این رودخانه که به سد لتیان می‌ریزد حدود 30درصد از آب شرب تهرانی‌ها را تأمین می‌کند. با وجود این، از یک‌سو، ساخت‌وسازهای بی‌رویه در محدوده این رودخانه که طی سه‌دهه اخیر آغاز شده و روز‌به‌روز برحجم آن افزوده می‌شود و از سوی دیگر، نبود نظارت جدی بر فعالیت‌های اماکن تفریحی واقع در حاشیه این رودخانه، سبب شده تا هر روز بر حجم فاضلاب‌ها و زباله‌هایی که از این آبراه حیاتی سر بیرون می‌آورد، افزوده شود. در این میان، مدت‌هاست که کارشناسان نسبت به تبعات ناگوار زیست‌محیطی این روند هشدار می‌دهند اما هنوز اقدام کارسازی برای رفع منابع آلاینده رودخانه جاجرود صورت نگرفته است. گلدیس شلتوکی، کارشناس محیط‌زیست، گزارشی در این‌باره تهیه کرده است که با دخل و تصرف در پی می‌آید.
فاضلاب اماکن تفریحی
به‌دلیل افزایش روزافزون جمعیت شهر تهران و افزایش نیاز شهروندان به مناطق تفرجگاهی، این رودخانه و اراضی اطراف آن به یکی از گردشگاه‌های مهم غرب تهران تبدیل شده و در حال حاضر تعداد زیادی رستوران، اغذیه‌سرا، هتل و اقامتگاه، مراکز مسکونی و ویلا و همچنین گردشگاه در حاشیه رودخانه جاجرود وجود دارد که در برخی موارد فاضلاب آنها به‌طور مستقیم به رودخانه جاجرود تخلیه می‌شود. به‌علت موقعیت گردشگری بسیار مناسب محدوده مطالعاتی در بالادست سد لتیان، خانه‌های ویلایی و تفریحی بسیار زیادی در منطقه احداث شده است و اهالی تهران به‌صورت فصلی و عمدتاً در فصول بهار و تابستان در این اماکن دیده می‌شوند. در حقیقت بخش زیادی از ویلاهای منطقه به‌عنوان خانه‌های ییلاقی مورد استفاده قرار می‌گیرند و در واقع این ویلاها ساکن دائمی ندارند. عمده مشکلات به‌وجود آمده ناشی از حضور گردشگران در منطقه رها کردن مقادیر زیادی زباله در منطقه توسط گردشگران است. افزایش محل‌های جمع‌آوری زباله، جمع‌آوری منظم زباله‌ها و اطلاع‌رسانی عمومی ازجمله اقداماتی است که باعث کاهش آلودگی‌های زیست‌محیطی به‌وجود آمده ناشی از حضور گردشگران در منطقه می‌شود.
ساخت‌وسازهای بی‌ضابطه
ساخت‌وسازهای بی‌رویه در حاشیه رودخانه که اغلب بدون منبع فاضلاب احداث می‌شوند یا در آنها از سیستم‌های استاندارد تصفیه فاضلاب استفاده نمی‌شود باعث می‌شود که فاضلاب این ساختمان‌ها به‌طور مستقیم و کنترل نشده‌ای به رودخانه جاجرود راه یابد که این موضوع سبب نگرانی اهالی و همچنین مسئولین ذی‌ربط در امر تأمین آب شرب شهر تهران شده است؛ به‌عبارت دیگر می‌توان گفت که مهم‌ترین منابع آلودگی رودخانه جاجرود را فاضلاب مناطق مسکونی حاشیه رودخانه، رستوران‌ها و همچنین زهاب اراضی کشاورزی و زائدات دامی تشکیل می‌دهد.
در منطقه جاجرود در برخی موارد منازل تنها دارای یک چاه برای دفع فاضلاب سرویس بهداشتی هستند و پساب‌های حاصل از آشپزخانه، حمام و شست‌وشوی حیاط به‌طور مستقیم وارد معابر شده یا از طریق لوله به رودخانه جاجرود منتقل می‌شود.
مشکل تخلیه فاضلاب حاصل از فعالیت‌های شست‌وشو، به‌ویژه در ارتباط با روستای زایگان و شهر میگون بسیار چشمگیر است به‌طوری که تقریباً هر کوچه دارای یک لوله خروجی پساب به رودخانه است. علاوه بر مناطق مسکونی متمرکز زایگان و میگون که در حاشیه رودخانه قرار دارند، تعدادی مناطق مسکونی پراکنده نیز در محدوده مطالعاتی وجود دارد که فاضلاب آنها مستقیماً با لوله به رودخانه جاجرود منتقل می‌شود.
ورود سموم کشاورزی به رودخانه
علاوه بر مناطق مسکونی، فاضلاب رستوران‌های موجود در منطقه نیز از عوامل تأثیرگذار بر کیفیت آب رودخانه جاجرود است. این رستوران‌ها به‌صورت دائمی فعالیت می‌کنند و آنهایی که در حاشیه رودخانه قرار دارند، عمدتا لوله‌هایی را برای تخلیه پساب حاصل از شست‌وشوی واحدهای خود به رودخانه، تعبیه کرده‌اند. تاکنون چندین بار اداره محیط‌زیست استان تهران اقدام به تعطیلی رستوران‌های فاقد سپتیک‌تانک در اطراف رودخانه جاجرود کرده و در حال حاضر اکثر رستوران‌ها ملزم به ساخت و نصب سپتیک تانک هستند. در حال حاضر تنها در مواردی مجوز احداث رستوران صادر می‌شود که برای دفع فاضلاب آن سپتیک تانک با ظرفیت مناسب تعبیه شده باشد. با این حال پساب حاصل از شست‌وشوی محوطه رستوران‌ها با لوله به‌طور مستقیم به رودخانه جاجرود منتقل می‌شود و در برخی موارد مشاهده شده است که رستوران‌ها تخت‌های پذیرایی از مشتریان را دقیقاً در حاشیه رودخانه قرار داده‌اند که این امر می‌تواند مشکلاتی را از لحاظ دفع زباله مشتریان به رودخانه به همراه داشته باشد. در این منطقه نیز مانند بسیاری از نقاط کشور میزان استفاده از سموم کشاورزی در روستاهای موجود در منطقه جاجرود پیرو ضابطه خاصی نیست و کشاورزان بی‌رویه از این سموم استفاده می‌کنند که این امر به آلودگی آب وخاک در منطقه دامن می‌زند. در برخی نقاط رودخانه جاجرود ازجمله روستای زایگان، نگهداری کودهای حیوانی و سایر زائدات دام‌ها در حاشیه رودخانه سبب ورود این مواد به رودخانه می‌شود.
