از سوی دیگر امامت ایشان مقارن شده است با دوره اقتدار بی‌چون و چرای عباسیان که در خلافت کسانی چون منصور دوانقی (136-158ه.ق مهدی 158-169ه.ق) و هارون (170-193ه.ق) تجلی یافته است. از این‌رو امام خود را در تنگنای حفظ مدرسه پدر می‌دید که روزگاری در آن 4هزار دانشمند به مباحثه و تالیف و ارشاد مشغول بودند، مدرسه‌ای که اینک نه تنها از سوی عباسیان، که به دست اسماعیلیان نیز مورد تهدید بود.
در این میان، اما امام توانست با پدیدآوردن و نیز احیاء سازمان وکلاء و نیز نفوذ در دستگاه خلافت عباسی، امری که تا آن زمان از سوی امامان سابقه نداشت، به ادامه حیات فرهنگی و نیز سیاسی شیعه کمک کند. شهادت امام در 25رجب سال 183ه.ق که این جستار نیز به مناسبت آن سامان یافته، حاصل این‌گونه فداکاری‌های ایشان در یکی از سخت‌ترین دورا‌ن‌های امامت است.
10سال آغازین امامت امام کاظم(ع) با خلافت منصور در یک زمان روی داده است. منصور همان خلیفه‌ای است که چون از رحلت امام صادق(ع) آگاهی یافت، به محمدبن‌سلیمان، فرماندار مدینه نوشت:«اگر جعفر بن محمد(ص) شخصی را جانشین خود قرارداده است، او را احضار کن و گردنش را بزن!»
نیز منصور همان خلیفه‌ای است که برای تثبیت قدرت عباسیان، حاضر بود تا به هر اقدامی از جمله قتل نزدیک‌ترین یاران خود و کسانی چون ابومسلم؛ که در به قدرت رسانیدن عباسیان نقش غیرقابل انکاری داشتند، دست زند. چنانکه چندان اعتقادی به ایدئولوژی عربی و به کار گرفتن نیروهای عرب که در زمان امویان رسمی معمول بود نیز نداشت. بنا نمودن بغداد که در واقع تقلیدی بود از معماری ایرانیان و به دست مهندسان ایرانی در سال 145ه.ق و به سان تیسفون پایتخت زمستانی ساسانیان ساخته شد، نشانی است از همین ناباوری منصور به قدرت اعراب. نمونه دیگر این رویه را باید در به قدرت رسانیدن خاندان برمکیان دانست که ماموریت داشتند تا دیوان سالاری منصور را براساس دیوان سالاری ساسانیان احیا کنند.
امام در این دوره برخلاف احضار‌ها و زندان‌ها و رنج و زحمت‌های فراوان و انتقال از زندانی به زندان دیگر از فعالیت علمی دست نکشید و همواره با شاگردان پدر به گونه‌ای سری در ارتباط بود و در عین حال خود نیز به تربیت شاگردان جدید همت می‌گماشت. شیخ بزرگوار محمدبن حسین طوسی(م.460ه) در رجال خویش تعداد شاگردان آن امام بزرگوار را 274 تن برشمرده است. برخی از این شاگردان به چنان مرتبه والایی از علم و دانش دست یافتند که در میان شیعیان به‌عنوان «اصحاب اجماع» یعنی آنانی که هرچه از امام روایت کنند، قابل‌قبول است، مشهور شدند.
یونس بن عبدالرحمان، صفوان بن یحیی، محمد بن ابی‌عمیر، عبدالله بن مغیره، حسن بن محبوب و احمد بن محمد بن ابی‌نصر، از جمله ایشانند و نیز علی بن یقطین و حسن بن علی بن فضال که هرچند به درجه اصحاب اجماع نمی‌رسند اما از یاران مشهور امام به‌شمار می‌روند. به‌خصوص علی بن یقطین که از جمله ایرانیانی بود که به کوفه آمده بود و از موالی قبیله شیعی اسد به حساب می‌آمد. او مدت‌های طولانی از شاگردان امام کاظم بود و سپس به ارشاد امام به دستگاه هارون راه یافت. از جمله آثار او کتاب المسائل است که نوشته در فقه است.
امام کاظم(ع) بارها او را دعا کردند و شهادت دادند که او از اهل بهشت است. (رجال کشی، ص 490) 11 سال میانی امامت ایشان اما در معاصرت با خلافت مهدی گذشته است. مهدی برخلاف پدر که مردی با صلابت و خشک بود، خلیفه‌ای عیاش و خوشگذران به شمار می‌رفت. یکی از برخوردهای امام و مهدی عباسی از قضا درباره همین بی‌بند و باری و شراب‌خواری است.
کلینی در فروع کافی، ج 6، ص 406، نقل می‌کند: «در یکی از سال‌ها مهدی وارد مدینه شد و پس از زیارت قبر پیامبر(ص) با امام کاظم(ع) ملاقات کرد و برای آنکه به گمان خود از نظر علمی آن حضرت را آزمایش کند! بحث حرمت «خمر» (شراب) در قرآن را پیش کشید و پرسید: آیا شراب در قرآن‌مجید حرام شده است؟ آنگاه اضافه کرد: مردم اغلب می‌دانند از شراب‌خواری در قرآن‌کریم نهی شده است ولی آیا معنای این نهی کردن حرام بودن است! امام پاسخ گفتند: بلی، حرمت شراب، صراحتاً در قرآن‌کریم بیان شده است.
مهدی با تعجب خاصی پرسید: در کجای قرآن؟! امام پاسخ گفتند: «آنجا که خداوند خطاب به پیامبر می‌فرماید: «بگو: پروردگار من، تنها کارهای زشت، چه آشکار و چه پنهان و نیز گناه (= اثم) و ستم به ناحق را حرام کرده است.» «قل انما حرم ربی‌الفواحش ما ظهر منها و ما بطن والاثم والبغی بغیر الحق» [اعراف / 33] آنگاه امام پس از توضیح مفردات آیه به کلمه «اثم» اشاره نمودند و از یکی از مصادیق اثم یعنی شراب نام بردند.
در اینجا امام به آیه دیگری استناد کردند که شراب را از مصادیق اثم معرفی کرده است: «از تو از شراب و قمار می‌پرسند، بگو در آن «اثم کبیر» (گناهی بزرگ) و سودهایی برای مردم است و گناهش از سودش بزرگتر است.» [بقره / 219] بنابراین شراب صراحتاً در قرآن‌کریم حرام اعلام شده است.» مهدی که سخت تحت‌تأثیر استدلال امام قرار گرفته بود بی‌اختیار رو کرد به علی بن یقطین که حضور داشت و گفت: به خدا این فتوا، فتوای هاشمی است. [خود مهدی از هاشمیان بود و با این جمله می‌خواست تا عظمت خاندان هاشمی را که خود نیز از ایشان بود ثابت کند.] علی بن یقطین گفت: شکر خدا را که این علم را در خاندان پیامبر(ص) قرار داد.
مهدی که از این پاسخ ناراحت شده بود، درحالی‌که خشم خود را به‌سختی فرو‌می‌خورد گفت: «راست می‌گویی ای رافضی»
پس از مرگ مشکوک مهدی، فرزندش هادی به خلافت رسید. خلافت او گرچه بیش از یک‌سال یعنی تا سال 170هـ به‌طول نیانجامید اما برای شیعیان، سالی غمبار و حزن‌انگیز بود. در این سال فاجعه خونین فخ روی داد. و حسین، صاحب فخ، یکی از نوادگان امام‌حسن مجتبی(ع) به‌همراه یارانش که به ظلم و ستم عباسیان معترض بود به خاک و خون کشیده شدند.
امام گرچه از این حادثه کاملاً برکنار بود و از تایید آن به‌جهت عواقب بسیار خطرناکی که در پی داشت خودداری می‌کرد، ولی بنا به نقل کلینی این‌گونه حسین را خطاب کرده است: «گرچه تو شهید خواهی شد، ولی باز در جهاد و پیکار کوشا باش، این گروه مردمی پلید و بدکارند که اظهار ایمان می‌کنند، ولی در باطن، ایمان و اعتقادی ندارند، من در این راه اجر و پاداش شما را از خدای بزرگ می‌خواهم.» (اصول کافی، ج 1، ص 366) پس از هادی، هارون به خلافت رسید، دوران هارون را باید مقتدرانه‌ترین دوران سرتاسر خلافت اسلامی به‌شمار آورد، هم به جهت گسترش علم و دانش و هم به جهت توسعه اقتصادی و سیاسی و نیز جهان‌گشایی مسلمانان.
در‌عین حال این دوره برای آل البیت از سخت‌ترین دوره‌ها بود. زندان‌های طولانی‌مدت امام که دست آخر به شهادت ایشان انجامید محصول این دوره است. ابوالفرج اصفهانی در «مقاتل الطالبیین» ص 335 می‌نویسد: «هارون چندی امام را در زندان بصره نگاه داشت تا آنگاه که عیسی‌بن جعفربن منصور از دست امام خسته شد و به هارون نوشت: «حتی من موقعی که او مشغول دعا است گوش دادم ببینم، آیا علیه تو نفرین می‌کند، دیدم تنها برای خودش و دیگران از خداوند طلب رحمت و بخشش می‌کند.»
آنگاه هارون امام را تحویل فضل‌بن ربیع داد. از او خواستند تا امام را به شهادت برساند، ولی او خودداری کرد. مطابق نقل مورخان او حرمت امام را نگاه می‌داشت. آنگاه امام را به زندان بغداد فرستادند که زیر نظر سندی بن شاهک اداره می‌شد. در این هنگام هارون به یحیی‌بن خالد برمکی که از وزرای او بود دستور قتل امام را صادر کرد که او نیز آن را به واسطه سندی‌بن شاهک انجام داد.» کشی نیز در روایتی که در رجال خود نقل کرده است و سند آن به امام رضا علیه‌السلام می‌رسد، همین روایت را مورد تأکید قرار می‌دهد.
(رجال‌کشی، ص 503) از این رو آن بزرگوار در 25 رجب سال 183 هـ. ق به شهادت رسیدند. ابن حجر هیثمی، دانشمند و محدث مشهور اهل سنت درباره ایشان چنین نگاشته است: «موسی کاظم، وارث علوم و دانش‌های پدر و دارای فضل و کمال بود. وی در پرتو عفو و گذشت و بردباری بی‌نظیری که در رفتار با مردم نادان از خود نشان می‌داد، کاظم لقب یافت. در زمان او هیچ‌کس در معارف الهی و دانش و بخشش به پای او نمی‌رسید.» (الصواعق المعرفه، ص 203)
