم، آسیب‌های دیرهنگام که نمایان شدن آنها ممکن است با گذشتِ زمان مشخص شود، مانند ایجاد ترک‌ها و شکاف‌های کوچک‌تر، عمیق‌تر شدن یا گسترده‌تر شدن ترک‌های موجود، ایجاد تزلزل در بنیان سنگ‌‌ها و صخره‌ها و آسیب‌های دیگری از این دست. جامعه باستان‌شناسی ایران افزوده است: درخصوص طاق‌بستان گرچه خوشبختانه با آسیب‌هایی از نوع نخست روبه‌رو نبوده‌ایم اما مشخص نیست انجام عملیات سنگین ساختمانی با استفاده از ابزارها و ماشین‌آلات غیرمتعارف چه تأثیری بر نقش‌برجسته‌ها، طاق‌ها و مجموعه عناصر این محوطه باستانی داشته است.
