بر اساس آنچه در لایحه بودجه دولت پیش‌بینی شده بود، نهادها و سازمانها از طریق وزارتخانهها بودجه‌شان را دریافت می‌‌کردند.لایحه بودجه دولت حکایت از آن داشت که تمامی سازمانها و نهادهایی که زیر نظر وزارتخانهها کار می‌‌کنند و در واقع تابع یک وزارتخانه هستند از این پس بودجه‌شان از طریق وزارتخانه مربوطه باید فرستاده می‌شد.
کمیته امداد نیز یکی از نهادهایی بود که بنا بر آنچه دولت خواسته بود بودجه‌اش را می‌بایست از طریق وزارت‌رفاه و تأمین اجتماعی میگرفت؛ اما مصوبه کمیسیون تلفیق لایحه بودجه سال آینده با این تصمیم دولت مخالفت کرد.
کمیسیون تلفیق بودجه 1387 در مخالفت با 39 ردیف موجود در لایحه بودجه فرستاده شده از سوی دولت تعداد این ردیف‌ها را به 270 ردیف رساند.46 عضو این کمیسیون با مطرح کردن این بحث که باید ردیف بودجه‌ای مستقل برای نهادها و سازمان‌‌هایی که دارای مصوبه قانونی برای فعالیت هستند در نظر گرفت با اختصاص بودجه سازمانها و نهادهای مستقل به وزارتخانهها مخالفت کردند.
به این ترتیب کمیته امداد نیز دارای ردیف بودجه‌ای مستقل شد.حمیدرضا حاجی بابایی، عضو کمیسیون تلفیق بودجه، در این‌باره گفت: به هر حال اعضای کمیسیون تلفیق معتقدند‌کمیته امداد مسئولیت خطیری را در 3 دهه گذشته بر عهده داشته‌است و دولت نیز همه ساله اعتبار مالی زیادی برای این نهاد در نظر گرفته است.
به گفته حاجی بابایی، با توجه به اینکه کمیته امداد از آن‌دسته نهادهایی است که برای فعالیتش مصوبه قانونی دارد، باید دارای ردیف بودجه‌ای جداگانه باشد.
عضو هیات رئیسه مجلس شورای اسلامی با اشاره به اینکه نظارت کافی بر عملکرد این نهاد انجام می‌شود، توضیح داد: با توجه به اینکه نظارت از سوی وزارت رفاه و تأمین اجتماعی انجام خواهد شد، به‌نظر نمی‌رسد ایجاد ردیف بودجه‌ای جداگانه اختلالی در این نظارت به وجود آورد.
او با اشاره به اینکه کمیسیون تلفیق به‌دلیل جلوگیری از جابه‌جایی ردیف بودجه توسط وزارتخانهها دست به این اقدام زده‌است گفت: درصورتی که بودجه نهادها و سازمانها در اختیار وزارتخانهها قرار میگرفت ممکن بود بر اساس تصمیم‌هایی که در وزارتخانه گرفته می‌شود ردیف بودجه سازمانها و نهادها جابه‌جا شده و به مصرف دیگری برسد به همین دلیل نمایندگان عضو کمیسیون تلفیق بودجه تصمیم گرفتند تا برای پیشگیری از رخدادهای احتمالی چنین روشی را تعیین کنند.
به گفته حاجی بابایی به این ترتیب بودجه این سازمانها و نهادها از تغییرات احتمالی وزارتخانهها در امان خواهد ماند.
اما در این شرایط معنای نظارت وزارت رفاه و تأمین اجتماعی بر فعالیت‌های کمیته امداد چه معنایی ممکن است به خود بگیرد؟
اگر نمایندگان مجلس شورای اسلامی به ویژه اعضای کمیسیون تلفیق بودجه 1387 نگران جابه‌جایی ردیف بودجه سازمانها از سوی وزارتخانه‌هایی هستند که باید بر فعالیت‌شان نظارت کنند،آیا این اقدام آنان به نوعی نظارت وزارتخانهها را کم‌رنگ و بی‌اثر نخواهد کرد؟درصورتیکه تمامی وزیران را نمایندگان دولت بدانیم، نظارت وزارتخانهها بر سازمانها و نهادها، به نوعی نظارت دولت بر این مراکز است، که به‌نظر نمی‌رسد چندان هم بی‌راه و نگران‌کننده باشد.
حتی درصورتیکه بپذیریم این نهادها و سازمانها برای فعالیت‌شان مصوبه قانونی داشته‌باشند، باز هم نمی‌توان آن‌ها را از نظارت دولت معاف دانست.
آنچه حاجی بابایی به‌عنوان مهم‌ترین دلیل برای این تصمیم اعضای کمیسیون تلفیق عنوان‌می‌کند به نوعی بیم از کم‌رنگ شدن نقش مجلس شورای اسلامی در برنامه‌ریزی بودجه‌ای کشور است.
او در لابه‌لای حرف‌هایش گفت: اگر ردیف بودجه‌ای مستقل برای برخی از سازمانها و نهادها در نظر گرفته شود به این ترتیب نمایندگان مجلس مطمئن هستند که بودجه به سازمان و نهاد خواهد رسید، اما در غیراین‌صورت تضمینی در این زمینه نخواهد بود.
این عضو هیات رئیسه مجلس با تکیه بر این استدلال توضیح داد: درصورت به وجود آمدن شرایط پیشین در واقع جایگاه مجلس به‌عنوان ناظر و تصویب‌کننده بودجه کم‌رنگ می‌شد.
یکی از مهم‌ترین بحث‌هایی که به هنگام تشکیل وزارت رفاه و تأمین اجتماعی مطرح بود، تعیین وضعیت کمیته امداد امام(ره) بود.
در همان روزها یکی از بزرگترین چالش‌های پیش آمده این بود که کمیته امداد به‌طور کامل زیر نظر وزارت رفاه به فعالیتش ادامه دهد، اما مخالفان این نظریه توانستند با حذف نظارت کامل از این نهاد باعث شوند تا کمیته امداد به فعالیت مستقلش ادامه دهد.
