پروتئین‌ها بخش‌های حیاتی ارگانیسم‌های زنده به شمار می‌روند، چرا که اجزای اصلی مسیرهای فیزیولوژیک و متابوولیک سلول‌اند.
اصطلاح "پروتئومیکس" برای ایجاد کلمه‌ای نظیر ژنومیکس (genomics) - به معنای بررسی ژن‌ها - ساخته شده است. کلمه "پروتئوم" (proteome) آمیزه‌ای از دو کلمه protein و genome است.
پروتئوم به کل مجموعه پروتئین‌ها اطلاق می‌شود، از جمله تغییراتی که در یک مجموعه خاص از پروتئین‌های تولید شده بوسیله یک جاندار یا سیستم ایجاد شده است.
این مجموعه پروتئین‌ها با زمان و برحسب ضروریات مشخص، یا استرس‌هایی که یک سلول یا ارگانیسم دستخوش آنها می‌شود، تغییر می‌یابد.
پروتئومیکس را اغلب گام بعدی در بررسی سیستم‌های زیست‌شناختی، پس از ژنومیکس محسوب می‌کنند.
پروتئومیکس بسیار پیچیده‌تر از ژنومیکس است، عمدتا به این خاطر که ژنوم یک ارگانیسم ثابت است*، اما پروتئوم آن از سلولی به سلول دیگر فرق می‌کند. این امر به خاطر آن است که در انواع سلول‌های متمایز ژن‌های متمایزی بروز پیدا می‌کنند، به نحوی حتی مجموعه بنیادی پروتئین‌هایی که در یک سلول تولید می‌شوند، را باید جداگانه تعیین کرد.
در گذشته این کار بوسیله تجزیه و تحلیل mRNA انجام می‌شد، اما اکنون دانسته شده است که mRNA همیشه به پروتئین ترجمه نمی‌شود، و مقدار پروتئینی که در ازای مقدار معینی mRNA تولید می‌شود، به ژنی که این mRNA از روی آن نسخه‌برداری شده و حالت فیزیولوژیک فعلی سلول بستگی دارد. پروتئومیکس وجود پروتئین را اثبات می‌کند و اندازه‌گیری مستقیمی از مقدار موجود آن به دست می‌دهد.
* ژنوم سلول‌های سالم تغییری نمی‌کند. اما در عفونت‌های ویروسی ژن‌های ویروس به ماده ژنتیکی سلول اضافه می‌شوند، و ژنوم سلول‌های سرطانی، همگام با رشد و نمو تومور، به سرعت دچار جهش،جابه‌جایی و گسترش می‌شود.
wikipedia
