اما باتوجه به اختیارات گسترده ساختارهای اجرایی، که ممکن است قوانین را براساس منافع و مقتضیات مصلحتی خود اجرا کنند، در عرصه اجرا با مشکل مواجه می‌شوند. بر این اساس عموما در نظام‌های حقوقی، نهادهای حقوقی تضمین‌کننده حقوق شهروندی را برای ایجاد پلی بین قوانین و ساختارهای اجرایی تعبیه می‌کنند. در رابطه با محتوای آنها می‌توان گفت که این نهادها قواعدی شکلی هستند و قابلیت اجرایی مستقیم دارند و درواقع حلقه ارتباطی بین شهروندان و ساختارهای حاکمیتی محسوب می‌شوند.
قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران، نهاد انتخابات و نهاد تفکیک قوا را2 نمونه از مهم‌ترین نهادهای تضمین حقوق شهروندی می‌داند. ذکر قاعده‌ای از قواعد مربوط به حقوق شهروندی در هیچ قانونی ازجمله قانون اساسی به خودی خود نمی‌تواند ضامن اجرای این حقوق باشد، بلکه ضروری است این قانون در چارچوب یک سیستم حقوقی با ساختارهای مختلف تضمین شود. مطالعات انجام شده بر روی قوانین بنیادین بعضی از کشورها نشان می‌دهد که نهادهای حقوقی تضمین‌کننده حقوق شهروندی آنها، با بافت اجتماعی و فرهنگی و نوع قدرت سیاسی در این کشورها کاملا متناسب است.
