مورد حمایت رژیم بعثی عراق در مناطق شمال غرب کشور، از او چهرهای پر تلاش در سالهای اولیه پیروزی انقلاب اسلامی در خاطره تاریخ بر جای گذاشته است.
دکتر مصطفی چمران، در همان هفته اولی که جنگ تحمیلی از سوی صدام، آغاز شد با حدود 30 نفر از مردانی که با وی در نبردهایی با حزب دمکرات در کردستان شرکت داشتند با قطار به اهواز آمد.
او ستاد عملیاتی خود را در دانشگاه اهواز تشکیل داد تا عملاً کار مقابله با تهاجم همه جانبه ارتش بعثی به سرزمینهای ایران را آغاز کند.
چمران قبلاً با دستور حضرت امام خمینی(رضوانالله تعالی علیه) به کردستان رفته بود و نقش مهمی را در انهدام گروههای مسلح وابسته به صدام، در آن دیار ایفا کرده بود و با شجاعتهای خود و سایر رزمندگان سلحشور، شهر پاوه را از محاصره دشمن نجات بخشیده بود.
او معتقد بود که اگر اعلامیه امام خمینی و درخواست ایشان از مردم و نیروهای مسلح برای حرکت به سوی شهر پاوه نبود، ما در پاوه شکست خورده بودیم.
او قدر انقلاب اسلامی و حاکم شدن مکتب اسلام را در ایران به خوبی درک میکرد، زیرا طعم تلخ نداشتن حکومت مردمی را در دوران حضور خود در لبنان چشیده بود و با چشم خود حملات ارتش اسرائیل را به مردم بیپناه فلسطین و شیعیان مظلوم لبنان دیده بود.
او از درد و رنج و سختی جبهه و جنگ استقبال میکرد و معتقد بود که « درد، دل آدمی را بیدار میکند، روح را صفا میدهد، غرور و خودخواهی را نابود میکند، نخوت و فراموشی را از بین میبرد و انسان را متوجه وجود خود میکند و ارزش هر انسانی به اندازه درد و رنجی است که در راه خدا تحمل کرده است.»
چمران بهتر از هرکسی معنی جنگ، اشغال، آوارگی، دشمن و مقاومت را میدانست. او قبلاً در صف مقدم جبهه علیه رژیم اسرائیل و در جریان جنایات غاصبان بیرحم سرزمین فلسطین، مفهوم این لغات را به خوبی درک کرده بود.
چمران پس از تحصیل رشته فیزیک هستهای تصمیم گرفت تا به قدس شریف برود و با اسرائیل بجنگد.او برای آزادی قدس، پا به خاک لبنان گذاشت و توانست در کنار امام موسی صدر قرار گیرد و به همراه ایشان جنبش حرکت محرومان لبنان را پایهگذاری کند.
چمران در این ایام با سفر به فلسطین و مصر توانست فنون جنگهای چریکی را فراگیرد تا در کنار مقاومت مردم لبنان باشد.
چمران همانند بسیاری دیگر از فرماندهان و برجستگان دفاع مقدس به این نتیجه رسیده بود که در مقابل برنامه وسیع دشمن، بایستی قدرت عظیم مردم را وارد صحنه نبرد کرد تا توازن قوا ایجاد شده و امکان غلبه بر دشمن فراهم آید.
لذا با آموزش افراد داوطلب، آنها را در گروههای کوچک چریکی سازماندهی کرده و به محورهایی که ارتش بعثی در حال پیشروی در آنها بود اعزام میکرد تا بتواند در کنار ارتش و سپاه و سایر رزمندگان، جلوی تهاجمات دشمن را گرفته و نگذارد شهرهای بزرگی چون اهواز و سوسنگرد به تصرف دشمن درآیند.
چمران در عین حال، انسانی یکپارچه صفا، محبت، صمیمیت و مهربانی بود. او اهل تظاهر و مطرح کردن خود نبود گرچه سخنان زیبایی میگفت و مطالب عارفانه جالبی مینوشت. دکتر چمران سعی میکرد آنچه را که میگوید و مینویسد در عمل خود پیاده کند.
او خود همیشه اسلحه بر دوش داشت و در خط مقدم جبهه حضور مییافت و با دشمن از نزدیک درگیر میشد.
چمران یک چریک واقعی بود و به خوبی نحوه جنگیدن با دشمن را تعلیم دیده بود وشیوه جنگ تن به تن را میدانست و معتقد بود که تنها با تکیه بر روشها و تاکتیکهای کلاسیک - که معمولاً ارتشهای منظم در نبردها به کار میبرند - نمیتوان با دشمنی که با قدرت انبوه آتش و با یگانهای زرهی و مکانیزه متعدد در دشتهای خوزستان برای اشغال سرزمین ایران با سرعت تمام میتازد، مقابله و او را متوقف کرد.
او به قدری در جنگیدن با دشمن مصمم بود که این روحیه و اطمینان به نفس را به همرزمانش تزریق میکرد.
او با این شیوه، روح سلحشوری را در بین دیگران میدمید، نگاه چمران به جنگ و جهاد، یک نگاه هنرمندانه بود.او خود، الگوی یک مجاهد هنرمند است.چمران به امام خمینی(رضوانالله تعالی علیه) عشق میورزید و او را با تمام وجود دوست میداشت.
امام هم به او علاقهمند بود. علاقه امام به وی را میتوان از نوشته ایشان در شهادت دکتر چمران دریافت.امام خمینی، چمران را «سردار پرافتخار اسلام»، «مجاهد بیدار و متعهد راه تعالی و پیوستن به ملأ اعلی»و «معلم متعهد» میدانستند.
برخی بزرگان مانند شهید آیتالله سید اسدالله مدنی(ره) چمران را مالک اشتر امام خمینی مینامیدند، زیرا او در اوایل شروع جنگ تحمیلی توانست باتمام قوای فکری و جسمی خود به مقابله با تجاوز بعثیان بپردازد.
چمران خدای بزرگ را که لذت معراج را بر روحش ارزانی داشت شکر میگذاشت و خود مصداق کسانی بود که خداوند آنها را دوست میدارد و میفرماید: انالله یحب الذین یقاتلون فی سبیله صفاً کانّهم بنیانٌ مَرصوص (سوره صف – آیه 4).
چمران میخواست همیشه مظهر فداکاری و شجاعت باشد و پرچم شهادت در راه خدا را به دوش خویش کشد.
او احساس میکرد که این دنیا دیگر جای او نیست و میخواست فقط با خدای خود تنها باشد و از خداوند بزرگ میخواست که او را در جوار رحمتش سکنی دهند و سرانجام نیز این چنین شد و او پس از گذشت حدود نه ماه از آغاز جنگ تحمیلی در جبهه جنوب و حین حضور در خط مقدم در دهلاویه و در 31 خرداد ماه سال 1360 به فوز عظیم شهادت نایل آمد و به آرزوی بزرگ خویش رسید.