او در سال‌های ابتدایی دهه 20 به عنوان مدرس در دانشگاه معقول و منقول درس روانشناسی می‌داد و به گفته دکتر عبدالمحمد آیتی که شاگرد درس روانشناسی وی بود«به رغم سن کمش در آن زمان اما به خوبی تدریس و آن کلاس ۱۰۰ نفری را اداره می‌کرد.»
کتاب‌های او در زمینه صرف و نحو و منطق با عنوان‌های «صرف و نحو و اصول تجزیه و ترکیب» و «منطق صوری» کتاب‌هایی جامع در این موضوع‌ها هستند که با زبانی بسیار ساده تالیف شده‌اند و کتاب «صرف و نحو و اصول تجزیه و ترکیب» خوانساری نزدیک به چهل‌بار تجدید چاپ شده است.
خوانساری؛ مدرس و استاد فلسفه و منطق؛ از معدود افرادی بود که در نگارش کتاب‌های درسی ،دروس منطق و فلسفه مقاطع تحصیلی قبل از دانشگاه سعی و اهتمامی جدی داشت و برخی از این کتاب‌ها تالیف شخصی وی است.
زندگی و زیستی ساده از جمله ویژگی‌های اخلاقی این استاد فلسفه و منطق به شمار می‌رود.
خوانساری دارای دکترای منطق و فلسفه بود که از سال 1369 به عضویت پیوسته فرهنگستان زبان و ادب فارسی درآمد و این نهاد ادبی، فرهنگی هم در سال 88 جشن‌نامه‌ای را به نام وی انتشار داد که در بخشی از این جشن‌نامه زندگی آقای خوانساری به قلم و بیان خودش آمده است.
برخی از آثار وی عبارت‌اند از: «صرف و نحو و اصول تجزیه و ترکیب»، «منطق صوری»، «مختارات من الادب الحدیث»، «فرهنگ اصطلاحات منطقی (به‌انضمام واژه‌نامه‌ی فرانسه و انگلیسی)».
دکتر محمد خوانساری روز پنج‌شنبه 13 اسفند بعد از طی دوران طولانی بیماری درگذشت.