جواد باباپیری، معاون سرپرست هیأت کاوش‌های باستان‌شناسی حوزه آبگیری سد کلان ملایر، خبر تعطیلی کاوش‌ها را به سایت اطلاع‌رسانی سازمان میراث فرهنگی و گردشگری (CHTN) اعلام کرد و گفت که در پیگیری‌های اولیه با سازمان آب استان همدان قراردادی به مبلغ 50 میلیون تومان و اوایل خرداد ماه 1386 نیز قرار داد دیگری به مبلغ 280 میلیون تومان بسته شد، اما به‌خاطر تامین نشدن بودجه لازم برای ادامه کار، از اول مرداد ماه کاوش در این منطقه متوقف شد.
او گفت: «از ابتدای اردیبهشت ماه 86 این گروه کاوش، یک ریال هم پول نگرفته است.»
"حسن رضوانی"، سرپرست کاوش‌های باستان‌شناسی پاتپه، 24 تیرماه سال 86، در گفت‌و‌گویی اعلام کرده بود که دست کم باید پنج تا شش ماه دیگر در این تپه باستانی فعالیت‌های نجات بخشی ادامه داشته باشد.
کاوش‌های باستان‌شناسی که تاکنون انجام شده نشان می‌دهد منطقه پاتپه در حوزه آبگیری سد تمدنی شش هزار ساله دارد. پاتپه که یکی از بخش‌های مهم کاوش باستان‌شناسی پشت سد کلان ملایر را شکل می‌دهد، 22 متر ارتفاع دارد و بزرگ‌ترین تپه‌ای است که تاکنون در آن علمیات نجات بخشی انجام شده است.
پس از آبگیری سد سیوند سازمان میراث فرهنگی و گردشگری اعلام کرد که برای جلوگیری از بروز اتفاقاتی مشابه، تفاهم‌نامه‌ای را با وزارت نیرو امضا می‌کند تا پیش از ساخت هر سدی کاوش‌های باستان‌شناسی در محوطه‌های آن انجام شود. اما به نظر می‌رسد این تفاهمات تاکنون اثری نداشته است.
دکتر «حسن فاضلی نشلی»، رئیس پژوهشکده باستان‌شناسی هم‌زمان با آبگیری سد سیوند به خبرنگاران گفت: «به جای اینکه نگران سیوند باشید، به سدهایی چون سد کلان ملایر فکر کنید که تمدنی بسیار عظیم‌تر را زیر آب می‌برند.»
طرح مطالعاتی ساخت سد مخزنی کلان ملایر روی رود کلان این شهر در سال 1379 آغاز شد. در آن سال شرکت آب منطقه‌ای همدان برای تامین 18 میلیون متر مکعب از آب آشامیدنی شهر ملایر و توسعه آبیاری در جنوب شهر ملایر ساخت این سد را در دستور کار قرار داد اما اجرای این طرح بدون هماهنگی با سازمان میراث فرهنگی بود.
تنها شش سال پس از آغاز عملیات اجرایی ساخت این سد (اسفند سال 1385) بود که مسئولان میراث فرهنگی به فکر کاوش در پشت این سد افتادند. آنها تفاهم‌نامه‌ای با وزارت نییرو در این زمینه امضا کردند و آبگیری سد را منوط کردند به پایان عملیات نجات‌بخشی آثار باستانی پشت سد.
سد کلان ملایر تا پایان سال 87 آبگیری می‌شود و محوطه‌های باستانی «تپه پاتپه»، «شط غیله» و قلعه‌ای منحصربفرد به جا مانده از دوران اسلامی برای همیشه زیر میلیون‌ها متر مکعب آب فرو می‌رود.
باستان‌شناسان حدس می‌زنند زیر این قلعه دوران اسلامی، بناهایی از دوران اشکانی به جای مانده باشد.
