باتوجه به روند طولانی تصویب لایحه جامع، این توافق در مجمع تشخیص مصلحت نظام حاصل شد که لایحه مشروط بر اصلاحات مورد نظر ایثارگران توسط مجلس شورای اسلامی به تصویب برسد. مبنای اصلاح لایحه جامع، توافقات انجام شده در مجمع، لزوم به‌روزرسانی لایحه، تغییرات ساختاری در تشکیلات دولت و تصویب قوانین و مقرراتی است که از زمان ارجاع لایحه به مجمع به تصویب رسیده است. تغییرات لایحه شامل دو بخش شکلی و محتوایی است.
در بخش شکلی برخی از دستگاه‌های اجرایی که از آنان نام برده شده دیگر وجود خارجی ندارند و مشمول ادغام یا تفکیک وظایف شده‌اند. اغلب تغییرات موردنیاز در لایحه جامع از این نوع است. به طور مثال تشکیلاتی به نام سازمان مدیریت و برنامه‌ریزی کشور وجود ندارد لذا نهاد تاسیسی جایگزینی باید در متن لایحه گنجانده شود. اما در بخش محتوایی لایحه، مواد و تبصره‌هایی وجود دارد که با قوانین مصوب بعدی مغایرت دارد یا در توافقات انجام گرفته با نمایندگان مجلس باید اصلاح شود. عمده این اصلاحات به قرار زیر است:
الف- تبصره ماده(1) به شرح زیر اصلاح می‌شود: احراز مصادیق ایثارگری، تعیین درصد جانبازی، تشخیص از کارافتادگی و تعیین عائله تحت‌تکفل مشمولین این قانون در چارچوب قوانین نیروهای مسلح جمهوری اسلامی ایران براساس آیین‌نامه‌ای خواهد بود که توسط ستاد کل نیروهای مسلح با همکاری بنیاد شهید و امور ایثارگران و وزارت دفاع و پشتیبانی نیروهای مسلح تهیه و به تصویب فرماندهی معظم کل قوا می‌رسد. این اصلاح سبب می‌شود بنیاد شهید و امور ایثارگران به عنوان نهادی فرهنگی خدماتی به انجام وظایف قانونی خود بپردازد و دخل و تصرفی در تعیین مصادیق ایثارگری، تعیین درصد و... نداشته باشد و سیاستگذاری این امور به نیروهای مسلح سپرده شود.
ب- تبصره بند(و) ماده(1) به شرح زیر اصلاح می‌شود: برابر بند(ی) ماده(44) قانون برنامه پنجم توسعه، سند راهبردی خدمات‌رسانی به رزمندگان توسط ستاد کل نیروهای مسلح با همکاری وزارت دفاع و پشتیبانی نیروهای مسلح، بنیاد شهید و امور ایثارگران و معاونت برنامه‌ریزی و نظارت راهبردی رئیس جمهور تهیه و به تصویب هیأت وزیران می‌رسد. رزمندگان بخش مغفول ایثارگران هستند که متاسفانه در تصویب قوانین و مقررات مورد بی‌مهری قرارمی‌گیرند. با عنایت به اینکه قوانین متعددی به تصویب رسیده و دولت را مکلف به تهیه سند راهبردی خدمات‌رسانی به رزمندگان کرده است ولی رزمندگان همچنان در انتظار همت مسئولان هستند.
ج- تبصره‌ای به شرح زیر به بند (ز) ماده(1) اضافه می‌شود: اعضای خانواده جانبازان 70درصد و بالاتر (پدر، مادر، همسر، فرزند) از امتیازات و تسهیلات مقرر در این قانون همانند خانواده شاهد برخوردار خواهند بود. مقام معظم رهبری جانبازان 70درصد و بالاتر را که به هر نحو فوت کنند شهید محسوب کرده‌اند. شایسته است بهره‌مندی اعضای خانواده جانبازان 70درصد و بالاتر از قوانین خانواده شاهد قبل از فوت آنان تبدیل به قانون شود.
د- تبصره(2) ماده(39) حذف یا به شرح زیر اصلاح می‌شود: حقوق حالت اشتغال جانبازان و آزادگان ازکارافتاده کلی موضوع مواد(38) و (39) این قانون در صورت اشتغال در دستگاه‌های موضوع بند(الف) ماده(2) این قانون قطع نمی‌گردد. این تبصره با اغلب بندهای سیاست‌های کلی نظام در امور ترویج و تحکیم فرهنگ ایثار و جهاد و ساماندهی ایثارگران که در تاریخ 89.11.9 به تصویب مقام‌معظم رهبری رسیده است، مغایر است.
پیشنهاددهندگان این تبصره خواهان حذف ایثارگران از دستگاه‌های اجرایی کشور بودند که به دلیل حضور فعال ایثارگران و هوشیاری اعضای مجمع تشخیص مصلحت‌نظام به این هدف نرسیدند. مضافا قوانین بعدی مصوب مانند بند(و) ماده (28) و بند (ب) ماده(65) قانون برنامه پنجم توسعه با این تبصره مغایر می‌باشد.
هـ - تبصره(2) ماده(51) حذف می‌شود: در این تبصره جانبازان و آزادگان ازکارافتاده کلی از دریافت فوق‌العاده ایثارگری محروم شده‌اند. وقتی اجزای این لایحه به دقت مورد بررسی قرار می‌گیرد در بخش‌هایی از آن ضدیت با جانبازان و آزادگان ازکارافتاده کلی مشهود است. بانیان این تبصره‌ها در لایحه جامع به دنبال چه اهدافی بوده‌اند، مشخص نیست. تبصره‌هایی که با روح قانون اساسی، مصوبات بعدی مجلس و سیاست‌های کلی نظام در قبال ایثارگران مغایر است.
ز- از ابتدای تبصره ماده(67) عبارت «تعیین رشته‌های تحصیلی مورد نیاز، نوع، میزان و» حذف می‌شود.عده‌ای براین باور بودند که باید رشته‌های تحصیلی ایثارگران و فرزندان آنان را خود تعیین کنند و میزان دخالت را به آنجا رسانده بودند که گویا ایثارگران خود توانایی این کار را ندارند و باید به جای آنان تصمیم بگیرند.
این موضوع با مخالفت شدید ایثارگران مواجه شد. این بخش از تغییرات در لایحه که مورد اتفاق ایثارگران است و مجلس باید به آنها اعتنا کند با مصوبات بعدی مجلس درباره ایثارگران هماهنگی دارد و این خواسته به مرور مورد توجه نمایندگان در مصوبات بعدی قرار گرفته است لذا تصمیم مجلس در اصلاح لایحه هماهنگ با مصوبات بعدی خود است. بخش دیگری از اصلاحات در تغایر با مصوبات بعدی مجلس است که طبیعی است مجلس خود نسبت به اصلاح آنها اقدام خواهد کرد.
