علاوه بر این راه‌آهن تحول اقتصادی عظیمی در منطقه شمال‌شرق کشور به‌وجود می‌آورد. در سفرهای استانی دولت نهم و دهم این طرح مورد بررسی قرار گرفت و هربار وعده‌ای جدید برای تصویب و عملیاتی شدن این خط آهن داده‌‌شد تا اینکه در سال88 پروژه دارای ردیف بودجه شد. با وجود این نخستین و البته مهم‌ترین مشکل بر سر راه اجرا قرار گرفت و آن هم چیزی نبود جز کمبود منابع مالی و واگذار نشدن اعتبارات. سرانجام قرار شد 85درصد پروژه از طریق فاینانس چینی صورت گیرد و 15درصد اعتبار را دولت بپردازد. همزمان قرارگاه خاتم‌الانبیا 20کیلومتر از 580کیلومتر این پروژه را در دست گرفت، اما پس از آن شرکت عمران آستان قدس برای اجرای کل پروژه اعلام آمادگی کرد. بنا شد که دولت به‌ازای سهم 15درصدی خود 49درصد از سهام شرکت را در اختیار شرکت عمران آستان قدس قرار دهد. پس ازآن درخصوص میزان تعلق پروژه به شرکت عمران آستان قدس کش و قوس‌هایی به‌وجود آمد تا با شروع به‌کار دولت جدید، چیت‌چیان، وزیر نیرو با این واگذاری مخالفت کرد و پروژه عملا بلاتکلیف شد. به گفته وزیر نیرو برای 15درصد تأمین مالی بخش ایرانی، قرار بود بخشی از نیروگاه‌ها و اموال بیت‌المال در وزارت نیرو به ارزش 600میلیارد تومان به پیمانکار واگذار شود اما در حقیقت بخشی از بیت‌المال به ارزش 12هزار و 600میلیارد تومان برای واگذاری به پیمانکار این پروژه تخصیص پیدا کرده بود.
حالا هم بیش از یک‌ماه است که نمایندگان 2 استان خراسان‌شمالی و گلستان در مجلس شورای اسلامی راجع به راه‌آهن گرگان - بجنورد - مشهد اظهارنظرهای متفاوتی می‌کنند. در تاریخ 13شهریور موسی الرضا ثروتی، نماینده مردم بجنورد، مانه و سملقان اعلام کرد که مصوبه ساخت راه‌آهن بجنورد به مشهد لغو شده و چنانچه مشکل حل نشود، استیضاح وزیر مربوطه را در دستور کار خود قرار می‌دهد. در اول مهرماه اما همین نماینده عنوان کرد که سازمان خصوصی‌سازی با تأمین 6هزار میلیارد ریال معادل 144میلیون یورو برای اجرای این طرح موافقت کرده است و این مصوبه در دست پیگیری قرار دارد. با وجود این نماینده مردم گرگان و آق‌قلا شنبه هفته گذشته یعنی 13مهرماه مطرح کرد راه‌آهن گرگان - بجنورد - مشهد در بلاتکلیفی قرار دارد. عیسی امامی گفت: استفاده از فاینانس خارجی مستلزم تضمین دولت است و لازمه تضمین دولت، قرارداد کامل پروژه و اتمام آن خواهد بود.
نماینده مردم بجنورد، مانه و سملقان در مجلس شورای اسلامی در رابطه با آخرین وضعیت این پروژه به خبرنگار همشهری گفت: بعد از اینکه پروژه به شرکت مهاب قدس واگذار شد، دولت یازدهم در دومین جلسه خود پس از تشکیل این واگذاری را منحل کرد و پروژه بلاتکلیف شد. قاسم جعفری با اعلام اینکه به‌هر حال دولت حساب و کتاب خود را بابت اختلاف مبلغ 600میلیارد تومان تا 12هزارو 600میلیارد تومان دارد، افزود: مجامع نمایندگان استان‌های مربوطه نامه‌های مختلفی به وزارت راه و شهرسازی نوشتند و در این نامه‌ها عنوان شده که دولت هرچه سریع‌تر مبلغ اولیه 600 میلیارد تومان را برای اجرا تأمین کند زیرا در استانی مثل خراسان‌شمالی حتی یک‌متر خط ریلی هم وجود ندارد. وی با بیان اینکه این خط آهن در واقع باعث می‌شود که بیش از 6استان از طریق خطوط ریلی به هم ارتباط پیدا کنند، اظهار داشت: بهره‌برداری از راه‌آهن گرگان - بجنورد - مشهد باعث می‌شود تا زائران حرم رضوی از استان‌های اردبیل، گیلان، مازندران، گلستان و خراسان‌شمالی راحت‌تر به مشهد سفر کنند. وی اضافه کرد: به‌هرحال انتظار می‌رود هرچه سریع‌تر اعتبار لازم برای آغاز عملیات اجرایی پروژه تأمین شود.
صحبت‌های جعفری در حالی است که محمد رضا رئیسی مدیرعامل شرکت عمران و مسکن آستان قدس‌رضوی که پیمانکار اجرای بخشی از پروژه احداث راه‌آهن مشهد - گرگان است، اعلام کرده شرکت مهاب قدس هیچ ارتباط و نقشی در پروژه احداث خط آهن مشهد - گرگان ندارد. در عین حال نماینده مردم گرگان و آق‌قلا در مجلس به خبرنگار همشهری گفت: بلاتکلیفی پروژه به یکپارچه نبودن قرارداد بسته شده برمی‌گردد و وزیر راه و شهرسازی وقت دولت پیشین این موضوع را مدنظر قرار نداده است. عیسی امامی با اشاره به اینکه شورای اقتصاد هم اعلام کرده برای فاینانس خارجی باید قرارداد یکپارچه بسته می‌شد نه اینکه تکه‌ای از آن مربوط به یک استان و یک شرکت و تکه‌ای دیگر مربوط به استان دیگر و شرکت دیگر، افزود: اگر هم قرار است از فاینانس چینی استفاده شود باید استفاده کامل باشد. وی ادامه داد: با این تفاسیر در بودجه سال92 آورده شده است که از طریق فروش اوراق مشارکت سهم دولت تأمین شود. وی در رابطه با سهم 15درصدی دولت و تصمیم وزیر نیرو نیز گفت: بحث 15درصدی کاملا قانونی است و رقم بیان شده از سوی وزیر نیرو یک اشتباه بوده که آقای آخوندی وزیر راه و شهرسازی این مسئله را اصلاح کرد و موضوع رفع شده است.
