همچنان که مستشرقین بی‌خبر از فَحوای شریعت اسلام، به صِرف غور در روایات موافق و ناموافق تاریخی، در شناسایی یک شخصیت اسلامی گام برمی دارند و در اغلب زمانها در نتیجه تحقیقات دامنه دار خود، تصویری تک بعدی از شخصیت مورد مطالعه شان را برای جهانیان عرضه می‌کنند و در نهایت، افق فکری مردمان هم عصر خود و نیز آیندگان را در داوریهای خویش پیرامون آن شخصیت، محدود می‌سازند.
بر این اساس و در یک دسته بندی کلی از حاصل تحقیقات صورت گرفته و در تحلیل و ترسیم سیمای تاریخی امام باقر(ع) می‌توان دستاوردهای حیات آن امام شریف را در ابعاد مختلف، این چنین ترسیم نمود:
1. استحکام بخشی به پایه‌های انقلاب فکری‌ای که از زمان زین العابدین(ع) و با در پیش گرفتن خط‌مشی تقیه شروع شده بود.
2. نقد اندیشه‌های انحرافی راه یافته در قلمرو عقاید مسلمانان بواسطه آغاز نهضت ترجمه از متون فلسفه یونان و دیگر بلاد غیرمسلمان و نیز گسترش اندیشه‌های تازه مسلمانان در متن جامعه اسلامی.
3. تقویت عقل علمی مردم و رهبری جامعه اسلامی به سوی باورهای ناب اسلامی.
4. گسترش فرهنگ فقهی با محوریت مبارزه با بکارگیری روش‌های نادرست در استنباط احکام شریعت.
5. تربیت دانشمندان متبحری که بعدها هر یک، استوانه علوم اسلامی به شمار می‌آمدند.
6. و در نهایت، ارائه الگوی عملی به جامعه اسلامی در زمینه عبادت، زهد، علم، حضور سازنده در اجتماع و....
با پیش گرفتن این طرز نگاه به سیره امام باقر(ع)، نکته حائز اهمیتی که وجود دارد این است که انقلاب فکری و به‌خصوص مبارزه با تحریف اندیشه‌های دینی که در اغلب موارد، دستاویز مهمی برای مبارزه با حکومت‌های درباری- که جز از راه تکیه بر دینِ انحرافی، حکومتشان پابرجا نمی‌ماند- قرار می‌گرفت، در حقیقت بریدن شاهرگ خلافت است. لذا انقلابی هم، که امام باقر(ع) پیرو امام پیش از خود پی‌گرفته بودند، مبارزه‌ای به ظاهر مکتبی و در اصل یک حرکت تشکیلاتی پنهان و قدرت نمایی بر ضد قدرت مسلّط بود، مثل همه قدرتمندانِ مبارز ولی در قالب نهضت پنهانی غیرنظامی.
پس مغز کلام این می‌شود که نمی‌بایست با تکیه بر تحلیل‌های ارائه شده از سوی پژوهشگران و مورخان سطحی نگر و نگاه تک بعدی به چهره حیاتی امام باقر (ع) آن حضرت را شخصیتی راکد و بی‌تفاوت نسبت به رخ دادهای اجتماعی و سیاسی روز، که در اندیشه اسلامی آمیخته با آموزه‌های دین است، ترسیم و به جهانیان ارائه کرد.
و حضرت این چنین شخصیتی بودند که سرانجام آفتاب وجودشان پس از 57 سال پرتو افکنی بر گستره تاریخ علم و اندیشه و فرهنگ تعالی بخش و سیاست کارآمد و تسخیر پایگاه فکری جامعه اسلامی و القای روح ظلم ستیزی در کالبد پیروان، سرانجام به زهر کین مخالفان تعالی و سعادت بشری، در روز دوشنبه 7 ذی الحجه سال 114 هـ.ق در افق مدینه افول کرد و در سرزمین بقیع آرام گرفت.
